以全国铁路公司总理名义带领一批会众乘“花车”在全国考察铁路。
1912年，孙中山在张家口
同行的澳大利亚记者端纳记载：
“随行的有卫队、参谋人员以及许多美女。”
张謇对此说：
“及见所谓志士，所谓伟人者，风云涤乎，荣悴顿殊。宫室车马，子女玉帛之奉，过于昔日之王侯。”
宋教仁在各地巡回发表的竞选演说中讲到创建民国的贡献时只提袁世凯、黄兴和黎元洪，同时批评“十年十万里铁路：
“孙先生对于内陆经历尚少，必须考验测量乃能得其要领。”
1912年底，桂太郎第三次上台组阁。
1913年2月10日，孙赴日考察铁路。
在取得国会选举胜利时，宋教仁的同乡刘白（字羹臣）提醒防范。
宋教仁在复信中说：
“闻本党有内讧，前日兄来电警告弟以危象，然弟总料其未必有如是之甚，纵小有波澜，当不至于成大风潮，放眼观察人才之高下，有此能力者固不多也；且目下之形势，未必能于将来亦可包括，吾人既不争目下，则将来自有将来之局面，又何足忧，请兄不必怀杞人之念也。”
作为同盟会创始人之一、上海青帮大佬陈其美，党羽遍布上海、江浙。陈其美与应桂馨相交于辛亥前后，陈帮应桂馨摆平了宁波强占民房事件。
应在陈其美的领导下成立了自任会长的青洪帮及哥老会的联合公口——中华国民共进会。
1913年3月20日22时40分，宋教仁在上海沪宁火车站准备乘车时，被凶手武士英从背后开枪暗杀。
“宋案”发生后，袁世凯电吊宋教仁，严令江苏都督缉拿凶手。
三天后，孙中山到沪，接受了国民党的领导权，召集高层开会提出“连日讨袁”，起兵讨袁。
黄兴主张循法律程序调查，谓：
“南方武力不足恃，苟或发难，必致大局糜烂，民国已经成立，法律非无效力。”
孙谓对付袁只能武力讨伐。
江苏警察厅迅速查获了内务部秘书洪述祖、赵秉钧的往来函电多件及应桂馨与洪述祖之间往来电稿。
司法调查程序开始后，江苏都督程德全将查获证据公布，法庭传唤赵秉钧到庭。
此时，武士英在上海模范监狱服毒身亡，应桂馨在监狱逃脱。
国民党人控制的《民立报》、《民权报》充斥讨袁檄文，指责为“宋案”凶手。
梁启超也因拥袁而备受责难为“宋案”主谋；
赵秉钧更是成了直接杀人嫌犯，一片狼藉。
不久，应桂馨和赵秉钧离奇死亡，公布证据的程德全遭到国民党追杀。
随着主要嫌疑人被死亡，已经进入司法程序的“宋案”，也因此被人为终止。
袁世凯顿成杀赵秉钧灭口的声讨对象。
“宋案”通过国民党的宣传造势，直接挑起发动了“二次革命”。
“二次革命”很快失败。孙流亡去日，在陈其美等人支持下，另行创建中华革命党。
然而，明眼人不难看出“宋案”的种种疑点：
第一、国民党虽为当时国会第一大党，但只控制四成议席；
第二、宋教仁之死，改变不了国民党入主国会的事实，反而对袁世凯没有任何好处；
第三、若说袁世凯和赵秉钧留下一系列关于谋杀的往来函等待下台，再派刺客到上海监狱将凶手武士英灭口殊不可信，况且，这些“取证”、灭口等行动对袁世凯而言力不能及，但对控制上海的陈其美则易如反掌；
第四、陈其美预先伪造函电证据（没有任何证据指向袁买凶杀人），在调查审判程序开始后灭口；安排手下将所有的档案资料销毁阻止调查；
第五、宋教仁与孙中山在理念上存在重大分歧，在日记中多有指责人品之词；
第六、宋教仁将袁看成是知己和事业同路人，临终前最后的遗嘱是口述电文致袁：
“伏冀大总统开诚心、布公道。”
第七、最关键的一个人物叫吴乃文。当时陪同武士英实施行动的，有国民党方面（中华国民共进会）的吴乃文、陈玉生、冯玉山和张汉彪，由吴乃文在现场指认宋教仁。
