明万历十二年（1584年），二十五岁的建州左卫都指挥使、龙虎将军、右都督努尔哈赤正式兴兵，以父、祖所留下的十三副铠甲和大明赐下的三十匹马为起家资本，开始了统一女真各部的征程。在辽东女真的社会组织形式中，为了更好地进行狩猎和迁移活动，女真半游牧半渔猎部落需要集中人员一同行动，而这个汇集大家行动的首领称为“牛录额真”，他所指挥的多人兵民混一组织就叫做“牛录”，这就是辽东女真部落最开始的社会组织。
当时一个“牛录”大约涵盖了一百到三百户人口，后来，随着人口的增长，单纯设置牛录已经不能满足部落的统一围猎或者作战需要，于是女真各部纷纷在牛录上设置更大的指挥管理层次，用各色旗帜作为标识和方位标志。在女真语中，旗帜被称为“固山”，所以努尔哈赤的建州左卫兵民合一组织就叫做“固山”，汉语译为“旗”。努尔哈赤的建州左卫刚开始兴兵征伐的时候，以黑色旗帜为统一指挥标识。
明万历十七年（1589年）努尔哈赤统一了建州三卫，初步建立起国家雏形，因为治下的人口大量增加，统治的区域也扩展迅速，为了更好的管理部族，努尔哈赤增设了亲领“固山”，以红旗为标志，原先的黑旗固山则交给了功勋卓著的亲弟弟舒尔哈齐指挥。
明万历二十一年（1601年），建州女真吞并了海西女真哈达部，将哈达部收编为属民。努尔哈赤考虑到哈达部比较完整，不便直接并进建州，于是增设白旗“固山”，负责管理哈达部民众。白旗起初名义上由哈达部首领吴尔代管理，后来努尔哈赤长子褚英被授命统管白旗。这个时候，建州女真有了红、黑、白三旗（后来红旗改黄旗、黑旗改蓝旗）。
同时，努尔哈赤参照金国当年的“猛安谋克制”，对建州女真的社会组织架构进行大规模改造和重建，建立了“牛录”领丁三百人（不是全牛录三百人，而是含有三百人的壮年男子）、五个牛录组成一甲喇，五个甲喇建一固山（即一旗）的制度，以牛录额真、甲喇额真、固山额真为各级首领。不过此后若干年这个制度没有得到很好的执行，建州女真的兵民合一社会制度比较混乱。
明万历三十五年（1607年），努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐因权力之争而导致决裂，舒尔哈齐最终被兄长幽禁致死，所领有的蓝旗也被一分为二，一半由舒尔哈齐次子阿敏统领，另一半交给了努尔哈赤次子代善，并新建了红旗作为这一部分固山的标识。至此，建州女真有了黄、蓝、白、红四旗。
明万历四十三年（1615年），建州女真已经统一了除叶赫部之外的所有辽东女真部族，漠南蒙古诸部也有前来归附者，努尔哈赤势力范围内的人口和军队是他三十多年前起兵时的上百倍规模还不止，地广民稠，急需建立新的统治方式以更好地治理领民。于是，努尔哈赤在这一年把领下的全部固山、甲喇、牛录三级组织重新调整改造，设立了八个旗分：自己领有的黄旗（即最早的红旗）析分为为正黄、镶黄两旗；长子褚英领有的白旗（此时褚英已死）分为正白、镶白、正蓝三旗；原舒尔哈齐所领蓝旗（即最早的黑旗）分为正红、镶红、镶蓝三旗，一共是八个旗分。这就是日后满洲（汉军、蒙古）八旗制度的起点。
在设立了八旗制度后，努尔哈赤又厘定各旗标识，规定了正色旗的标识为纯色正四方形，中间绣龙，龙首向后；镶色旗标识为五边形（右边为两斜边，其余各边为直边），其中镶黄、镶白、镶蓝三旗旗帜镶红边，镶红旗镶白边，中间的龙首向前方（这个各旗标识制度，是在努尔哈赤称汗建立后金的明天启二年、后金天命七年（1622年）才最终完善落实的。）
在万历四十三年（1615年）努尔哈赤正式设立八旗的时候，建州女真各旗的旗主分别是：
正黄旗、镶黄旗旗主：由努尔哈赤亲领，三个嫡幼子阿济格、多尔衮、多铎此后被授命管理各牛录，是实际上的两黄旗“小旗主”。
正红旗、镶红旗旗主：由努尔哈赤次子代善担任，代善长子岳托为正红旗“小旗主”，次子硕托为镶红旗“小旗主”。（后来岳托改任镶红旗旗主。）
正白旗旗主：由努尔哈赤第八子洪太（皇太极）担任，努尔哈赤长子褚英的长子杜度为正白旗“小旗主”（不过很快杜度被调走，正白旗没有了小旗主）。
镶白旗旗主：由努尔哈赤长子褚英的长子杜度担任，努尔哈赤第七子阿巴泰为镶白旗“小旗主”。
正蓝旗旗主：由努尔哈赤第五子莽古尔泰统领，莽古尔泰同母弟、努尔哈赤第十子德格类为正蓝旗“小旗主”。
镶蓝旗主：由努尔哈赤之弟舒尔哈齐次子阿敏统领，舒尔哈齐第六子济尔哈朗为镶蓝旗“小旗主”。
努尔哈赤依仗着这组织严密、战斗力极强的八旗制度，经过四十年的征讨，最终在明万历四十四年（1616年）自立为汗、建国号“金”，改元天命，这就是后来清朝的前身——辽东后金政权。
在努尔哈赤时代，建州（后金）各旗的实力对比如下：
