受限于建国初的设计、施工水平，沿线滑坡、崩塌落石等病害较多，一到雨季往往大量发生，往往中断线路，1981年，宝成线北段发生特大洪水，行车中断长达1462小时42分，之后不得不对灵官峡等地段进行了改线。另外该线大部分地段又位于青藏高原东缘从甘肃到云南的南北向地震带上，遇到大地震时也易出现线路中断的情况，2008年，四川省汶川发生8.0级特大地震，宝成线北段行车中断长达283小时，也不得不对受损严重的109隧道路段进行改线。另一方面，在铁路扩能改造中，特别是20世纪90年代阳（平关）成（都）复线建设中，对原有的部分线路进行了改线，主要目的则在于放大曲线半径、改善行车条件。
从宝鸡端开始
1. 嘉陵江3号桥改线
嘉陵江3号桥位于黄牛铺车站北端，原桥为3孔16米钢筋混凝土梁桥。1981年8月21日，受洪水和泥石流冲击，成都端桥台浅基受冲刷，2号桥墩断裂，台后路基冲开75米长的缺口，轨排悬空8米。因在既有线扩孔行车干扰大，施工困难，故在既有线右侧20米处新建5孔24米钢筋混凝土梁桥1座，全长136.75米。改线里程53公里800米~54公里730米，改后线路长0.936公里，较原线长5.97米，由铁道部第一工程局施工，1981年12月开工，1983年7月竣工，工程费用214.4万元（含黄牛铺站改费用41.7万元）。 2. 嘉陵江4号桥改线
嘉陵江4号桥位于76公里556米处，为4孔16米钢筋混凝土梁桥。由于桥梁位置不当，桥梁与河流斜交约45°。成都端桥头路基深入河滩，压缩河道，桥梁长度不足。1981年8月，特大洪水冲毁成都端桥台，第4孔梁坠入江中，被洪水冲到下游200米处，冲毁桥头路基长50米，第3孔梁外移0.45米，冲毁宝鸡端桥台护锥，决定改线。由75公里345米处引出，穿过797米长的堡子沟隧道后，新建1孔20米，2孔28米，5孔20米低高度钢筋混凝土梁桥。新桥位于77公里303米处直线地段，与河流基本正交。然后穿过204.2米新油房沟隧道，进入油房沟车站，至78公里425米处与既有线相接。改后线路长2.513公里，较原线缩短566.85米。由铁道部第一工程局施工，1982年9月开工，1983年9月竣工，工程费用665.06万元（含改移公路费用67.01万元）。
3.灵官峡改线
灵官峡位于凤县（双石铺）~宏庆（茨坝）间，此处嘉陵江宽仅30米，河型呈“S”状急弯。灵官峡线路沿江而行，其间有隧道、明洞11座，小桥涵25座，曲线13处，其中300米曲线9处，延长3.43公里。115公里714米处为西坡车站，为老滑坡区。1981年8月，特大洪水造成这一地段新老病害并发。110公里100米山沟泥石流5万立方米，泥石流漫道高出轨面3.5米，淹没民房22间。110公里300米左侧山坡滑塌约1万立方米。66~70连续5座隧道成为泄洪洞，洪水壅高4米，隧道内轨排全部翻起。115公里106米~116公里32米，西坡大滑坡复活，河岸冲刷，路基掏空，挡墙开裂，冲毁桥涵铺砌，决定改线。从109公里778米处引出，取直线修建杨家坪1号、2号两座3孔16米钢筋混凝土梁中桥，然后穿过255米关上隧道，以2孔32米、1孔16米灵官峡中桥跨过嘉陵江，再穿过1323米灵官峡隧道，以1孔16米、2孔32米钢筋混凝土梁中桥跨越红花崖河，进入3295米琵琶崖隧道。出隧道后，以5孔32米、1孔24米竹林沟大桥再次跨过嘉陵江，然后过411米竹林沟隧道，在118公里353米处与既有线接轨，改后线路长7.25公里，较原线缩短1.32公里，取消西坡车站。由铁道部第一工程局施工，西安铁路局配合，1983年7月开工，1985年11月竣工，工程费用3828.44万元。
4. 109隧道改线
