虽然顺治皇帝胸怀大志、勇于进取，但是他性格有些急躁、任性，有些时候甚至刚愎自用、一意孤行，办起事情来不管不顾，不知道多方面统筹考虑。
顺治八年（1651年）二月，皇太后告诫皇帝的谕中有“惩忿戒嬉”，可谓是一针见血地指出了顺治的不足。后来和尚木陈忞说顺治“龙性难撄”，茚溪森说顺治“生平性躁”，说的都是顺治的这个缺点。
孝庄最了解自己的孩子，为匡正顺治的弱点她可是操碎了心。对于儿子的种种不合时宜的举动，孝庄都能宽容地对待，并且想办法弥补其不足。但是，当时的顺治 似乎并没有体会到母亲的一片苦心，以至于一再地伤害孝庄的心。他废除皇后的行为已经让孝庄觉得非常不愉快，而后来发生的一些事，更是加大了母子之间的裂 痕。
顺治与孝庄之间在婚姻观念上的冲突只是表面的现象，本质的、更深层的冲突其实是文化认同上的差异。顺治非常地崇尚汉族文化，希望 能够尽快地实现汉化。但是，孝庄比较稳健和谨慎。因为，此时满族刚刚入关不久，很多汉人都对满族的入关心怀仇恨，所以朝中大臣官员难以在短时间内接受汉 化。
再加上当时国家处于建立之初，有很多的政治体系需要完善，因此，牢牢地掌握国家的政体并拥有一支强大的军队是当务之急。然而年轻 的顺治由于个性冲动思虑不够周全，太过于极端和急功近利，为了推行自己的政治思想，顺治将清朝最重要最亲善的蒙古族在后宫的代表无情地拒之于千里之外，又 对满族的官员加以限制和制裁。这样做不但不利于实施他的政治理想，反而因为急于求成而破坏了大清的根基。
在册立董鄂妃一个月后，顺治 下令太庙的匾额上不能再出现蒙文，已有的要一律挖去。他在太庙的匾额上挖去了蒙文，这就暗示了蒙古族妇女在后宫的统治地位将会终结。这更让孝庄觉得很是寒 心，接连而来的几件事情，虽然顺治都让孝庄不得不做了妥协，但是善后问题还是让孝庄这个坚强的女子，一次次地操心。
从努尔哈赤开始，清廷就有不让汉人充当宫女的规矩。但是，顺治受到了太监的影响，沉迷美色，选收汉人当宫女。
顺治十二年（1655年）的时候，顺治竟然派内监去江南采买女子，弄得江南人心惶惶。为了不让自家的女儿入宫受罪，江南百姓纷纷嫁女。七月兵科右给事中季开生特上疏谏阻，顺治对此气愤不已，拒不承认自己采买女子的事情，还把季开生流放到尚阳堡。
当然，季开生并不是第一个为了国家着想、直言敢谏的人，也不是最后一个。事后，顺治也担心以后没人敢开口劝自己，于是一再求言。
顺治十五年（1658年）五月，御史李森先表示，皇帝屡次下求言之诏，但是臣子们却一直持观望态度的原因就是，“从前言事诸臣一经惩创则流徙永锢，遂相 率以言为戒耳”。他说，要想广开言路，就要先把因为建言而被流放的李呈祥、季开生等人赦免。但是，这次顺治更加恼怒，将李森先“着吏部从重议处”。
对于一切冒犯自己尊严或者让自己不顺心的人，顺治动不动就会惩罚。顺治十六年（1659年）闰二月，顺治突然谕吏部：“图海向经简用内阁，期其恪恭赞 理，克副委任。乃不肯虚公存心，凡事每多专擅。无论朕所见未见之处，恣肆多端，即在朕前议论，往往谬妄执拗，务求己胜。如阿拉那一案，问理不公，是非颠 倒，情弊显然”，“负恩溺职，殊为可恶”，将其革职，罚没家产。
但是对于自己喜欢的人，明明该惩罚顺治也不惩罚。顺治十二年（1655年），他已严令不许太监干政，并立十三衙门铁牌，但是仅仅过了三年，就出现了“内监吴良辅等交通内外官员人等”，“作弊纳贿，罪状显著”之事。
如果按照铁牌上的规定，这些内监是应该马上被凌迟处死的，但是顺治却说：“若俱按迹穷究，犯罪株连者甚多，姑从宽一概免究。”“自今以后，务须痛改前非，各供厥职。”但这些话只是针对太监的，太监们的确被赦免了，那些与太监勾结的官员们却被流放到了盛京或者宁古塔。
