1.议政王大臣会议
议政王大臣会议，是清朝初期满洲亲贵大臣们商讨并决定军国大事的一种重要形式。对皇权有较大的限制，在乾隆五十六年（1791年）下谕将其取消。
2.内阁
清代内阁沿袭于明代，但内容却有所变化。入关前，皇太极曾创设文馆，是为内阁雏形。后来又把文馆扩大为内国史、内秘书和内弘文三院，负责起草对外文书、撰拟诏令、编纂史书、颁布制度，辅佐皇帝处理政务。
内阁设满汉大学士，并与明代一样，例兼殿阁衔。雍正七年，特置额外大学士，即后来的协办大学士。乾隆十三年，因鉴于大学士员额多寡不定，正式确定为满汉各二人，协办大学士则根据情况，满汉或一员、或二员，因人酌派。又重新调整了殿阁兼衔，即三殿（保和、文华、武英）三阁（文渊、东阁、体仁）。大学士、协办大学士以下，还有学士、侍读学士、侍读、典籍、中书等官。清代大学士常兼任各部尚书或管理某部部务，某副手学士则兼任侍郎。
3.南书房
南书房位于乾清宫西南，大概设于康熙拘禁鳌拜，政柄在握以后。南书房并不属于中枢机构，开初不过是皇帝召集一批翰林学士，用以传授知识、讨论学问的场所。这样难免会涉及当前政事。在光绪二十四年撤销。
4.军机处
军机处的建立与清廷向西北用兵有直接关系。雍正八年，决定于接邻内宫的隆宗门内设立军机房，处理有关前线的奏报和诏旨。不久更名军机处，并由单纯办理军事，逐步扩大到其他政务。1911年撤销。
军机处设军机大臣若干名，一般由大学士兼任，也有选自各部院官者，以品贵资深者为班首，但无统属关系。又有军机章京，俗称小军机，满汉各十六员，是大臣的僚属。军机大臣的职掌是“掌军国大政，以赞机务”，几乎涉及到当时朝廷中的所有大事。还有人事咨询权，自大学士、各部院正副职，以至总督、巡抚、将军、提督、总兵、学政等高级官员出缺递补，都由军机大臣开单进呈发出。
5.六部
以吏、户、礼、兵、刑、工六部为基轴的中央行政机构的设置，也是从明代接受过来的。大体吏部掌文官品秩、铨叙、考课、黜陟、封授；户部领管全国户口、田土赋税、官员俸饷、仓库、钱币、国用；礼部主朝廷礼仪、科举、学校、外国贡使交聘；兵部司武官除授、封荫、考绩、军资、军籍、马政、邮传；刑部主持国家民、刑律令和狱断；工部负责工程建筑、水利兴修、钱币鼓铸。与明代相比，清代六部在官员配备和具体职掌方面，也还颇有变通。
按照规定，尚书是各部的最高长官，清代设满汉尚书各一，一个部就出现了两个首脑；又设满汉侍郎各二，即四人。侍郎名义是尚书的副手，但因与尚书同属堂官，可以直接向皇帝陈奏请旨，皇帝也常常拣选他们入值军机处，所以实际上并不存在严格的统属和被统属关系。如此多头的局面，必然会增加处理部务的难度。为此，朝廷常以亲王、大学士等兼管部务。由于被委派的大臣并不一定熟悉部内事务，只好倚靠办事司员，以致造成下属司员的弄权。
在清代，最具特色的是设立专司边疆民族事务的理藩院。理藩院原称蒙古衙门，建于崇德元年（1636年），不久改作此称。开初所管亦只蒙古等事，随着清朝统治地区的扩展，各边疆民族越来越多，理藩院的权限也一再得到扩大，所有内外蒙古、察哈尔、新疆、科布多、唐努乌梁海、青海、西藏等地的有关军政、司法、宗教、贡赏等事，都归其负责主持，并兼理与某些外国的交往。设置理藩院，一方面表示清廷对边疆民族事务的重视，同时也说明我国统…多民族国家确实已进至一个新的高度，中央需要有…个专设机构、以协调各方面的关系。理藩院的等级同于六部，组织形式也与之相仿，设尚书、侍郎等官，只是都用满人和蒙古人。
除了以上所述，另外还有一些机构，如收阅直省题本的通政司，稽察各部院衙门奉旨办理各事情况的稽察钦奉上谕事件处，缮写册文诰敕的中书科，掌修史文的翰林院，充作文学侍从的詹事府，管理朝会祭祀、燕飨演乐的乐部。其监察机构有都察院，处理全国刑名案件的则有大理寺。又有太常寺、光禄寺、鸿胪寺、太仆寺、钦天监、太医院等。
为了防止宦官揽政，顺治十八年（1661年），清朝统治者明令撤销沿袭明代的十三衙门，改由掌管上三旗包衣的内务府负责宫廷日常事务。内务府机构庞大，属员众多，除管领京师内府诸事外，还辖有盛京（特设盛京内务府）、口外等地的皇庄、牧地。又设侍卫处、銮仪卫，为皇室作警卫仪仗。管理皇族事务的则有宗人府。凡此种种，构成一个围绕着皇帝、宫廷，为其指使服务的庞大的中央机构。
