有“忍者百科全书”之称的《万川集海》在“卷第十八·忍器一·登器”中对忍器做了一个颇为“哲学化”的解读：
“忍者如捕鸟之网，其目有亿兆之数，而捕鸟之目不过二三。忍器之用度，也须如此，当因地、因人、因时而制宜。”
《万川集海》将忍器分为四大类：登器、水器、开器与火器，登器主要指攀爬所用的的工具，如梯、绳、钩等。值得一提的是，在《火影忍者》中几乎成为忍道象征的“苦无”，在《万川集海》中被列为“登器”，其用途主要在于攀爬而非战斗。水器主要主要指渡河用具，包括筏、船及著名的“水蜘蛛”。开器指撬门撬锁之类的忍器，如铰、锥、铔等；而火器顾名思义便是火药之类，既有攻击性忍器也有照明性忍器——日本忍者的历史与日本战国史基本重合，而火器也正随着将军、大名之间的攻伐而被广泛运用。《万川集海》成书于德川幕府延宝四年（1676年），其时忍者的时代已经结束，这本参照中国兵书《六韬》与《孙子兵法》写成“忍者百科全书”事实上是对几百年来忍者文化的总结，故而很自然地列举了大量火器。
忍器卷所描绘的是“形而下”的器，但《万川集海》对忍器的分类却从另一个角度诠释了忍者存在的意义。在《火影忍者》的“三忍大战”时，自来也与大蛇丸之间有一幕经典地对话：
大蛇丸：忍者的天赋，是由忍者是否可以将世界上所有的忍术都淋漓尽致地发挥出来决定的。所谓忍者，一如其名，是指使用忍术的人。
自来也：忍者的天赋才不是指那个，你还不明白吗？所谓忍者就是指能够忍受一切的人。
《万川集海》中甚至没有将战斗型忍器作为一个单独的分类，因为历史上的忍者从来不是一个“战斗种族”。作为以暗杀、情报等间谍工作为主要任务的群体，“我和谁都不争，和谁争我都不屑”才是忍者最理想的行动状态——如果被迫“亮剑”，至少说明身份已经暴露了。
“间谍”与“英雄”两种不同风格的对撞，构成了历史上的忍者与文学作品中的忍者的巨大差异，而这种差异在《火影忍者》的忍具中表现的尤为明显。
《火影忍者》中，手里剑和苦无一样几乎是每个忍者的必备武器。以手里剑为原型的忍术也颇多，比如漩涡鸣人的风遁·螺旋手里剑、宇智波佐助的影手里剑、小南的纸手里剑等。
手里剑实际上就是飞镖或暗器，为日本忍者所使用的投射武器的专有名词，主要用途是在自己发生危险时丢向远方的敌人，以便能够产生伤敌、毙敌的作用而使自身脱困。手里剑以形状区分为棒手里剑与车手里剑，棒手里剑与中国的飞镖相似，而车手里剑源于其酷似“风车”，以其“扇页”的数量又分为八方手里剑、六方手里剑、四方手里剑、三方手里剑及“卍”字手里剑。
在《火影忍者》的体系中，手里剑的出镜频率非常高，给人以一种“取之不尽、用之不竭”之感。事实上，忍者行动以轻便为首，不大可能大批量携带手里剑；同时忍者的经济条件通常无法与正规的武士相比，而手里剑作为一次性忍具成本相对较高，不可能支撑得起“天女散花”式的使用习惯。
相较于车手里剑，棒手里剑因较难掌控而较为少见，同时棒手里剑的形制已经与“飞苦无”相似。
苦无应该是《火影忍者》中的明星忍器了。从一出场，鸣人就通过一把小小的苦无撕开了火影世界的大门。因为《火影忍者》中的苦无常被忍者们用于投射，所以很容易与棒手里剑混同。事实上正如《万川集海》中所分类的那样，有着飞镖一般外观的苦无属于登器，主要用于挖掘、攀爬、凿壁，同时因其以铁制而尖锐亦可用于防身，唯有一种小型的“飞苦无”专用于投射，不过因其形状尖长，不像手里剑般可以旋转力量掷出，所以命中亦比较困难。比起武器，苦无更像是一把日本战国时代的“瑞士军刀”，其面对的不是敌人而是自然。
无论是手里剑还是苦无，小巧的外形都决定了它们的杀伤力非常有限，命中目标后造成的作品通常并不足以致命，所以忍者常常会在刃上涂抹毒药以加强杀伤力。棒手里剑与飞苦无由于杀伤半径小，忍者亦用在其尾部绑上类似箭羽的配件，改装之后与穗子镖颇为相似。
利用苦无攀爬是忍者的基本功。苦无前部尖锐，手柄后方有一圆环，可以缠绳。攀壁时，用力将前部插入墙体，用脚踩在手柄上，而一只手握住圆环上所缠之绳，待跃过墙头里用力扯绳子的一端，苦无便自然收回——日本古代的房屋多为木制，以苦无在檐前瓦后开道还是颇为实用的。
