芽孢杆菌是目前水产养殖环境中最常用的一类菌体，最为常见菌种是枯草芽孢杆菌。
说起芽孢杆菌，就不得不说它的环境耐受力非常强悍，其耐酸、耐盐耐高温，能有效的分解水中的含氮、含磷、含硫等类污染物，对水溶性有机物、蛋白至、多糖的分解也有重要的作用，同时可与水体中有害藻类或水产致病菌起到竞争性抑制的作用。
菌种产品的选择：
多种功能协同的芽孢杆菌复配可以大大提高产品性能，而目前市面不少销售的混合菌株都是盲目混合，缺乏菌株间的协同拮抗作用，相比之下，一些大牌子或者进口牌子的菌种产品的研究技术相对充分；
发酵工艺的选择：
绝大多数芽孢杆菌属于严格好氧类细菌，在使用前的菌种发酵阶段，主要有两种方式：固体发酵和液体发酵。固体发酵的技术要求相对较高，主要培养基为豆粕、麸皮等，优势是可以获得更丰富的产物酶系；液体发酵则能做到快速扩增。
鉴于芽孢杆菌需要在氧气充足的水体中更好增殖，因此配合水体中可以进行光合作用的藻类，在早晨或晴天投入菌株可以起到更好的效果。
其它小技巧：
1.粉剂类活菌在菌种活化和使用过程中增加红糖等碳源，并充分充入氧气；
2.水体藻类多时，可配合腐殖酸钠同时处理；
3.增加水体充氧时长：芽孢杆菌耗氧量很大，需要大量氧气补充才能快速增殖；
4.酸碱度为中性的水体最适合芽孢杆菌增值，
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