一、股东资格与实际出资
实际出资并不等于实际取得股东资格，理由有三：
第一，在学理上看，股东资格的认定需满足实质和形式两个要件。实质要件是指股东实际出资，形式要件是指股东须经工商登记并记载于公司章程、股东名册等文件，公示于众。实际出资人仅满足实质要件，而不满足形式要件，则根据商事外观主义的理论，为维护交易安全和不特定第三人的利益必须将股东信息进行公示，未经公示不能取得股东身份。但现在，通说对实际出资人股东资格的取得采取了“内外有别，双重标准”的做法：在公司内部，处理实际出资人与其他股东及公司的关系时，偏重于实质要件，即：（1）显名股东与实际出资人之间对实际出资人的股东地位有明确约定并实际出资，且为公司半数以上其他股东知晓；（2）实际出资人已经实际行使股东权利，且无违反法律法规强制性规定的情形。可以认定实际出资人的股东资格。但在公司外部，在处理实际出资人与善意第三人的关系时，偏重于形式要件，以保护善意第三人的利益和交易安全。综上，实际出资并不是获得股东资格的充分必要条件。
第二，在证据规则上看，认定股东资格的证据大致有八种：公司章程，工商注册登记，股东名册，出资证明书，实际出资凭证，股权转让、继承、赠与等文件，参与公司经营管理的股东会决议等资料，参与利润分红、剩余财产分配等资料。前四种为证明形式要件的证据，主要在对外部第三人起证明作用；后四种为证明实质要件的证据，主要是对内部股东之间，股东与公司之间起证明作用。其中，公司章程的效力最高，兼具实质要件和形式要件的特征，对外公示于众，对内表明各股东互相确认的意思表示。各类证据对股东资格的证明效力各不相同，对于形式证据来讲，公司章程＞股东名册＞工商登记＞出资证明书；对实质证据来讲，实际出资证明＞股权转让等协议＞经营管理资料＞利润分配资料。对实际出资人来讲，一般情况下，仅有实际出资证明，也有可能拥有参与经营管理和分红的证据。由此可见，实际出资证明并不一定能证明股东身份。
第三，在立法精神上看，公司法第二十五条、第三十一条、第三十二条均强调股东资格确认的形式要件，要求进行工商登记，记载于股东名册、并出具出资证明书，这均表明公司法坚持商事外观主义，保护交易安全的立法精神，但实际出资人恰好不满足这些要件。另外，公司法将法定资本制变更为认缴资本制，允许实际出资与股东资格的分离，股东只要认缴出资即可获得股东资格，也反证了实际出资并非获得股东资格的唯一条件。
二、股东资格与工商登记
首先分析一下有限公司工商登记的效力，这样可以和股份公司的证券登记做了一个类比。法学理论及司法实践通常认为，拥有股东资格主要有两个前提条件，一是履行了出资缴款义务，二是完成股权的“交付”。根据现行《公司法》第三十二条第二款规定，“记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利”，可见，以股东名册上登记的股东才可以享受股东权利，但实务上，对于有限公司而言，置备股东名册基本上与《公司法》的规定相脱节，而实际上增资扩股协议或股权转让协议、公司章程、出资凭证等往往替代了股东名册的功能，也很少发生因股东名册异议引起的纠纷。问题是能否以工商登记来确认股东资格的依据或法定要件呢？
最高人民法院于2014年6月作出《丽江宏瑞水电开发有限公司与永胜县六德乡双河电站、北京博尔晟科技发展有限公司、张正云、唐振云与万家裕的其他股东权纠纷审判监督民事判决书》〔（2014）民提字第00054号〕，最高人民法院认为，“股东身份的确认，应根据当事人的出资情况以及股东身份是否以一定的形式为公众所认知等因素进行综合判断；首先，万家裕已经向宏瑞公司实缴出资，万家裕打入宏瑞公司账户的510万元为出资款而非借款；其次，万家裕的股东身份已经记载于《宏瑞公司章程》，万家裕也以股东身份实际参与了宏瑞公司的经营管理；参照合同生效的相关规定，经法定程序修改的章程，自股东达成修改章程的合意后即发生法律效力，工商登记并非章程的生效要件，这与公司设立时制定的初始章程应报经工商部门登记后才能生效有所不同。宏瑞公司章程的修改，涉及公司股东的变更，宏瑞公司应依法向工商机关办理变更登记，宏瑞公司未办理变更登记，应承担由此产生的民事及行政责任，但根据《公司法》（2005年10月27日修订）第三十三条的规定，公司股东变更未办理变更登记的，变更事项并非无效，而仅是不具有对抗第三人的法律效力”。由此确定，工商登记并非是确定股东资格的法定要件。
根据现行《公司法》第三十二条第三款规定：“公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人”，结合上述最高院的判决，工商登记并非是有限公司股东取得股权享有股东权利的法定要件，工商登记仅产生对抗第三人的法律效力。但对于公众公司股份的设立、变更及消灭，工商登记（股份公司仅需办理工商备案）与中登公司证券登记（包括初始登记、变更登记及注销登记）是否产生同样的效果呢？