6.总督和巡抚
总督和巡抚是省的最高军政长官，属封疆大吏。但在清初相当长时间里，他们与明代时一样，只是一种差遣官，乾隆时才正式确定为实缺官。总督一般辖两省，也有辖三省或一省的。巡抚辖一省。乾隆以后，设总督的是直隶（兼巡抚，同治九年加授北洋通商大臣）、两江（辖江苏、安徽、江西三省，同治五年兼授南洋通商大臣）、陕甘（辖陕西、甘肃并任甘肃巡抚事，新疆建省后复兼辖之）、闽浙（辖福建、浙江，光绪十一年兼福建巡抚事，台湾建省后亦归其管辖）、湖广（辖湖北、湖南）、四川（兼管巡抚事）、两广（辖广东、广西，光绪三十一年兼广东巡抚事）、云贵（辖云南、贵州，光绪三十一年兼云南巡抚事）、东三省（辖奉天、吉林、黑龙江，兼管三省将军并奉天巡抚事），此外还有漕运总督和河道总督。
7．藩司、臬司
除了督抚以外，承宣布政司使、提刑按察司使和提督学政，也都是当时的省级官员。布政使通称藩司，主管全省财政和民政等事务，诸如户籍税役、道府以下官员的转免考核、宾兴乡试、民事案件等，都由布政司衙门承办或参与商决汇报。按照清朝的原先规制，布政使一职亦比照明代，属地方最高长官，但因统治者看重督抚，突出其权力，使藩司事实上处于从属地位。到了乾隆十三年（1748年），朝廷鉴于督抚的职务已经固定，正式议准：“督抚总制百官，布按二司皆其属吏”，在位置排列上，“应首列督抚，次列布按”。从此，布政使完全成为督抚手下的属官了。
在布政使司内，设有经历司、照磨所、理问所，分别由经历、都事、照磨、理问等职负责，处理全衙门的文书案卷等工作。又置库大使或仓大使，掌稽察粮仓。他们都是布政司内的具体办事机构。按察使也叫臬司或廉访，负责全省刑名案件和监督官员的风纪，是主管司法事务的官员，另外也兼理省内驿传和充任乡试监临官。它与布政司，并称两司。按察使也是每省一员，直隶原以巡道兼理，雍正二年始行改定。又，新疆建省后，不专设按察使，其所办事务，概由镇迪道代管。按察使的属员有经历、照磨，掌收纳文书；知事理勘察刑名；司狱负责囚狱之事。此外还有提督学政，负责全省学校科举、稽察士习文风。学政原按授官出身，分学道、学院两类，雍正以后，提高学政地位，一律改称学院，并加翰林院官衔。光绪三十一年（1905年）停罢科举，学政也随之改为提学使。
8.道和道员
道员原为藩臬二司的派遣官，并不属于地方的一个行政区域官。它们分守道和巡道两种，守道兼布政司参政、参议衔，驻守于一定地方；巡道兼按察司副使佥事衔，分巡于所管区域。大致守道偏重钱谷会计，巡道掌理刑名。乾隆十八年（1753年），取消道员兼衔，官阶正四品，正式成为辖属于督抚的实官，在具体职能上，分守、分巡也逐渐趋向混同融合。
道员的名额，每省虽有定数，但中间常因事务繁简而有所增减。道员中，有固定辖区的一般管若干府州，属省和府州之间的行政官。还有一种通辖全省，经管某项专门事务，如粮储道、巡海道、海关道、兵备道、兴屯道、茶马道、河工道，光绪时又置巡警道和劝业道。他们均无守土责任。实际上，前面一类道员也常常通兼后面的专职事务，如江苏省的分巡苏（州）松（江）太仓道，便兼领兵备道事；陕西西（安）乾（州）鄜（州）分守道兼粮储道；甘肃巩（昌）阶（州）分巡道兼理茶马、屯田道等。道员下杂职有库大使、仓大使、关大使，衙门内无具体机构。
9.府、直隶州、直隶厅
道虽是介于省与府州之间的一级行政机构，但很多具体经办的事还是放在府和州县身上。所以自省以下，府（直隶州、厅）和州县才是最重要的衙门。
府设知府，从四品，是管理全府民刑财政、统辖所属州县的长官，设同知、通判等佐贰官，分管粮饷、水利、缉捕、抚边、江防、海防等专门事务。属吏有经历、照磨、司狱、宣课司大使、库大使等。
在府的机构中，京师所在的顺天府和盛京的奉天府，因地位特殊，在编制上亦与众不同。首先，他们均称其长官为府尹大臣，秩正三品；副职称府丞，正四品。雍正元年（1723年）规定，顺天府尹特简部院大臣兼任。奉天府尹自乾隆三十年（1765年）起，确定选盛京五部中侍郎兼摄。光绪二年（1876年），加府尹二品衔，兼右副都御史，行巡抚事。其次，这两个府的管辖范围，也远比一般府要大得多。顺天府共领二十四州县，分东西南北四路，每路设厅同知一员，管四五县或五六县。奉天府尹自行巡抚事后，其管辖范围包括了当时整个盛京地区的二府四厅五州十四县，以后随着府厅州县的增设而不断加多。直隶州或直隶厅，与府处于同一级位置。直隶州设知州一人，正五品，下有州同、州判。
