喹诺酮类的分布容积高，药物易在某些组织中蓄积，在前列腺组织、粪便、胆汁、肺、中性粒细胞及巨噬细胞中的浓度通常高于血清浓度。药物主要经肾脏消除(莫西沙星除外)，因此尿和肾组织中的浓度高。目前萘啶酸在临床已不用，吡哌酸也很少应用，氟喹诺酮类具有抗菌谱广、抗菌活性强、口服吸收良好、与其他类别的抗菌药之间较少交叉耐药等特点，临床应用广泛，但是存在滥用的倾向，以下主要叙述氟喹诺酮类药物合理应用中需综合考虑的问题。
氟喹诺酮类药物主要适用于敏感菌所致的以下感染。
环丙沙星、氧氟沙星与β-内酰胺类同为首选药，但对非特异性尿道炎或宫颈炎疗效差。氟喹诺酮类对敏感菌所致的急、慢性前列腺炎以及复杂性前列腺炎，均有较好效果。
大肠埃希菌是尿路感染的主要病原菌，在社区获得性急性膀胱炎和急性肾盂肾炎中，该菌可占病原菌的80%～90%，在复杂性尿路感染中也约占1/3。鉴于目前大肠埃希菌对氟喹诺酮类药物的耐药株已达半数以上，因此应参照细菌药敏结果选用氟喹诺酮类药物；少数情况下，如患者系初发，以往从未应用过喹诺酮类药物，该类药物亦可用于初治病例，但需先留取尿培养标本，如获得病原菌则可参考药敏试验结果，必要时依治疗反应调整用药。在选用品种中需注意，由于诺氟沙星口服吸收不完全(吸收给药量的30%～40%)，难以在感染组织中达有效药物浓度，因此仅宜选用于急性膀胱炎。环丙沙星是铜绿假单胞菌性尿道炎的首选药。呼吸喹诺酮类药物中的莫西沙星及吉米沙星并未批准用于尿路感染。
由于淋病奈瑟菌对氟喹诺酮类药物耐药者已达80 %以上，现已不再推荐应用该类药物。
氧氟沙星和左氧氟沙星仍可作为多西环素或阿奇霉素等首选药的替代选用药物。
慢性前列腺炎患者中仅少数系细菌感染，病原菌以大肠埃希菌等肠杆菌科细菌为多见，由于该类药物在前列腺组织及前列腺液中浓度均高，因此虽病原菌耐药者多见，仍可依据药敏结果选用氟喹诺酮类药物。
感染性盆腔炎性疾病 (PID) 包括输卵管炎、输卵管-卵巢脓肿、脓毒性流产、子宫内膜炎和盆腔腹膜炎等。鉴于目前该病的主要病原菌之一，淋病奈瑟菌对氟喹诺酮类药物耐药率达80%以上，近期美国相关指南及指南修订意见已不再推荐氟喹诺酮类药物作为盆腔炎性疾病的初始经验治疗，仅在不适于应用头孢菌素类抗生素的患者中，淋病奈瑟菌感染概率甚低或药敏试验该菌对氟喹诺酮类药物呈现敏感的患者，可替代选用氧氟沙星或左氧氟沙星口服治疗 PID 的门诊患者。
a包括环丙沙星、氧氟沙星、诺氟沙星、依诺沙星、洛美沙星、氟罗沙星、培氟沙星等
在确立CAP临床诊断并安排合理病原学检查及标本采样后，需要根据患者年龄、基础疾病、临床特点、实验室及影像学检查、疾病严重程度、肝肾功能、既往用药和药物敏感性情况分析最有可能的病原并评估耐药风险，选择恰当的抗感染药物和给药方案，及时实施初始经验性抗感染治疗。
尽快采集呼吸道分泌物和血液标本送病原微生物及感染相关生物标志物检测，并立即开始经验性抗感染治疗，根据抗菌药物的理化特性和药代动力学/药效学参数确定药物的种类、单药还是联合、负荷剂量和维持剂量。HAP感染病原菌药敏个体差异大，在初治后宜根据药敏结果调整给药方案。
患者接受抗菌药物治疗的指征
① 在AECOPD时，同时出现以下三种症状：呼吸困难加重、痰量增加和脓性痰；
② 患者仅出现以上三种症状中的两种但包括出现脓性痰这一症状；
