从发达国家合作社联合社发展的情况来看，发展联合社既可以通过“自下而上”组建，也可以通过“自上而下”组建，并没有固定的模式，关键在于专业合作社是否存在联合的需求。但由于我国曾出现过自上而下合作化运动失败的先例，目前，在许多地方发展起来的联合社大部分采取的都是自下而上，即随着农民专业合作社的发展数量逐渐增多，当合作社感到有联合的必要时，才共同组成它们的联合社。联合社可以是由一个地区的几家合作社组成，随着联合社的发展逐步吸引其他地区专业合作社的加入。并且，可以按照这一模式组建更高一级的联合社。
联合社的运行应坚持独立、自治、民主的合作精神。组建联合社的目的不是替代而是服务各基层合作社，联合社的工作应是对基层合作社进行指导，包括法律、财务等事务以及合作教育和培训等方面，不应干预基层合作社的业务，从而保证各基层社独立和自治。另外，在联合社领导的选举、决策、控制等环节，要坚持民主管理。无论哪一级的联合社，其领导必须通过科学、公正、公开的民主选举产生。联合社的内部组织结构设计也要科学，既要发挥联合社现有组织的优势，也要根据环境的变化不断创新组织模式。
联合社应不断提升服务能力，增强联合社的吸引力。联合社除了开展农业生产资料的提供、农产品销售服务、田间管理技术服务，还要依托区域主导产业不断扩大服务范围，增强为基层专业社的服务能力。联合社应根据需要开展信息咨询、担保贷款、内部资金互助、互助保险、开展加工仓储、产品质量认证、以及与政府等有关部门沟通等方面的服务。
联合社的建立与发展应处理好与政府的关系。政府对于合作社联合社的推动作用不可或缺，但有个“度”的界限。由于合作社缺乏有效的动员能力，仅仅依靠合作社自己通过自下而上的方式组建联合社还面临着许多困难，政府利用自己特有的社会资源优势，作为第一推动者，填补了发起人供给不足的空缺。政府帮助指导组建联合社，不仅可以充分利用自身特有的社会动员力和社会信誉度，在短期内将本地区有着相同需求的基层社聚集起来，而且在为基层社提供市场信息、资金支持、技术服务等生产要素和搭建公共服务平台上也占据明显的独特优势。但这也可能会导致联合社的发展中往往会注入过多的政府意愿，而非基层社成员的要求，这就要求联合社应保持独立自治，在决策层人选、发展战略制定、重大投资决策等都应当坚持由基层社共同做出决定，而不是由政府取而代之。政府部门也应根据联合社的发展规律，发挥好调控功能，防止过多干预联合社的运行，更要避免走上“非合作化”的道路。