三、股东资格与证券登记
2001年1月，证监会发布《关于成立中国证券登记结算有限责任公司的通知》（证监发〔2001〕13号），经国务院批准，深交所和上交所为中登公司各持50%股权的股东，主管部门为证监会，实行董事会领导下的总经理负责制，原沪、深证券交易所的登记结算公司，其资产以股权形式投入中登公司后，变更为中登公司的分公司，也就是现在的中登公司上海分公司及深圳分公司。
1996年7月，原告（宁波中元股份有限公司，以下简称“中元公司”）与被告（宁波联合实业有限公司，以下简称“联合公司”）签署了一份股份转让协议，约定联合公司将其持有的宁波华通股份有限公司（以下简称“华通公司”，系上市公司）500万股法人股转让给中元公司，并约定由中元公司办理过户手续，费用由联合公司负担。1996年12月24日，联合公司又与湖北A公司签订了500万股华通公司法人股的转让协议，并于1996年12月27日向上海中央证券登记结算公司（现为中登公司上海分公司）办理了登记过户手续。1996年12月31日联合公司在《上海证券报》依照有关规定公告了转让事实。中元公司遂于1997年1月27日向宁波市中级人民法院起诉被告，要求其履行股份转让协议，并赔偿由此而引起的一切损失。1997年5月，湖北A公司将其500万华通公司法人股出售给海南B公司，付清了全部款项。但由于浙江省宁波市中级人民法院出函要求上交所所暂缓办理上述法人股过户手续，致使海南B公司无法取得500万华通公司法人股所有权。海南B公司向武汉市中级人民法院起诉湖北A公司。经调解，湖北A公司未履行股份转让过户手续属实，现同意将其持有的宁波华通公司500万股法人股过户给海南B公司，联合公司对此无异议。在该案件的执行过程中，上交所向中国证监会反映情况，中国证监会征求了最高人民法院的意见。最高人民法院以法经（1997）227号复函如下：
“宁波联合实业有限公司将其所持有的宁波华通股份有限公司法人股500万股转让给湖北A公司，并办理了过户手续，湖北A公司即取得该500万股的所有权，该公司有权再行转让该项股份。武汉市中级人民法院以调解方式处理该公司与海南B公司股份转让纠纷，在程序上和实体上均不违反法律规定，该民事调解书具有法律效力。武汉市中级人民法院向上海证券交易所发出协助执行通知书，符合我国民事诉讼法的有关规定，上海证券交易所应予协助执行。浙江省宁波市中级人民法院要求上海证券交易所暂缓办理上述法人股过户手续的函，不具有民事诉讼法上的效力。”由此初步确定了股份转移的证券登记生效原则。
类似的判例，如上海市高级人民法院《申银万国证券股份有限公司诉上海国宏置业有限公司财产权属纠纷二审案》，上海高院认为，“根据《证券法》公开、公平、公正的交易原则以及上市公司信息公开的有关规定，对上市公司信息披露的要求，关系到社会公众对上市公司的信赖以及证券市场的交易安全和秩序。因此，上海九百作为上市公司，其股东持有股权和变动的情况必须以具有公示效力的登记为据”，虽然该案的争议焦点并未涉及证券登记的效力，但法院的相关论述部分亦可具有参考意义。
在债物二分的体系下，上述案例中，中元公司与联合公司签署的股份转让协议是有效的，但因尚未办理证券变更登记过户，中元公司并未取得股份的所有权；而联合公司将股份转移给湖北A公司并办理了过户登记，依法拥有华通公司的股份，拥有股东资格，有权将其持有的股份再转移给海南B公司。在采取登记生效主义的体系下，未办理登记过的，不发生物权效力，但并不影响债权合同的效力；根据合同法的规定，合同无效是自始不发生效力，合同有效是追究相对人违约责任的前提，中元公司可依据协议追究联合公司的违约责任或赔偿责任。
根据现行《物权法》第二百二十六条第一款的规定，“以基金份额、股权出质的，当事人应当订立书面合同。以基金份额、证券登记结算机构登记的股权出质的，质权自证券登记结算机构办理出质登记时设立；以其他股权出质的，质权自工商行政管理部门办理出质登记时设立”，由此可见，证券登记系设立股份质押的生效要件，但物权法并未明确规定股份的设立变更及消灭是否以证券登记为生效要件。但是，现行《证券法》第一百六十条有规定，“证券登记结算机构应当向证券发行人提供证券持有人名册及其有关资料。证券登记结算机构应当根据证券登记结算的结果，确认证券持有人持有证券的事实，提供证券持有人登记资料”，证券登记系对证券持有人持有证券的一种确权，是一种创设权利的行为，因为这种登记结果反映的是交易的实际后果，是经过既定程序之后形成的，应当作为确认投资者权利的一种可靠的依据，也即证券登记系投资人取得股份，拥有股东资格的生效条件，据此以立法的形式确定了证券登记生效原则。同时，中登公司的权益分派规则及业务指南亦有规定，上市公司分红前，需确定股权登记日，股权登记日后为除权除息日，不享有分红权，与证券登记生效原则不谋而合。
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