③ 严重的AECOPD，需要有创或无创机械通气。
氟喹诺酮类药物是宜选药物之一，需注意细菌性痢疾的主要病原菌福氏志贺菌近年来对氟喹诺酮类药物耐药率有增高趋势，已获知病原菌者，宜参照药敏结果选用药物。
伤寒沙门菌 90%以上菌株对氟喹诺酮类药物呈现敏感。成年人伤寒可首选氟喹诺酮类药物作为经验治疗。未成年人、妊娠期、哺乳期患者不宜选用。
氟喹诺酮类药物在骨和关节中药物浓度较高，可用于该部位感染的治疗。常见病原菌有金葡菌、肠杆菌科细菌、铜绿假单胞菌。由于病原菌不同，治疗方案有很大差别，且疗程长，宜参照药敏结果选用氟喹诺酮类。无法获得病原菌者，也可选用本类药物作经验治疗，有甲氧西林耐药金葡菌可能者，不宜选用氟喹诺酮类药物。对于延长期及慢性期内固定术后感染，考虑细菌生物膜的存在，外科彻底清创术后建议对葡萄球菌属所致的感染加用利福平，革兰阴性菌所致感染所致加用喹诺酮类抗生素（环丙沙星、左氧氟沙星）。
非复杂性皮肤软组织感染病原菌以金葡菌 (甲氧西林敏感) 、化脓性链球菌为主，轻症者只需局部用药。
皮损多发或伴全身症状者可首选口服头孢菌素类或氯唑西林等，也可选用左氧氟沙星或莫西沙星。
复杂性皮肤软组织感染，疑为肠杆菌科等革兰阴性菌所致切口感染者，可选用第三代头孢菌素类或氨苄西林舒巴坦等β内酰胺类抗生素，也可选用环丙沙星、左氧氟沙星或莫西沙星。
糖尿病足等患者多系需氧菌及厌氧菌混合感染，上述氟喹诺酮类药物可联合应用克林霉素或甲硝唑。如疑为甲氧西林耐药金葡菌所致者，则不宜选用氟喹诺酮类药物。
腹腔感染包括以下感染： ①急性细菌性腹膜炎，原发性、继发于腹内脏器穿孔后、持续性非卧床腹透相关性腹膜炎；②急性坏死性胰腺炎继发感染、胰腺脓肿；③急性细菌性肝脓肿；④急性胆道感染。腹腔感染的病原菌多为大肠埃希菌等肠杆菌科细菌和脆弱拟杆菌等厌氧菌的混合感染。
腹腔感染起病急，病初一般无法获得病原学资料，因此，常采用初始经验抗菌治疗。由于肠杆菌科细菌对喹诺酮类药物耐药性的增高，尤其是 ICU 分离株产 ESBL者 (对喹诺酮类药物也多呈耐药) 显著为多，因此在 ICU 继发性腹膜炎重症患者的经验治疗宜选用碳青霉烯类或β内酰胺类抗生素及其酶抑制剂复方。依据病原菌药敏情况也可选用第三、四代头孢菌素类或环丙沙星+甲硝唑。
对于轻中度感染的患者 推荐经验性抗感染治疗的单一用药选用莫西沙星、头孢哌酮-舒巴坦、厄他培南，联合用药方案选用头孢唑啉、头孢呋辛、头孢曲松、头孢噻肟、环丙沙星、左氧氟沙星联合硝基咪唑类药物；
对于β内酰胺类药物过敏的感染患者 可选择莫西沙星或环丙沙星联合硝基咪唑类药物的经验性治疗。
氟喹诺酮类药物在体外的抗结核分枝杆菌活性极强，在一线药物耐药和/或不耐受的情况下，作为二线抗结核药物的初始类别，因为左氧氟沙星和莫西沙星的体外抗菌活性更好，故这两种药物优于早一代的氟喹诺酮类(尤其是环丙沙星)，可与其他抗结核药联合用于难以应用一线抗结核药或一线药物疗效不佳的肺结核病患者。
目前国内大肠埃希菌对该类药物耐药率高的情况下，肠道、泌尿道又是大肠埃希菌的主要寄殖部位，因此该类药物并不宜作为涉及肠道或泌尿道手术的围手术期常规预防用药。
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