《火影忍者》中的苦无有一种有趣的变体：四代火影苦无。四代火影苦无大体与普通苦无相似，但主刃两侧多出了两刃，类似于三股叉——无独有偶，《忍者神龟》中的拉斐尔用的武器也是三股叉，当然那却不算是暗器了。三股太亦有“加长版”，《西游记》中黄风怪所用的三股叉正是长柄兵器，这与忍者的轻装之道却背道而驰了。
手里剑和苦无作为忍者的标志性武器一点都不为过，但其使用的方式却远不像《火影忍者》中所描述的那么“阳光”，至于天天从“操具”卷轴中召唤出的巨型手里剑，在历史上更不可能存在了。与此相似的是“波之国”任务中鸣人化身而成了“风魔手里剑”，其形制较大且可折叠，这种手里剑看似多功能实际却牺牲了武器的坚韧度，在实战中不一定实用。
光明正大的比武属于英雄，而忍者这个职业，却注定生活在黑暗中。手里剑也好，苦无也罢，与其说是图腾，倒不如说是忍者的饭碗，而依附于其上的种种神话则更无人谈起了。
日本刀向来是日本人的骄傲。早在北宋，欧阳修便写出“宝刀近出日本国，越贾得之沧海东。鱼皮装贴香木鞘，黄白闲杂??与铜”之诗句以称颂日本刀的精致华丽。日本刀全称“日本平面碎段复体暗光花纹刃”，至今仍与大马士革刀（大马士革平面花纹刃）、马来克力士剑（马来糙面焊接花纹刃）并称为“世界三大名刃”。
事实上“日本刀”一词是日本刀类的统称，依据形状、尺寸分为太刀、打刀、胁差、短刀等，也包括工具化的忍者刀，而其中最有代表性的便是太刀。平安时代末期源氏与平氏争雄，这一时代被称为“太刀时代”，尤其是武士势力最活跃的“前九年之役”和“后三年之役”时期，武士门第势力增大极大地推动了太刀的发展。这种太刀以不同材质的金属、木材、皮鞋、宝石等材料精心制成，既是武器也是身份的象征——相比于尊贵的武士，忍者集团显然与太刀无缘。
长且华丽的太刀也并不适合忍者。为便于隐藏，忍者刀会在长度上有所牺牲，出于财力其质量也无法与太刀相比——而最重要的一点则是，忍者刀也并不是一个纯粹的战斗型武器，与苦无一样，忍者刀也是攀爬利器之一，而这一点集中体现在刀锷上。
太刀的刀锷较小甚至于无，刀入鞘时浑然一体十分美观大气，而忍者刀通常有方形的刀锷，上面还会有大小不一的孔，与苦无尾部的圆环一样，这个孔也是用于系绳的。作用忍者刀攀爬的方式也几乎与苦无一样：将刀刃插入墙体并脚踩上面，而一只手握住刀锷上所缠之绳，待跃过墙头里用力扯绳子的一端，忍者刀便自然收回。
以绳系忍者刀的方式最终发展出了一系列“座探术”，如在忍者刀上系黑衣，于墙头手持绳子的一端将刀与衣服向下抛去，如果有埋伏则向上拽回迅速撤离——相应的手法层出不穷，这也是在普通人眼中忍者飞檐走壁无所不能的原因之一。
《火影忍者》中以刀闻名的首指“雾之忍刀七人众”，然而每一把刀都因沾染上过多的奇幻色彩而失实了。“斩首大刀”可以吸收敌人血液中的铁自我再生并且进行吸取血液体力恢复；“牙”自带雷电属性；“鲛肌”不但吸收敌人的查克拉还备有生命以至于能与人合体，这样怪力乱神的刀具与历史上的刀便无可比性了。
与历史相契合的倒是宇智波佐助的黑白草薙剑。草薙剑的原型是日本“三神器”之一，《古事记》中须佐之男斩杀了八歧大蛇，从其尾部取得的“天丛云剑”；而在《火影忍者》中草薙剑为一类剑而非指特定的一把剑。
刀与剑的区别在于前者为单刃后者为双刃，但在日本，剑也只是刀的一种，佐助的草薙剑亦是刀——显然，作为“酷遁”的代表人物，佐助当然不会为了方便而牺牲刀的长度，然而佐助的黑白草薙剑无血槽且刀刃平直，其刀尖时而呈角状里面呈圆弧状，其形介乎于唐刀与日直刀（直版武士刀）之间。
另一个以刀为武器的是八尾人柱力奇拉比。奇拉比身上带有七把短刀且均为双刃，称为为剑更为合适，其刀法与其性格一样充满着无厘头色彩。事实上除了飞刀流之外，两把以上的刀很难说有什么实际用途；而纵然是宫本武藏，其“二天一流”也是以长短双刀互为配合，而非奇拉比清一色的短刀。
《火影忍者》中最后出现的一把“剑”是天沼矛——又是一个来自于日本创世神话的神器。据《古事记》载，伊邪那岐和伊邪那美用天沼矛搅拌地上世界的混沌，从矛尖滴下来的一滴水滴则成为了淤能碁吕岛。然而在宇智波带土口中，这又成了一把“心之剑”，其形制为DNA双螺旋，这已经不是人类所能理解的武器了……
