益生菌即对人体健康有益的活的微生物，对于维持肠道内微生态的平衡，有不可替代的作用，可以直接补充肠道正常菌群，在肠道内大量繁殖，形成保护膜，从而抑制致病菌生长繁殖，并可刺激人体肠道分泌免疫因子，提高人体的免疫力，在代谢过程中生成短链脂肪酸，促进肠道蠕动，还可提高肠道内的渗透压，保持肠道水分，促进营养物质的消化和吸收。
目前，益生菌在临床上被广泛地用于治疗便秘、肠易激综合征、婴幼儿湿疹、肠绞痛和乳糖不耐受等病症，甚至有人用益生菌来提高免疫力，这是不恰当的，现有的研究表明，益生菌对上述疾病治疗的有效性缺乏证据，使用再多再久的益生菌也是无效的。益生菌只对两种病症可能有效，一种是病毒感染性腹泻，如轮状病毒、诺如病毒感染所致腹泻，另一种是抗生素引起的腹泻，即抗生素破坏肠道菌群平衡，使致病菌大量繁殖而引起的腹泻，益生菌可有效缓解腹泻症状，缩短腹泻时间。
虽然益生菌是人体肠道内的正常菌群，但并非绝对安全，长期服用也可能会导致副作用，甚至严重副作用，一些特殊人群，如免疫功能不成熟的早产儿、免疫低下或免疫受损的人群服用益生菌可明显增加菌血症和脑膜炎的风险，再如一些腹泻病或肠道炎症性疾病患者肠道黏膜屏障功能遭到破坏，服用益生菌可能会引起细菌移位和继发性菌血症，还有一些服用广谱抗生素的人群使用益生菌可引起菌血症、败血症、脓毒血症等严重全身性感染，这是因为广谱抗生素会同时杀灭肠道内的有益菌和有害菌，诱发肠道菌群紊乱，益生菌在肠道中过度繁殖所致。因此，鉴于上述原因，不推荐健康人长期服用益生菌。
合生元是益生菌和益生元组成的混合制剂，益生元是一种不能被人体消化的食物成分，主要包括低聚果糖、低聚半乳糖、低聚木糖、异麦芽低聚糖等低聚糖类，一方面，益生元可促进益生菌的生长繁殖，调节肠道菌群平衡，是益生菌的“食物”，另一方面，益生元不能被人体肠道消化吸收，可改变肠道渗透压，使肠道形成高渗环境，吸收肠道水分，增加大便体积，有助于改善便秘，因此，长期便秘的人群可以适当的补充合生元，改善便秘。
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