109隧道位于徽县站~虞关站之间，K150+835处，始建于1956年。初建时为间距26米的窄卡子1号隧道（192.23米）和窄卡子2号隧道（333.02米），此处一边是陡峭的岩壁，一边是滔滔嘉陵江水，铁路依山而建，属塌方、落石、泥石流等地质灾害易发区。为保证线路正常运营，1971年增建26米中间棚洞，将两隧道连为一体，并在窄卡子2号隧道南口接长棚洞18.06米，其外再增建钢轨栅栏30米；1972年在窄卡子1号隧道北口外增建墙式棚洞67.1米，1981年洪水后又将南口棚洞再接长89.57米。截至2008年4月底，109隧道全长726.07米，其中棚洞长200.82米，隧道长525.25米。
2008年5月12日14时28分，四川省汶川发生8.0级特大地震，导致109隧道进口附近隧道落石约4万立方米，出口上方山体坍塌2万多立方米，砸毁出口棚洞40米，巨石堵塞出口；隧道中部山体坍塌12万多立方米，砸垮中部棚洞。同时，塌方落石将嘉陵江拦腰截断，形成堰塞湖。江对岸公路上的塌方也有约4万多立方米，大小坍体及落石遍布，交通完全中断。
地震发生时，正在隧道内行驶的21043次货物列车（编组41辆，机车西局新段SS4-0043）撞上隧道出口巨石，机车和部份车辆脱线，12节载有500吨航空燃油的列车在洞内起火燃烧，宝成铁路宝广段被迫中断。
经过检查，109隧道严重破损地段包括：K150+631~661（31米）、K150+689~706（17米）、K150+731~740（中间棚洞9米）、K150+986~K151+004（18米）、K151+068~089（21米）、K151+108（出口棚洞90米）等6段。
经过铁路员工的艰苦奋战，2008年5月24日4时，西局新段SS4-0025牵引一列货车从109隧道试运行顺利通过。9时58分，SS4-0041牵引抢977次货车缓缓通过加固完成后的109隧道，中断行车长达283小时的宝成铁路恢复通车。
隧道通车后，因塌方处和受到燃烧的部位难以保证长期安全，列车限速15公里/时（后提高到35公里/时），铁道部责成铁一院尽快拿出隧道加固防护方案，在新隧道建成之前作为临时措施实施加固。从长远考虑，由铁一院提出改线方案。
经过现场勘探、反复研究，铁一院拿出了改线方案。宝成线109隧道改线从149公里100米处引出，修建208米谈家庄大桥跨过嘉陵江，此桥设计为后张法预应力桥梁，墩身采用圆端形实体桥墩，最高墩19米；然后穿长873米新109隧道，隧道采用钻爆法施工；再以173.78米高家坪大桥跨嘉陵江，该桥为预应力混凝土桥梁，墩身为圆端形实体桥墩，最高墩18.5米。到151公里630米处与既有线接轨，全长2091.48米，较既有线缩短438.52米。本工程桥隧设计采用300年一遇洪水标准，投资估算总额13199.5万元，设计工期6个月。
2008年6月26日，109隧道改线工程正式开工，中铁一局承建。
2008年11月12日14时28分，随着西局新段SS4-0047牵引的57006次列车通过新109隧道，109隧道改线工程竣工通车！
新109隧道是宝成线改线难度最大的一项工程，出徽县嘉陵车站后避开了既有线沿嘉陵江的“C”字型大弯，通过两桥一隧将宝成线取直，使宝成铁路缩短了近500米的距离。 新建线路比原线缩短，列车通过速度由原来的每小时60公里提高到80公里。
宝成线K190滑坡位于宝成铁路马蹄湾与徐家坪车站之间，北距马蹄湾车站约3.5km。线路沿嘉陵江左岸南行，进入桑树梁隧道。嘉陵江在此段呈牛轭湖状。
1992年5月19日，宝成线K190+796～+902桑树梁隧道进口地段发生山体塌方约3万m3，堵塞了K190+832.23～+854.13段两个明洞之间21.9m的缺口，经奋力抢险后，于5月28日通车，造成宝成线中断行车9d。
6月25日，该段山体发生第二次塌方，塌方量约10万m，虽经千余名铁路职工和民工昼夜抢险，仍中断行车19d之多。
8月9日，该段山体发生第三次塌方，塌方量约5万m。
10月2日，该段山体发生第四次塌方，塌方量约2万m。
