1949年12月12日，卢汉决定释放被软禁的张群，特务头子裴存闻讯跑到卢公馆来，一边哭一边跪在地上，请求让他和张群一同走。卢汉心一软，便同意了。
裴存藩是云南昭通人，和龙云、卢汉是同乡，黄埔军校四期毕业。裴存藩和龙云、卢汉私交都不错，因此得以历任云南绥署政训处长、社会处长、昆明行营政治部主任、昆明市长等要职。
国民党云南省主席卢汉，在12月9日下午，软禁前来昆明的西南军政长官张群后，当晚以张群的名义召开会议，将前来参会的国民党军二十六军军长余程万、第八军军长李弥、保密局云南站长沈醉等在昆明的军政要员逮捕。
张群和卢汉私人关系很不错，因此卢汉在反复考虑后，将张群释放，而裴存藩也因此得以借机离开。
在张群被扣押后，由于他不仅在国民党内陆位很高，还和蒋介石私交很好，是结义兄弟，因此曾打算将他用来换取张学良。卢汉出于个人义气将张群释放，不得不说是一大遗憾。张群在释放前夕向卢汉承诺去香港当寓公，但等他到香港后，很快就飞去台湾找蒋介石了，违背了个人的承诺。
云南起义后，国民党军对昆明的进攻是箭在弦上了，为了保卫昆明卢汉一直坐镇五华山上电话机旁，经常昼夜不寝不食，以电话指挥，眼睛都熬红了。
有一天，巫家坝机场部分失守，这在卢汉看来是非常严重的问题，因为机场如不能控制，就可能让国民党军空运增援，卢汉亲自乘坐吉普车到前线指挥，并用手枪打死了一个作战不力的营长，在前沿阵地亲自指挥反攻，失守的部分机场得以收复。
在昆明保卫战中，局势是很危急的，因为守卫昆明的滇军都是由保安团升级的部队，战斗力差装备落后，和进攻的国民党第二十六、第八军差距很大。
不过，昆明守军有一个优越的条件，那就是是堂堂的起义之师，获得广大云南入民的支持， 士兵的士气也非常旺盛。在战斗进行中，整个昆明市的工人、学生、店员和市民，主动承担了城防任务和后勤工作，使卢汉仅有的一个军的兵力能够完全投入第一线作战。滇军十二军余建勋部在大理，虽然兼程驰援，但是在进至昆明市西郊时，战斗已到结束阶段。
国民党军队进攻昆明时，指挥作战的陆军副总司令兼参谋长汤尧曾经通令作战官兵说：“你们拼命进攻， 打进昆明市后，准许官兵自由(抢掠)三天。”汤尧的这一番话恰恰成了昆明全体军民同仇敌忾的刺激因素。
在昆明守军奋战的同时，解放大军及时由贵州向云南开进，造成了夹击包抄的形势，国民党军被迫撤退，昆明之围解除。卢汉事后经常说：“解放军来得正是时候，如果再迟两天，我们恐怕就抵不住了。昆明就遭殃了，我也完了。真是天兵天将。”这是卢汉对解放军出自内心的感激之言。
1950年初，云南省人民临时军政委员会正式改组为云南省军政委员会，以卢汉为主席，宋任穷、周保中为副主席，移到五华山小礼堂侧办公。
3月，陈赓、宋任穷率二野第四兵团进驻云南，在昆明举行入城式。卢汉身着草绿色军用夹克，来到昆明东郊菊花村欢迎。卢汉致欢迎词并献上绣有诗句的锦旗，当晚，在五华山设群众性的盛宴招待解放军指战员。次日，成立了云南省军事接管委员会。
此后，卢汉经常和陈赓、宋任穷、周保中接触，他私下对人说:“ 这几个领导是很不错的，陈赓非常爽快直道，宋任穷既谦虚又和气，又稳重精明。周保中么，就是我们云南人的直干性子，他是白族大理人。”
卢汉一生经历复杂，起义后也一度很有心理负担，有一次，他对宋任穷说：“我卢汉过去罪恶是很大的，我愿意一切惩罚，毫无异言。”
宋任穷说：:“卢主席这 一次起义的行动是明智的，对人民是有功的。至于以往的一切，那都不必再提了。在人生的道路上，谁都要走一些弯路的。更何况人们的思想意识和作为，也往往受到所处的时代和社会的影响，也不是哪一个人的问题。在云南，有很多事情还要卢主席主持和提出意见才能办得好的。”
不久后，卢汉前往重庆参加西南军政委员会。他除了见到了刘伯承、贺龙等解放军首长之外，还见到了许多起义的国民党将领。会议结束后，卢汉随同大部分委员前往北京，参加政协会议。途中经过汉口时，卢汉受到了邓子恢等首长的热烈欢迎，他在汉口住了两天，期间每晚都畅饮啤酒，每次都喝了十多瓶，这时卢汉的心情好了许多。
到达北京后，毛主席了解到卢汉的思想状况，约他到家中吃便饭。
吃饭时，毛主席十分诚恳地对卢汉说:“卢主席，干革命不在早迟，其实下半生才是最重要的，年轻时候凭热情参加革命，中途变节反叛的人不少。你看张国焘不是前例吗？倒是有些人上半生走了些弯路，下半生成了革命者，这就不错了。有句古诗说“黄花晚节香’，个人晚节最要紧。你说对不对？”
卢汉听了毛主席这一席话后，非常感动。会议结束回到昆明后，卢汉对随他起义的部属说：“你们从今往后，就应该要脱胎换骨，重做新人了。我把你们带上了路，怎么走法是你们的事了。”
至此，卢汉完全放下了心中的顾忌，以最大的热情投入到工作中去。
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