(1）一次性资金投入大。尽管水肥一体化技术已日趋成熟，有上述诸多优点，但是因为其属于设施施肥，需要购买必须的设备，其最大局限性在于一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用滴灌水肥一体化亩均投入均在600-2000元，而温室灌溉施肥的投资比大田更高；喷微灌水肥一体化亩均成本也在400—-2500元。另外滴灌水肥一体化技术已在新疆大田种植（尤其是棉花）中被广泛采用，采用滴灌水肥一体化技术后，棉花生产成本发生了变化，在滴灌技术下南北疆棉花成本存在显著差异，在棉花种植中占总投入的12-20%；同时滴灌设备的投资回收期较长，需要有配套的播种铺膜农机具。
（2）水肥一体化工程规划与设计欠规范。规划是滴灌水肥一体化系统设计的前提，它制约着水肥一体化工程投资、效益和运行管理等多方面指标，关系到整个滴灌工程的质量优劣及其合理性，是决定滴灌工程成败的重要工作之一；滴灌系统的设计是在科学规划的基础上，根据当地的地理环境、水源水质、作物及栽培耕作方式等条件，因地制宜的配置滴灌系统。但我国目前绝大部分地区还没有将水肥一体化工程纳入农田水利工程规划之中，且田间设计和系统配置也不尽合理。应加强这方面的工作，特别要注重节水与农艺的结合。另外不同作物田间滴灌带铺置模式、每公顷滴灌使用长度和滴头数量以及滴头流量均存在较大的差别，经常出现出水桩流量与滴头总流量出现较大的差异，造成滴头压力过高或者过低，影响灌溉均匀度。
（3）水肥一体化不到位。目前相当部分滴灌区只注重滴灌的田间装备，没有重视与农艺技术结合，特别是没有实施随水施肥或者是技术措施还没完全到位，滴灌的综合效益没有得到充分发挥。部分农户滴灌施肥不是按照基肥情况和作物需肥规律进行，多凭经验随意进行，肥料配比、用量不按照作物需求，滴肥时间及次数不合理较为严重，影响了先进的滴灌设备的施肥效益和水肥一体化技术的发展。另外目前市场上销售的滴灌专用肥名为专用实为通用，另外肥料生产企业普遍对农化服务也重视不够，多数企业只注重肥料配方的经济性和产品的宣传，对农工用肥指导、服务的少，造成肥料配方单一并且不科学。应加强灌溉及施肥制度的属地化研究，尽快推进滴灌随水施肥。
（4）滴灌设备及产品不配套、成本高。滴灌器材目前还没有设立行业标准，生产不规范、质量不稳定，田间作业机械还不配套，水溶性肥料产品混乱，产品检测监督体系尚未形成，各地滴灌器材及产品成本仍较高等。大部分地区普遍采用不透明的旁通施肥罐，该施肥系统的最大缺点是罐体太小，肥料溶液浓度变化大，过程无法控制；进水管与出肥管偏小，无法调控施肥速度且肥料溶解过程看不见，肥料是否溶解全凭经验判断，肥料浪费较大；罐体溶液容积有限，添加化肥次数频繁，施肥不方便，面积越大越费工；部分农场采用立式罐，操作难度更大，更不方便。
（5)技术、认识、基础储备不足。滴灌技术是一项系统工程，交叉学科多，涉及到工程、农艺、生态、环境等方方面面，加之滴灌技术在我国是一项新兴技术，人们在这方面的认识水平、知识水平很低，基础差、技术储备不足，难能支撑这一技术的发展。必须加大宣传力度，强化技术培训，教育部门应将相关知识纳入教学内容，提高全社会对节水灌溉的认识和技术水平。
（6）施肥系统滞后，难以满足水肥一体化发展需求。滴灌施肥的效率取决于肥料罐的容量，用水稀释肥料的稀释度，稀释度的精确程度，装置的可移动性以及设备的成本及其控制面积等。常见的将肥料加人入滴灌系统的方法可分为肥料罐法和肥料泵的法。目前，新疆大部分地区普遍采用不透明的旁通施肥罐，该施肥系统的最大缺点是罐体太小，肥料溶液浓度变化大，过程无法控制；进水管与出肥管偏小，无法调控施肥速度且肥料溶解过程看不见，肥料是否溶解全凭经验判断，肥料浪费较大；罐体溶液容积有限，添加化肥次数频繁，施肥不方便，面积越大越费工；部分农场采用立式罐，操作难度更大，更不方便。
（7）水盐调控不合理，容易引起盐分累积。当在含盐量高的土壤上进行滴灌或是利用咸水灌溉时，盐分会积累在湿润区的边缘，如遇到小雨，这些盐分可能会被冲到作物根区而引起盐害，这时应继续进行灌溉。在没有充分冲洗条件下的地方或是秋季无充足降雨的地方，则不要在高含盐量的土壤上进行灌溉或利用咸水灌溉。近十年来，新疆兵团大面积推广膜下滴灌技术，起到了节水、增产的显著效果。但膜下滴灌是小定额的连续供水，属浅层灌溉，灌溉水没有深层渗漏，难以利用灌溉水淋洗盐分到地下水中去，盐分只在土层中转移而无法消除；再加上灌溉水中的矿化度较高，土壤水分蒸发和植株蒸腾后，水去盐留，使部分团场土壤处于较严重的积盐状态。
节选自本人主编，中国农业出版社2017年12月出版的《水肥一体化实用问答及技术模式、案例分析》一书，目前在天猫，新华书店，灌溉，新农资360网具有销售。
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