除上述四次大规模塌方外，平时山上不断有小的塌方和落石掉下，由于部分塌方堆积在明洞顶上，造成明洞长时间的严重超荷，使明洞发生变形破坏，至11月上旬，明洞变形加剧，山侧边墙严重侵限，一度中断客车，于11月15日～16日又造成36h的断道。因此被迫改移线路4.9公里，增加投资5000多万元，间接损失约3亿多元，1993年修建四桥、三隧，完成两跨嘉陵江的改线绕避，彻底根除了宝成线上的又一个安全隐患。
6.王家沱改线
此处位于王家沱~乐素河间，线路右侧堑坡山体岩石破碎，经常落石，危及行车安全。改线里程为224公里633米~225公里331米，改后线路长0.692公里，较原线短6.44米。由铁道部第二工程局施工。1983年3月开工，1985年1月竣工，工程费用207.21万元。
7.响岩子改线
响岩子位于丁家坝~大滩间，线路在山体陡坡下方以路堑、半堑半堤通过，上方危石林立，塌方落石，流泥漫道等连年发生。1981年7、8月间，先后发生崩塌落石、路基滑塌重大灾害14起。8月16日，293公里365~382米处，堑坡滑塌，812次货车颠覆，电力机车翻入江中，货车报废6辆，中断行车61小时11分。改线里程为292公里30米~294公里140米。线路靠山内移，以1697米长的隧道绕避病害处所。改后线路长1.955公里，较原线缩短154.93米。由铁道部第二工程局施工。1982年3月动工，1985年10月竣工，工程费用1169.06万元。
8.熊家河改线
熊家河位于大滩~军师庙间，改线里程306公里762米~308公里800米。线路位于熊家河滑坡区，上部为坡积土夹石，下为古错落体及古崩塌堆积层组成的块石上。线路在滑坡体下部以半堑通过，加之地下水活动，导致滑坡复活。1956年铺轨后，第一个雨季，山坡就出现弧形裂缝。1957年修建1、2号泄水导洞，山体仍蠕动不停。1959年，修建两座大型多级护墙，滑动缓和，但仍不断发现裂缝。1964年，修建肋式护墙。1981年雨季后，山体变化加快，挤坏护墙、截水沟、侧沟，边坡滑塌，肋柱外扭，有剧滑预兆，决定改线。原设计起点在八庙沟明洞出口307公里61米处，新建一座长1588.36米的隧道。施工进入100米，发现边墙裂纹，遂改变设计，将隧道进口再向山一侧靠拢。新建隧道加长为1668.5米，改线长度为2.08公里，将八庙沟大桥由直线桥改建为曲线桥。此桥原为6孔16米、1孔10米钢筋混凝土梁桥，改为1孔8米、4孔16米、1孔24米钢筋混凝土梁桥。改后线路长2.115公里，较原线伸长77.23米。由铁道部第二工程局施工，1983年1月开工，1985年10月竣工，工程费用1257.91万元（含报废工程95.47万元）。 9.军师庙改线
改线里程位于312公里519米~313公里910米处。这段线路地质构造复杂，上方100~250米的山坡陡崖地段，有危石300多处，经常落石，危及行车安全。1981年，在长时间连续降雨及后沿一股泉水的影响下，9月4日，发生崩塌性滑坡，坍体自距轨面20~30米处滑下，冲向路基，连同轨道冲向嘉陵江对岸，河道堵塞，断流12分钟，水位抬高12米，回流区2公里。正在施工的西安铁路局桥路大修队工棚被埋，13名职工死亡。决定改线。新建1055米隧道1座。改后线路长1.329公里，较原线伸长10.67米。由铁道部第二工程局施工，1983年8月开工，1985年5月竣工，工程费用791.53万元（含报废工程95.47万元）。 10.飞仙关取直改线
332公里484.01米~336公里500米段既有线沿嘉陵江呈灯泡形弯曲，沿线有7孔16米梁，长140.61米飞仙关大桥和424.27米飞仙关隧道，线路长4016m，沿河侧受冲刷，靠山侧有危岩落石，宝成线阳成段增二线时截弯取直，双线绕行，设嘉陵江3号、4号双线大桥共计长911.88m，双线隧道1座136m、缩短线路2457.94m，避开了沿线的冲刷与落石，取消400米以下小半径曲线4个，顺直了线路，改善了行车条件。
11.老鸦崖改线
