磁山遗址地处华北地区太行山东麓的山前地带，四周山峦起伏，南洺河穿越西部山区东入漳河水系滏阳河。遗址西依太行山余脉红山，东邻鼓山，位于南洺河北岸的河旁高台地上，台地高出河床25米。在这里，土地肥沃、气候湿润、雨量充沛，适宜种植粮食及其它作物。磁山与鼓山隔河相望，远处层峦叠嶂，山林茂密，野兽出没，成为狩猎的好场所。形成这个特点的原因是由于古代人都靠近水源居住，以后随着水位下降，导致河床下切，人们不断移近河床。距今8500至2500年的全新世中期，是全新世的高温期，当时的年平均气温比现在高，雨量也多。根据孢粉分析，距今7500至5000年，我国气候平均气温比现在高2℃至3℃，降水量比现在多500至600毫米。新石器晚期，磁山遗址降水量减少和水位下降，导致河床下切，迫使古代磁山人不断移近河床。
磁山文化遗址中发现的房屋基址，是当时我国发现最早的半地穴式人类居室建筑基址。根据已发现的房屋遗迹和柱洞的位置，可以推测这些房子是采用比较进步的木架结构修筑的。当时南洺河流域的木材资源相当丰富，加工也比较容易，这是当时盛行木架结构的主要原因。
磁山文化从发掘遗址中可以看出，房屋建筑为圆形或椭圆形半地穴式，即从地面向下挖一个土坑，再搭架盖成的。其中还保留着前期坚式袋状建筑的痕迹，即穴壁内收。房址面积6-7平方米左右，部分房址有二至三级台阶或伸出坑外斜坡式门道供人们出入。柱洞分布在坑口边缘，有的在坑内，居住面、内壁都未进一步加工处理。在磁山文化遗址第二层的文化遗存中，发现了房基两座，一座为圆形结构半地穴式，直径2.9米，形状很不规整，房内居住面周边较高，中间较低，正中有块大石头。另一座为椭圆形，也是半地穴式，直径3米，矩径2.5米，深1.2米，居住面东高西低，没有做进一步加工的痕迹。
磁山遗址中还没有发现一处像裴李岗那样有硬地面及柱洞的房屋遗址，但是却发现了一些房屋建筑构件，这些构件是：柱子及柱子横绑的木杆；用树条或苇子编织的箔；席子。可以推测当时建房子，是先立柱子，再在柱子之间横捆几根较细的木杆固定牢固，然后把织好的箔围在外边，并用麻绳、荆条之类东西把柱子、横杆与箔统一连接。房顶用一根根紧密排列着的木椽架起来捆绑好。有的房子在中央地面上挖一个柱洞，里面放有一块大石头，以防柱子下沉，这是我们知道最早的柱基。随后坚起一根粗的木柱，在柱洞和木柱底部的周围，用草泥土填实加固，然后用椽子同房屋中央的木柱连接起来，作为支撑屋顶的支架。最后，在屋顶上面盖上席子，铺盖谷草，在箔的外面及盖有席子和谷草的房顶上厚厚地抹上一层泥，等泥一干，就用火烧烤，直至烧红泥土变硬，这样一来，抹在箔上的泥就成了坚硬的屋墙，席子、谷草上的泥土就成了大瓦一样的屋顶。这样的屋顶和屋墙，不怕风吹雨淋，相当坚固。根据发掘出来的种种资料推断“半地穴室”的屋顶应该是锥形或者蘑菇状，房屋的外形类似蒙古族人民所住的“蒙古包”。
磁山遗址的房屋虽然都已经倒蹋了，被历史的尘埃封存了八千年，现在木柱、箔、席子统统都不存在了，但他们的痕迹却深深地印在那微微发红坚硬的泥块上。从此可以看出房屋的建筑形式，并且可以推断当时的建筑技术已经达到一定的水平。屋内建有灶址、防渗沟壕。灶址可做冬天作饭取暖使用，沟壕作为防潮设施。下雨如漏雨渗入屋内，排水防潮使用，地面铺着谷草、兽皮，并放置着生活用品。这个时代地球上的其他人类还处在树栖、洞居中，而磁山先民则住上了“现代化的别墅”。在居住区还建有圆形或者方形窖穴，这些窖穴是用来储藏生产工具、生活用具和食物的仓库。在其周围环绕着一条又深又宽的壕沟，可能是人工挖成的一种用来防御野兽袭击的防御性设施。
磁山遗址虽然尚未发现大面积村落居住址，但大批的粮食窖穴完全可以说明人类已经开始了定居生活，并且人口众多，一个中原地区强大的部落遗址仍被历史的尘埃封存在地下。在今后考古挖掘中一定会展现给世人。磁山文化建筑还有很多未知待我们去探索、研究。
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