当天到火车站送行的，还有国民党吴颂华、拓鲁生、黄兴、陈策、廖仲恺、于右任和吴铁城等高层。吴乃文带领武士英能轻而易举在现场指认和杀人，这一细节在国民党的报道及历史书里，如同杀完人能轻轻松松的离开一样，杳如黄鹤，从此消失；后来也没有任何国民党人再提起过吴乃文。
第八、孙在“宋案”前就提出过“二次革命起兵”之说，了解情况的共和党人曾指称国民党人借款购械，准备独立东南。
梁启超曾说：
“'宋案’确与袁无关，系同盟会人自屠。”
北一辉对宋教仁遇刺极为悲痛，展开独立调查后提出同样的结论。还有一些事实支持梁启超、北一辉的结论。
例如，《孙文年谱》1912年的记载几乎详细到了每一天，而从孙于“宋案”前在沪活动到“宋案”后由日返沪，即1913年初至3月27日期间记录空白。
1913年6月26日《民生日报》报道，孙在香港大酒店接受《士蔑西报》的采访时，就公开袁世凯与“宋案”之间没有直接关系：
“谓北京与该案干连，殊属不公。然吾谓袁总统非自有干连，不过系赵与有干连也，故袁世凯定比略有所知。”
宋教仁死后，袁先是依照冯自由的呈请，亲笔批示：
“优予抚恤，并将生平勋绩交国史馆立传。仍由该局查明该故总长有子几人，派遣留学，俾资造就。”
接下来，袁世凯又依照宋教仁的同乡谭人凤的请求，额外划拨10万元大洋用于修建宋教仁墓园。
1913年4月1日，《民立报》刊登谭人凤《关于宋教仁遇害后之坟墓的谈话》：
“宋君为民国伟人，非湖南一省所得而私。故现在有人主张将宋君遗骸归葬麓山，我却不赞成，不若于上海另行募捐辟一旷地，先筑公园，葬宋君于其地？作为我国民党人之坟墓。”
1916年9月23日，《民国日报》刊登谭人凤的《宋园缘起暨开辟宋园收支清册》：
“于1913年宋教仁遇难后，呈请政府划拨10万元大洋，起初购买徐家汇土地40亩，众人以为这里过于狭隘难以扩充，便在距租界10里的宝山县象仪港，领购103亩土地，委托王一亭、龙梓修负责工程建设。”
在谭人凤开列的“报销清册”中，竟然有陈其美借支13481.6元用于发动“二次革命”的记录。
“宋案”10年后，孙有言道：
“自己当年不甘心被宋教仁、黄兴等一帮旧革命党人所制。”
戴季陶后在《三民主义之哲学的基础》一书中抨击宋教仁：
“与反革命的官僚妥协，以图在短时期内掌握政权。公平的批判起来，革命党的第一个罪人，实在是桃源渔父。”
这些言论是梁启超、北一辉结论的另一注脚。
“二次革命”失败后，宋教仁墓园建设因谭人凤逃日陷入停顿。
直到1924年6月，由北洋政府出资10万大洋、圈地103亩的宋园正式落成。墓前石碑镌刻“宋教仁先生之墓”，铭文为“于右任撰语康宝忠书字”：
“先生之死，天下惜之。先生之行，天下知之。吾又何纪，为直笔乎？直笔人戮。为曲笔乎？曲笔天诛。嗟嗟九泉之泪，天下之血，老友之笔，贼人之铁。勒之空山，期之良史，铭诸心肝，质诸天地，呜呼！”
意思是：
“先生的死，全天下的人都感到惋惜。先生的行为，全天下的人都知道，我又要如何记载呢。照实写下吧？实写的话有人会杀了我。扭曲事实写出来吧？这样连天都要杀我。啊！你在九泉之下的泪，天下人流出的鲜血，我所写的墓志，都将成为那国贼的铁证。你葬在那山中，期待有一部好的史书，将史实刻在各位的心中，将证据永存于天地。”
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