有研究发现，PIVKAⅡ与AFP相比对肝细胞癌的诊断更敏感，因PIVKA Ⅱ特异性较高，且不与AFP相关，可在肝癌筛查中与AFP联合检测，使之在不降低特异性的基础上提高对AFP阴性肝癌的敏感度，在鉴别影像学发现的＞3 cm的肝脏肿瘤时可提高对恶性肝癌的阳性诊断率。PIVKA Ⅱ在鉴别肝细胞癌和良性肝病方面，研究表明，约2/3的肝细胞癌患者PIVKA Ⅱ明显升高，而肝硬化、慢性活动性肝炎和慢性迁延性肝炎患者仅轻度升高，在肝细胞癌和良性肝病鉴别时更有价值。近来有研究者发现，肝癌周围组织也产生PIVKAⅡ，但同时也发现，肝癌组织的PIVKAⅡ水平比非癌组织有显著差异。同时，研究表明，PIVKAⅡ阳性表达者的生存期低于阴性表达者，PIVKAⅡ对于PHC疗效的评价、复发、预后的判断都有重要价值。治疗前PIVKAⅡ升高的PHC患者预后通常比PIVKAⅡ值低的患者差。
值得注意的是，PIVKAⅡ在检测时应注意检测前假阳性的问题，如当出现肝细胞癌以外疾病或病理状态时、正在服用维生素K拮抗剂、梗阻性黄疸或部分头孢类抗生素应用中、酒精性肝功能障碍等情况时亦有PIVKAⅡ异常高值，因此，必须注意区分。此外，在维生素K药物服用期间，几乎所有的肝细胞癌患者均可使PIVKAⅡ的值正常，故不能作为肿瘤标志物使用。同时，研究发现，PIVKA Ⅱ与多种肝癌标志物如与AFP、与γ-谷氨酰胺转移酶Ⅱ（GGTⅡ）、α-L岩藻糖苷酶（AFU）等的联合检测可有效提高诊断的敏感性及特异性，且无相关性 。故在临床工作中应根据实际需要选取合适的指标进行联合检查。
目前对于肝癌的诊断仍以AFP为主，但因敏感性难以满足临床需要，对于AFP低浓度或阴性的患者及直径小于2 cm 的小肝癌患者容易造成漏诊，应用PIVKA Ⅱ等多种肝癌标志物的联合检测可以有效提高诊断的敏感性及特异性，提高肝癌的检出率。
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