针灸可治疗消化系统的40多种病证，主要的有急性胃肠炎、细菌性痢疾、消化性溃疡、胃下垂、慢性肠炎、阑尾炎和肝胆疾病等，以消化性溃疡的研究最为深入。大多以中脘、天枢、足三里、内关、公孙、胃俞、脾俞、曲池、支沟、上巨虚、下巨虚、内庭等为主穴，并结合辨证分型酌情增减，疗效肯定。治疗方法多种多样，有针刺、艾灸、TDP照射、耳针、穴位埋线、按摩、配合药物灌肠等方法。尤其是溃疡性结肠炎，大多需配合药物治疗，方可取得显著疗效
研究表明，针灸对消化道的运动、消化腺的分泌、胆汁流量以及胆囊、胆道的舒缩功能等均有调整作用。针刺天突、膻中、合谷、巨阙等穴可使正常食管壁蠕动增加、增强，管腔加宽；若管壁为肿瘤组织所代替或放疗后发生纤维化，针刺则无明显改变。针刺足三里、胃俞等穴可以明显地改变胃和小肠的活动，其作用取决于当时胃肠道所处的功能状态。如胃的运动处于抑制状态时，针刺能使胃的活动加强，胃体收缩幅度增大，频率加快，胃液的酸度和酶的活性升高；反之，当胃的运动处于兴奋状态时，针刺则能使胃的活动减弱，频率减慢。
针灸治疗急性胃肠炎，即使只用中脘、内关、足三里，效果也较为显著。故有人将此3穴命名为“胃病方”。据报道：针灸治疗急性胃肠炎492例，治愈率达95%，多数患者经1～3次治疗即愈。有报道用针灸治疗暴发型胃肠炎301例，治愈296例，以常规穴结合泻大椎、曲池，或在曲泽、委中刺络出血，治愈率为98.3%。
细菌性痢疾是运用针刺治疗较早的一种急性传染病，主穴多用天枢、足三里、上巨虚、曲池、阴陵泉等。每日治疗2次以上，强刺激泻法，久留针，疗效好，见效快，无论是改善症状还是促使大便转阴，其疗效都超过中西药物。针刺治疗细菌性痢疾除了能提高机体免疫防御功能外，对肠道局部也有影响，可抑制亢进的肠蠕动及扩张肠血管，增加肠血流量，有助于肠道病变的愈合。尤其在解决腹痛、里急后重、减少排便次数等方面有较快的疗效。
针灸治疗消化性溃疡病，方法颇多，如针刺、艾灸、耳针、穴位注射、穴位埋线、穴位敷贴和针挑疗法等，均取得了良好疗效。针灸治疗消化性溃疡的常用穴位按使用频率的高低依次为：中脘、胃俞、足三里、脾俞、上脘、内关、梁门、章门、下脘、三阴交、公孙、合谷。
有实验表明：针刺对胃和十二指肠溃疡患者胃电振幅的抑制，与针刺的穴位有一定关系，即胃俞>中脘>足三里>脾俞>梁门>阳陵泉>对照点。另外，在消化性溃疡的针灸治疗过程中，不少人发现溃疡患者在背部有阳性反应点，在这些反应点上施以针刺治疗，常能获得较好的疗效。
据9个单位对消化性溃疡549例的针灸治疗资料显示，治愈率为59％。研究表明，对消化性溃疡，针灸可以调整自主神经功能，降低胃黏膜兴奋性，减少促胃液素和胃酸分泌，有保护胃黏膜、促进溃疡愈合等作用。一旦胃溃疡发生穿孔，针刺还可使大网膜向胃壁创口移动，包裹创面，形成粘连；并能提高腹膜的吸收功能和机体防御功能，促进伤口愈合。十二指肠球部变形若为活动性溃疡引起者，针刺后可使其变形缓解，龛影暴露，借此可以提高十二指肠球部溃疡X线诊断的准确率。
针灸治疗胃下垂不但有较好的临床疗效，而且具有见效快、疗程短的特点，这是一般药物的效果所不及的。取穴以中脘、提胃（中脘穴旁开4寸）、升胃（下脘穴旁开4寸）、脾俞、胃俞、足三里、百会、气海、关元为主。多采用灸法，也有用芒针、埋线和配合中药的综合疗法，有效率均在90%以上。
据11个单位报道：针刺治疗胃下垂2226例，治愈率为38.4％，总有效率为91.4％。X线观察显示：针刺可使胃蠕动增强，提高胃肌张力，使胃下垂得以回升。研究发现，针刺足三里穴，血清5-羟色胺、胃泌素显著下降。表明针刺的调整作用可使胃窦组织G细胞、嗜铬细胞中的5-羟色胺、胃泌素增多，血液中5-羟色胺、胃泌素含量减少，缓解过量5-羟色胺、胃泌素对靶细胞的刺激，从而使胃窦部运动趋于正常，胃节律恢复正常，胃排空不受阻碍，原胃运动节律紊乱导致的恶心、呕吐、腹胀、纳呆等症状也随之消失。
针刺治疗阑尾炎以急性者最为适宜，针刺以取阑尾穴、天枢、上巨虚、足三里、合谷、曲池为主，配合中药保守治疗，病人痛苦小，治愈率也高，无任何副作用和后遗症，能使阑尾炎患者很快康复。其作用机理在于对肠道和阑尾运动以及机体防御反应的影响，阑尾炎患者在针刺阑尾穴后，阑尾排空时间延长，并伴有局限性压痛，按此诊断可使病理检查符合率由85%上升到近100%，并使手术的可靠性由60%左右升高到近100%。
针刺作为一种简、便、验、廉的治疗方法，在肝胆疾病的治疗中发挥着重要的作用。临床用穴包括期门日月、肝俞、胆俞、至阳、太冲、丘墟、内关、支沟、阳陵泉、胆囊穴等。操作以毫针、电针、耳穴按压为主，此外，还有艾灸、穴位注射、穴位埋线以及配合中药，取得了一定的疗效。针灸对肝脏功能有一定影响，对肝硬化患者运用中药敷贴期门、神阙等穴，能减轻乏力、纳呆、腹胀、腹水等症。针灸治疗急性黄疸型肝炎，主穴取太冲透涌泉、足三里，有效率接近100%。
利用蜂毒穴位注射治疗乙型肝炎，也取得可喜进展。针刺日月、阳陵泉、期门、至阳穴治疗急性胆囊炎和慢性胆囊炎，有效率均可达95％以上；治疗胆道蛔虫症的有效率更高。对于胆石症，针刺有影响胆红素代谢、预防结石形成、加强胆囊收缩、促进胆汁分泌和排石等作用。通过对大量胆石症患者的临床实践观察，针刺巨阙、不容、阳陵泉、足三里等穴对胆道口括约肌有明显的解痉作用，且能促进胆总管的收缩。
针灸治疗神经性呕吐疗效确切、肯定，多采用内关、天突、中脘、足三里、公孙等穴，在呕吐前进行针刺。针灸治疗顽固性呃逆、中风后呃逆、手术后呃逆和肿瘤并发呃逆，也都有较好的临床疗效。针灸治疗习惯性便秘，以足阳明胃经腧穴为主，常取天枢、足三里、上巨虚、内庭、曲池、支沟、大肠俞，其他还有合谷、内关、三阴交等穴。可使便秘患者直肠蠕动增加，便意出现。
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