老鸦崖位于冉家河车站南端340公里989米~342公里60米处。右侧系高路堑，堑坡之上岩石在长期风化作用下，经常落石，大者达100立方米，破坏性较大。虽经多年整治，收效甚微，决定改线。采用隧道避开落石区。新建隧道1055米，改后线路长1.061公里，较原线缩短10.07米。由铁道部第二工程局施工，1983年11月开工，1985年9月竣工，工程费用903.15万元。
12.皇泽寺改线
皇泽寺为广元名胜，为唐代女皇武则天的祀庙。本段既有线位于广元（上西坝）~广元南（广元）间，绕山穿
寺而过，将皇泽寺一分为二。宝成线阳成段增二线时，地方政府为开发该寺旅游，要求改线，最后确定线路内移，以900米皇泽寺隧道穿山而过，1994年9月隧道全线贯通，改造后线路有所增长。
13.竹园坝--东坝四跨清江取直改线
既有线406公里700米~413公里500米段沿清江河呈S弯迂回曲折，线路多以深路堑和短隧道群沿江绕行。410公里200~800米段为塔坝坡积层滑坡。宝成线阳成段增二线时，此处作了长隧方案、四跨清江单绕方案、部分双绕方案和四跨清江双绕分步实施方案，最后采用四跨清江双绕分步实施方案。此方案设有清江2号、3号、4号、5号四座双线大桥，总长1301.27m。清江1号、2号、3号双线隧道总长770m。此方案缩短线路2177.58m，取消了14个R<400半径的曲线，取直了线路。建设复线时有一线尚未铺轨，到2004年5月前后才完成全部双绕工程，彻底废除既有线。 14.罗妙真--马角坝降坡改线
罗妙真至二郎庙段改建
宝成铁路罗妙真至二郎庙车站段，全长41公里，经由石公坝、雁门坝、贾家坝、马角坝。其中，石公坝至马角坝段全长25.71公里，坡度为20‰，由蒸汽机车双机牵引，通过能力仅21对/日。 1959年1月9日，成都局将《罗妙真二郎庙段改建复线任务书》报送铁道部，提出该段线路改建为坡度不大于12‰的复线。同时，由于建在二郎庙车站的江油水泥厂须由马角坝车站北端的矿山提供矿石，二郎庙至马角坝间亦须修建复线。同年12月17日，铁道部审议决定改建工程由成都局自行勘测设计和组织施工。
改建工程计划在既有线路右侧平行修建复线，分两期进行：
初期工程只按第一正线位置修建单线铁路，设计全长为41.5339公里，主要工程为罗妙真南端区间至马角坝北端区间与既有铁路接轨的长30.0068公里的新建线路，两接轨点分别在424.9932公里处和455.000公里处，新建马鞍塘、斑竹园、大炉山中间站。废弃两接轨点间的既有线路和石公坝、雁门坝、贾家坝车站。
复线的第二正线为远期工程，未做施工设计。机务、车辆、给水等设备因无改造必要，也未进行设计。故本段工程实为罗妙真至马角坝段（以下简称罗马段）。
罗马段新建铁路占用的全部投影地表面积为148.9万平方米，平均每公里用地4.1万平方米。其中须办理征用补偿手续的耕地共76.5万平方米（水田43.7万平方米，旱地32.8万平方米），拆迁民房25588.51平方米。
一、勘测设计
1959年，成都局勘测设计所开始进行草测。1960年初，单线施工设计陆续完成并交付施工。同年5月，铁道部决定本段应按复线设计；7月，开始进行复线定测；12月底，完成复线的第一正线全部施工设计文件并分批交付施工。复线的第二正线仅作了内业计算工作，未交付施工设计文件。
改建复线线路按I级线路标准设计，线路上部建筑设计为43公斤/米钢轨，以后改按50公斤/米次重型钢轨设计。设计范围包括罗马段新建复线的施工设计、马角坝至二郎庙间旧线地段复线的初步设计以及河口上隧道至清江1号大桥以北的旧线改建工程设计。1964年复工时，仅对罗妙真南端区间接轨点至马角坝北端区间接轨点间新建的单线施工设计作了修改。
主要技术标准：最小曲线半径为400米，到发丝有效长度为750米，桥梁载重等级为中-22、中-26级，隧道建筑限界为电力机车隧限-2甲，机车类型为电力机车，牵引定数为上行2100吨，下行2400吨，通过能力为35.4对，年运量为1500万吨，电务设备为地下电缆、色灯信号、电气集中联锁、半自动闭塞。
罗妙真至二郎庙段改建线施工设计概算总额为7468.48万元。其中罗马段概算总额7157.65万元，马角坝至二郎庙段概算总额为310.83万元。
