父亲为 土佐藩乡 士武市正恒、母亲为 大井氏的女儿。瑞山为长男。妻为土佐藩郷士岛村氏女儿的富子。 没有子女。和 坂本龙马有远房亲戚的关系。
目前在高知市的瑞山的旧宅和墓所被指定为国家古迹。
万延元年（1860）发生 樱田门外之变，大老 井伊直弼被杀，全国革命运动兴起。 土佐藩（ 高知县）剑客武市瑞山以进修剑术为名，带了学生周游福冈、 久留米、 大村、 熊本等藩，了解国内外形势。文久元年（1861）6月，瑞山又带了义侄小笠原保马等到 江户。
当时江户聚集着许多下级武士出身的尊王攘夷论者，瑞山受他们的影响，觉悟到现在“并非仅以一剑击刺可为能事之时”，他们（大石元敬、岛村重险、池定胜、河野敏镰等）在 筑地的土佐藩别邸起草盟约书（宣言书），主张“发扬大和魂，异姓兄弟团结起来，毫不掺入私意，共谋国家的复兴。”
当时老中 安藤信正主张 公武合体，将皇妹和宫下嫁给将军。在 江户的 水户藩士要想在 东海道的萨捶山抢劫和宫的车轿，并暗杀安藤。 长州藩的久坂也赞成此举，但瑞山出来阻止说：“倒不如各自先回国，定藩论为勤王， 奉藩主入朝，然后让幕府实行攘夷为好。”于是大家以明年为期，订立了奉藩主进京的计划。
同年秋瑞山回国，各方面进行活动，宣传尊王攘夷。还向 土佐七郡的有志之士发布檄文，在入党书上签名按血手印的人共有192名，网罗了 土佐藩的文武人才。其中主要人物有大石圆、间崎沧浪、平井收二郎、 坂本龙马、 中冈慎太郎、森助太郎、村田马三、安冈觉之助、安冈觉嘉助、池知退藏、 吉村寅太郎等。土佐勤王党的成立，表示 尊王攘夷运动向前迈出了一大步。
吉田东洋是土佐藩的参政，崇拜 北条泰时，醉心于西方文明，汉洋两学都很精通。他懂得应该学习西方文明，排除腐儒的空论，其思想基础是佐幕开港（辅佐幕府开放日本）。
当初吉田东洋把瑞山的言行看作是“煽动人心”，后来又说“ 武市半平太（即武市瑞山）的建议是天下一大事，所以务必听取”。瑞山根据 坂本龙马从 长州藩回来的报告，到藩府（厅）向太监察市原八郎左卫门提出建议说：“确闻萨长两藩主已经先后上京，为了应变，要实行藩政改革，破格录用人才。”但没有被 吉田东洋采纳，勤王党逐渐对他失望了。
此时传来消息——去年萨摩藩决定由 小松带刀执政，父 岛津久光代替藩主岛津茂久进京。这个振奋人心的消息使志士精神抖擞，斗志昂扬， 吉村寅太郎、泽村总之亟等宣布 脱藩。后来又得悉岛津久光离开萨摩进京了，有血气的青年不能再等待瑞山来领导，纷纷脱藩。于是瑞山也不愿错过这个千载难逢的机会，决定采取非常手段，密谋杀死 吉田东洋。 文久二年（1862）4月1日，按计划将刺客分成三组，即第一组是冈本猎之助、冈本佐之助，第二组是岛村卫吉、上田楠次、谷作七，第三组是 那须倍吾、大石团藏、安冈嘉助，秘密探听东洋的举动。同月8日，东洋向藩主 进讲 赖山阳著的《 日本外史》结束，这一天夜里藩主赐讲后酒。当东洋酒醉饭饱，满面春风黑夜回家的时候，在路上被志士们杀死。
吉田东洋被杀以后， 土佐藩立即实行藩政改革，罢免了东洋一派的重要职务，由山内下总、桐间藏人执政。小南五郎右卫门和平井义比代表勤王党分别扭任大监察、参政兼大监察。
1862年7月13日，藩主带领400人进京，瑞山等也先后进京。瑞山在京写了一份建议书，以藩主的名义上奏朝廷。
同年秋，朝廷打算给幕府下达“攘夷诏书”，由 三条实美为正使， 姊小路公知为副使。10月13日敕使动身，瑞山安排16名同志护送三条，11名同志护送姊小路，自己则为姊小路家的家人，假名“ 柳川左门”，衣冠束带随从东下。11月敕使一行抵达 江户，向将军宣读圣旨。此时瑞山也随从敕使遏见了将军，被赐与 折扇一对。这一年是 土佐勤王党最得势的一年，人们将它称作“勤 王年”。
但是1863年8月18日发生政变，天皇停止行幸大和。三条实 美等七位公卿被逐出京都。8月23日政变消息传到土佐，藩内保守势力抬头，主张 公武合体论的藩厅准备以疾风迅雷之势将勤王党一网打尽。
花依清香爱，人仁以义荣。
