人体微生物群系是由所有生活在人体表面以及内部的微生物组成的，这些微生物的细胞数目甚至远比人体自身细胞要多，比例大约是10：1。这些微生物中有些会导致疾病，有些则是人体维持健康所必须的。现在，研究人员只能在实验室中培养某几种细菌、真菌和病毒，不过新的基因技术可以辨认极少量的微生物DNA，然后通过与已知的DNA序列相比较来进行鉴别。
现在取得的成果还只是雄心勃勃的HMP项目的第一步。这个预算达1.57亿美元的项目于2008年启动，目的是要了解人体微生物对人类健康和疾病所起的作用。
已经分析的178个基因组将会成为HMP参考数据库的一部分，最终这个数据库会包含900多个人体内细菌、真菌和病毒的基因组。这些数据然后会用来辨认从志愿者身上取得的微生物群系样本，志愿者中既有健康人，也包括患有某种疾病的。研究者称，下一步就是研究特定微生物的存在与否同人类健康状况的关系。
研究人员对新发现的基因和蛋白质的功能也进行了初步研究，例如，他们发现胃内细菌生产的一种过去未知的蛋白质与胃溃疡有关，还发现一些蛋白质同糖类和氨基酸的代谢有关。
现在基因组分析结果已经显示出人体内微生物具有惊人的多样性，而这些分析的重点还只是胃肠道内的微生物，对身体其他部位的微生物进行分析可以让数据库更加完善。另外，HMP的第一阶段主要集中于细菌，而未来的基因组测序会把目标扩展到更复杂的微生物以及病毒。
除了本来的研究目的之外，HMP项目也会促进新技术、计算工具和数据分析的发展，并检验人体微生物群系研究对伦理、法律和社会造成的影响。