二、施工
本段工程经历两个阶段：1960年2月开工，1962年4月奉令停工，历时2年3个月；1964年11月复工，1969年12月竣工，历时5年2个月。全部工程共历时7年5个月。
前期施工阶段，由成都局第二、第四工程处（1961年10月，改属西南铁路工程局）交替施工。施工范围主要是会龙场隧道、清江2号大桥至马鞍塘间重点施工项目。
后期施工阶段，由成都局基本建设处第二、第四工程段施工。1965年11月，除会龙场隧道、清江2号大桥和部分房建工程继续由这两个工程段施工外，其余工程则由第三工程局施工。1966年1月1日，先由第三工程局第六工程处负责组织，后调第五工程处机械筑路队配合重点土石方工程施工。1966年8月，第三工程局增调第一、第二、第五工程处参加施工。改建工程原拟于1967年底完工，因“文革”，至1969年底全部工程才告完成。
罗马段完成主要工程数量：路基土石方2915819立方米。其中，正线部分为1981400立方米，新设的马鞍塘、斑竹园、大炉山车站站场土石方为934419立方米，正线土石方平均每公里80405立方米；路基支挡建筑物共31座，圬工总量为27575.5立方米，其中干砌片石为2284.3立方米。 隧道16座（包括明洞2座），总延长8530.85米，其中有全长4008.99米的会龙场隧道，长度在500~1000米的隧道4座，长度在500米以下的隧道11座。会龙场隧道先由二局第二工程处施工，1960年2月开工，进行洞外土石方工程；3月，南北两端先后进洞；10月，又由二局第四工程处接替施工，1962年4月停工。1965年2月，由成都局基本建设处第二工程段复工，1968年底完工。隧道内采用钢筋混凝土支撑块式整体道床。
桥梁20座，总延长2710.62米。其中大桥13座，总延长2374.69米；中桥5座，总延长310.31米；小桥2座，总延长25.62米。全长403.18米的清江2号大桥为6孔53米跨度的空腹式钢筋混凝土拱桥，高51.54米。1960年2月开工时，属全国铁路同式桥梁中最大的多跨连拱高墩桥。先由二局第二、第四工程处两度交替施工，1962年4月停工。1965年3月，又由成都局基本建设处第二工程段复工。整个工程基坑挖方3200多立方米，圬工23000立方米，结构用成型钢筋500吨。墩台扩大基础为140级片石混凝土、T形台身和菱形墩身为140级及170级混凝土，拱部结构为350级钢筋混凝土分离式工字截面拱肋。以横撑联结，拱上为300级钢筋混凝土立柱支撑桥面梁的空腹桁梁架。1966年9月完工。
涵渠81座，其中改建2座，新建79座，总延长1723.51米。
全段正线铺设50公斤/米次重型钢轨，1967年3月1日起铺设，1969年8月完成，与北端既有线接轨。正线铺轨总延长29.706公里，站线铺轨总延长6.669公里。
全段修建房屋建筑总面积3434.0平方米。其中，生产用房屋建筑总面积2472.2平方术，生活用房屋建筑总面积961.8平方米，自1965年至1969年陆续建成。
通信设备将原有架空明线改为地下电缆，音频选号电话；信号设备在区间采用半自动闭塞，马角坝车站采用大站电气集中，罗妙真、马鞍塘、斑竹园、大炉山等车站采用小站电气集中联锁。使用色灯信号机。
罗马段自1960年2月至1969年12月，共完成投资8704.6万元，其中建筑安装工程为8085.0万元。
西南铁路工程局共完成投资1386.9万元。此外，1962年、1963年停工维护费28.4万元；
成都局完成投贸2002.3万元；
第三工程局完成投资5315.4万元。
1969年9月底，罗马段工程基本完工；10月17日，送电试运行；10月20日，广元至马角坝段电气化工程举行通车典礼，行车线路改走罗马段新建线路，既有线路包括石公坝、雁门坝、贾家坝中间站即停止运营。1970年7月1日，新建的罗马段与广元至马角坝段电气化工程同时正式交付运营。
