要看该个人所得税完税证明是针对企业的还是针对个人的。
个人所得税是代扣代缴，企业代扣个税并代缴后，会收到税局针对企业开具的完税凭证（按企业汇总），这个按企业汇总的完税凭证应该做为企业代缴个税的入账凭证并予以入账。
根据《关于试行税务机关向扣缴义务人实行明细申报后的纳税人开具个人所得税完税证明的通知》规定，代扣代缴的个人所得税可以向税局申请按个人打印完税凭证，这个完税凭证是给个人的完税证明，代扣代缴的企业不能据此完税凭证入账。
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