正黄旗——领四十五牛录
镶黄旗——领二十牛录
正红旗——领二十五牛录
镶红旗——领二十六牛录
镶蓝旗——领三十三牛录
正蓝旗——领二十一牛录
正白旗——领二十五牛录
镶白旗——领十五牛录
从以上资料中可以得知，努尔哈赤的正黄旗领有四十五牛录，实力最强，几乎相当于其他各旗的两倍，因为两黄旗是努尔哈赤亲领，所以实力强一些也是正常情况。而正黄旗之下，实力排名第二的，就是领三十三牛录的镶蓝旗，那是不是镶蓝旗在八旗中的排名就是第二呢？实际情况不是这样的。
八旗起源中，其余七旗都是由努尔哈赤本人或者儿孙辈统领，所谓打虎亲兄弟、上阵父子兵，彼此之间的关系密切，而镶蓝旗却并非努尔哈赤后裔所统领，只是由他弟弟舒尔哈齐的儿子阿敏、济尔哈朗管理，这在血缘纽带上就远了一层。更加尴尬的是镶蓝旗（包括之前的黑旗、蓝旗）两任旗主舒尔哈齐、阿敏父子先后和努尔哈赤、皇太极父子产生过尖锐的矛盾，导致舒尔哈齐、阿敏父子都是被夺旗、幽禁致死，镶蓝旗实在是兆头不佳。
幸好舒尔哈齐第六子济尔哈朗在父兄遭遇厄运后韬光养晦、低调做人，紧紧抱住伯父和堂兄的大腿，这才堪堪保住了舒尔哈齐一脉所遗下的镶蓝旗旗分，不过也就仅此而已了，整个努尔哈赤、皇太极在位时期，镶蓝旗虽然握有数量第二多的牛录，却丝毫没有相应的地位，只不过是努尔哈赤、皇太极父子的工具而已，召之即来挥之即去，任意驱使，济尔哈朗只能曲意奉承，以维护这仅存的家族传承。
明天启三年、后金天命八年（1623年），后金汗努尔哈赤将亲领的两黄旗进行拆分，正黄旗被一分为二，由嫡出的两个幼子阿济格、多尔衮平分，镶黄旗则分出十五个牛录给最小的嫡子多铎，并立下遗嘱，自己去世后，镶黄旗剩下的牛录也都给多铎。之后，努尔哈赤在明天启六年、后金天命十一年（1626年）将镶白旗旗主、自己的长孙杜度调往镶红旗，准备把镶白旗交给多尔衮，但是努尔哈赤在这一年去世，而杜度已经调往镶红旗，多尔衮尚未正式接收镶白旗，正白旗旗主皇太极抓住机会，夺取了旗主空缺的镶白旗，交给自己的长子豪格统带，并在随后的推举汗王过程中乘势拿下了后金大汗之位，完全压制住了三个年幼的弟弟阿济格、多尔衮、多铎。
登位后，皇太极以大汗之尊，强行把自己的正白旗和长子豪格的镶白旗和阿济格、多尔衮、多铎所统带的正黄旗、镶黄旗对调旗帜，两白换两黄，以彰显“汗位正统、必用黄旗”的意思。另外，因为努尔哈赤生前已经将正黄旗分给了阿济格和多尔衮，自己只亲领有镶黄旗，所以镶黄旗成为后金汗王唯一统管，之后就成为八旗之首，并一直保留这个传统直至清末。
历任清朝皇帝，所属旗分都在镶黄旗内，并且镶黄旗中除了皇帝及其后宫嫔妃、未分府子女之外，再也没有其他宗室子弟，这也可以看出镶黄旗在八旗之中的首旗地位。
皇太极登位后，将八旗分为左右两翼，以镶黄、正白、镶白、正蓝为左翼四旗；以正黄、正红、镶红、镶蓝为右翼四旗。并诏令以后出行围猎、行军驻防、操演大阅等事，均依左右翼分旗而行。传统礼仪制度上，以左为尊，八旗中左翼第一旗就是镶黄旗，而右翼最后一旗则是镶蓝旗，这明明白白的表示出：八旗之中、镶黄旗排名第一，镶蓝旗排名最后。
之后，八旗的旗帜标识和颜色又多次进行调整，明崇祯七年、后金天聪九年（1635年），后金汗皇太极趁正蓝旗旗主德格类病死的机会（前任旗主莽古尔泰在三年前已死），把正蓝旗夺了过来，和自己父子所掌管两黄旗混编，组成新的两黄旗和正蓝旗，命长子、原镶黄旗旗主豪格改任正蓝旗旗主，自己则亲自统领两黄旗。
十三年后，清顺治五年（1648年），皇太极已死，后金也已经改国号为清，并入关争夺天下。实际执掌清中枢全权的摄政王多尔衮在和豪格的争斗中大获全胜，豪格下狱瘐死，多尔衮夺取正蓝旗，和自己正白旗混编，重组新的两白旗，并把原镶白旗改为正蓝旗。
清顺治七年（1650年），多尔衮因坠马伤重去世，十三岁的顺治帝得以亲政，并秋后算账，把多尔衮的两白旗没收，以皇帝亲领的两黄旗和没收来的正白旗为“天子自将”，成为直属帝室的“上三旗”，把镶白旗还给了豪格的后裔，原阿济格所属得正蓝旗则拆分给正白旗、镶白旗、正蓝旗，余下的部分组成新正蓝旗，归属多铎后裔。此后，八旗旗帜再也没有更改过。
在这一系列的变化中，作为八旗之末的镶蓝旗从没有被牵扯进去，旗主济尔哈朗还成为了和多尔衮并列的“辅政叔王”，小心翼翼地行走在激烈诡异的朝政争斗之中，维护着来之不易的家族旗分，总算没有让镶蓝旗遭遇被换帜、被吞并、被拆分的命运。这样看来，所谓福兮祸兮、尊卑得失，也不算是那么重要了吧。
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