直隶州也有属县，知州除管辖本州事务外，亦与知府一样，同时负责所属各县事。厅和直隶厅一般设在边疆或新开辟地区。直隶厅除少数领有属县外，大都仅有厅的建置，设同知以领之。
10.州、县、厅
在清代行政组织中，州、县、厅都属于基层衙门。县有县令，正七品；州设知州，从五品；厅则以同知或通判为其长官。凡所属区域的赋税、治安、司法、教育，以及垦荒地、劝农桑、兴水利等发展生产和发仓谷、赈饥荒等救灾救荒工作，都是他们的职务范围。有人曾将州县官与道府官的职司作了一番对比说：“道则巡察数郡，府则表率一方，州县一官则寄以地方，寄以百姓，寄以城池府库，寄以钱粮征收，责任尤重。”比较起来，州县官是最接近地方、最接近百姓的了，而朝廷的政策法令，也是最后由州县官贯彻到百姓的头上，所以被称作“亲民之官”，或习呼为“父母官”。
知县以下设县丞、主簿，州称州同、州判，分别掌管钱粮、户籍、税收、巡捕、河防等事，员额依据该地事务繁简而定。其属吏有典史、巡检、驿丞、闸官、税课大使、河泊所大使等。
11.保甲制度
保甲组织虽早在宋明时已经出现，但形成体系、全面推广是在清代。
早在清军入关之初，一些官员就向摄政王多尔衮提出行保甲之法以招徕降服、安抚流亡的建议，为此，清廷特颁诏施行。根据清朝政府原先规定：保甲组织的形式是十户为甲，十甲为保，属两级制。后来在甲之下又加进了牌，成为牌、甲、保三级，仍为十进制，分别设牌头、甲头（或甲长）和保长。每户都发有印牌一份，上书户长及成员的姓名，凡有出入，都要一一注明。其余如寺院、客店，亦均给印牌、簿书以便登录。清廷的这些规定，目的是维护和加强封建统治秩序，即当时官员们所说的要“消弭盗贼”、“严查奸宄”。为了强化保甲组织，还有所谓“连保”或“互保”。官员陆陇其在谈到武昌知府于成龙推行的保甲法时说：若有“不轨可疑之人”，并不责令“十家举报”，但书“无保”二字于其名下，使官员对百姓的动向一目了然，便于控制。“连保”还与“连坐”法联结在一起。清初厉行“逃人法”，便是借助保甲组织，以实施其连坐法。
在清初，保甲组织还负有招徕流亡、组织生产的任务。顺治元年（1644年），天津边海一带聚集了一万多户逃避战乱的难民，清朝政府便采取编制保甲的办法，把他们安顿下来。顺治六年（1649年），清廷宣布：凡各处逃亡民人，不论原籍别籍，招征后统行编入保甲，“察本地无主荒田，州县给以印信执照，开垦耕种，永准为业”。类似这样的内容，直到康熙时还不断地重申。当时，在一些里甲制度没有全面恢复的地区，保甲组织还常代行里甲长的职责。不过因为它会削弱保甲组织以保警为主的重任，所以一俟里甲制度健全，清朝统治者便竭力把两者区分开来。
清代保甲组织到乾隆以后又有许多新的变化。雍正全面推行“摊丁入亩”，改变了传统的赋役派征办法，里甲制度事实上失去存在价值。这样促使统治者考虑把一部分缘由里甲组织承担的工作，转嫁到保甲组织的身上。封建社会内部各种固有弊端淤积所引起的社会矛盾，以及因商品经济发展、疆域扩大、人口激增所带来的人户流动、迁居频繁，各民族间交往增多，等等，也都使清朝统治者感到强化基层控制的重要性。从乾隆元年（1736年）起，清廷曾不断颁布加强保甲组织的诏令，其中尤以二十二年（1757年）“更定保甲之法”十六条最为详尽。从这些诏令来看，可以归纳如下。
保甲的编制范围不断扩大。当时，不但内陆各省要遍立保甲，边外蒙古种地民人，“改土归流”后西南苗疆各村寨、悬崖密箐居户以及西北“番子土民”，都要分别情况，进行造册编查。流动性较大的盐场井灶，矿丁民丁，山居棚民、寮民，商渔船民，流寓商贩，外来流丐等等，亦一例顺编或加强管束。至于绅衿之家、在京驻防旗、雇役、僧道释教等人，也不得恃强或借故脱漏。
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