顺治皇帝曾经让孝庄充满了希望，在他亲政初期也表现出了很好的治国才能。但是儿子一次又一次地任性妄为，让孝庄不禁对儿子的执政能力产生了怀疑。
郑成功以反清复明为口号，在江南起到了很好的号召作用。此时，在金陵城内驻扎的六千名官兵中，满洲人仅仅有五百名，他们对汉人的军队心里还持有怀疑态度。朝廷派出了一些援兵，但是很快被郑成功全都剿灭了。京城里开始流传一些消息，说郑成功的部队要打到北京来了。
这个消息在京城引起了轩然大波，很多人心中非常慌乱，就连顺治皇帝都失去了镇静，甚至有了逃回到满洲的想法。
孝庄知道后，非常生气地训斥他说：“才刚刚有点消息，你就沉不住气，你的祖先用鲜血和勇气换回来的江山，你就打算这样白白地拱手让人吗？”这几句话就像 大石头一样，重重地砸在顺治的心上，他突然觉得有些汗颜，也突然觉得耻辱，立刻引发了他的狂怒，他一下子从一个极端转变到了另一个极端，他要御驾亲征，为 了表明自己的决心，他拔出宝剑，宣布自己坚决不会改变自己的意志，不管此去是生是死，他都要勇往直前。
孝庄听后，只能压制住自己的情绪，耐心地劝导他：“皇帝的安危关系到国家的社稷，不可以轻易地作出这样的决定。你只要派出得力的大将，前去镇压就行了，没有必要自己亲自去。”
但是，此时的顺治不知道被什么力量冲昏了头脑，变得异常执拗。他不但不听从孝庄的意见，反而拿出宝剑，挥手将一把皇帝的座椅劈成了碎片，对上来劝阻的大 臣说：“哪个人如果不怕死，再敢来劝我，这把椅子就是他的下场。”见此情景，大臣们再也不敢多说什么。孝庄没有办法，只好让顺治的奶娘前去劝说。
顺治与奶娘的关系一直非常好，奶娘把他从小养大，两个人之间有浓厚的亲情。但是奶娘刚说出劝谏的话，顺治马上取出宝剑恐吓奶娘，奶娘见状吓得仓皇而逃。 顺治不许任何人提反对意见，他命人在京城内贴出了布告，说他要御驾亲征。但是布告一出，立刻在京城内引起了更大的恐慌。尤其是满族人，他们觉得皇上此次出 征凶多吉少。一旦皇上死了，大清的江山岂不是就要危险了。
万般无奈之下，孝庄想到了汤若望。汤若望是一名德国传教士，是到中国传教的 基督教徒，明朝万历末年来到中国。他知识渊博，顺治非常崇敬他，经常与他交谈至深夜。顺治从他口中了解了很多知识，比如伦理道德、治国之策、西洋科技之 类，甚至还有基督的教义。而且汤若望还拥有高尚的品格，不贪图荣华富贵，令顺治非常尊重。
汤若望在孝庄心中也占据着非常重要的地位。 在他的影响下，孝庄还曾经在胸前挂着十字圣牌。孝庄与汤若望心照不宣地合作着，共同引导着顺治朝着更好的方向发展。孝庄尊汤若望为义父，对于顺治的火暴脾 气，也只有汤若望敢不顾一切地加以劝阻。在孝庄的安排下，朝臣们去请汤若望出面。汤若望递上了自己的奏折，很恳切地说明了利弊，希望皇上为了国家为了社 稷，好好考虑一下。顺治此时也有了一些冷静，他知道汤若望的见解是对的，于是命人在城门上贴出了新的布告，说皇帝取消了亲征。
汤若望 给顺治出谋划策，建议顺治派遣一批新的军队征剿郑成功，并用丰厚的军饷来赏予他们。顺治十六年（1659年）九月，郑成功被清军击败撤回了厦门，并且自贬 为王爵。顺治开始反省自己在这件事情上的做法，觉得自己确实判断失误，而且还不听劝导。通过这件事，他意识到了自己的胆怯与暴躁，他也体会到了治国的不 易，开始理解孝庄对他的一片苦心，为了弥补之前对科尔沁蒙古族造成的伤害，他下圣旨让科尔沁主要的王爷世代享受王爷的特权。
孝庄看顺治有了悔过之心，母子两个人的关系有了一些缓和。可是后来由于董鄂妃的事情，母子之间刚刚和谐的关系又一次陷入了极度紧张的局面中。
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