幽囚何可耻，只有赤心明。
1863年9月21日瑞山被捕入狱，先后牵连的人有岛村重险、田内茂捻、小烟正路、岛本审太郎、河野敏镰、浍垣直枝、森田维种等13人，瑞山的“一藩勤王”的计划彻底破产。没有逮捕的同志纷纷离开土佐，投奔 长州。
藩厅对其他同志严加拷问，只有瑞山以礼相待。新任的大监察乾退助（后来的 板垣退助）、 后藤象二郎以所谓“围屏风的坐谈”审问，在狱中九个月还没有作出结论。至将军家茂 征伐长州的军队到 大阪时，也就是 土佐藩协助幕府将出兵京阪的时候，藩厅便急忙判罪。 庆应三年（1865）闰5月11日黄昏对瑞山进行判决，大监察后藤象二郎宣读判决书：
“文久元年（1861）以来，乘天下形势私自结党，煽动人心。其后又对京师显官冒失诛言，还无礼对山内先生提出种种建议。完全丧失臣下的身分，轻视上威，捣乱国宪……本应严惩，蒙上慈毋赐与切腹。”
在宣判前的5月6日，瑞山写信给妻富子，要她做一件白肩衣（武土穿的无袖上衣）送来，故这一天洁净身体，穿着妻子缝制的白肩衣，端坐在南会所的中央接受宣判书。他感到非常满意，因为暗杀 吉田东洋的事虽经残酷拷问，同志们始终没有坦白，藩厅无可奈何，只得以对贵族和 山内容堂不敬之罪判决。他说了一声“谢谢赐思”后立即站起身来，到屋里穿上上下一色的武士礼服，然后出来。
切腹的地方离屋约三尺，地上铺着两张草垫，其上铺有新的灯芯草。前面安置一只白木四方桌，其上放着一把匕首和棉布。瑞山就位，对左右等候着的 介错人岛村寿太郎和小笠原保马说一声“劳驾”，慢慢地拉开上衣的领肩，将它塞进带子里。一切弄妥当，然后拿起桌上的巴首，用布卷好刀柄。正当监督官屏住气的时候，只听见“唉！唉！！唉！！！”撕布时运气的声音从瑞山口中进出来。刀尖一插人左腹，便使劲往右连拉三刀，鲜血直飞，溅在监督官的裤上。这是一种古式“三”字切腹法。一般切腹是肚子上拉个“一”字，古式
则有拉“十”字和“三”字两种。
瑞山肚子上拉了三刀以后，将匕首放在右边，两手触席，垂头表示感谢。正在此时，左右 介错人将刀刺进侧腹，其姿势仍然不倒。在暗淡的烛光下又见介错人的刀闪了六下，瑞山终于断气，人们惊叹不已。时年37岁。
瑞山的遗体作为 姊小路公卿的家人“ 柳川左门”装在轿里，当夜由狱外的大石弥太郎送到新町田渊的家中，翌日葬在 长冈郡吹井村的祖坟旁边。明治十四年（1881）5月奉沼合祭于 靖国神社。明治二十四年（1891）4月追封正四位。
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武市瑞山和 坂本龙马、 中冈慎太郎合称为“海南三杰”，在 幕末 尊王攘夷运动中起了领导作用。这个运动虽然没有成功，但打击了 公武合体派和反动的幕府，大大提高了皇室的地位，为将运动转向武力 倒幕创造条件，给 明治维新带来重大的影响。
当时 萨摩藩的桦山三圆说，他的诚实好像我藩的西乡南洲（隆盛），特别令人感动的是性格刚强，作风自由不愿，统率难以驯服的 土佐七郡志士190多人，一定藩论，举藩伸张勤王之大义，与萨、长并驾齐驱，毫不让步。当时 长州藩的久圾玄瑞很敬仰瑞山的为人，常常称他为先生。他说松阴在学问和培养人才方面的本领胜过瑞山，但在叱咤风云、旋转乾坤方面的本领瑞山远胜松阴
据说是位言论 高朗、人格 高洁诚实、重视武士道仁义的人。外观皮肤白皙?英俊?堂堂的体格（大约180cm）。在行友李风的戏曲u2018月形半平太u2019中同名的主角，即是以他为原型。但是剧中的半平太被描写成是位喜欢女性的好色男子。不过其实武市和小他一岁的妻子是有着相当和睦的夫妻生活。
养子的名字是半太。后来成为医生并且在祷原村开业。
武市的人格被评为“一枝寒梅在春天时会成为先锋率先绽放花香”和“在人望上足以与西乡、在政治上足以与大久保和木戸（桂）匹敌的人材”，因此能看出他是名有着 高洁人格的人物。
维新后， 木户孝允和旧 土佐藩主 山内容堂一起在在酒席上，木户因为喝醉而责问容堂“你为什么斩了武市？”，于是容堂回答“他只是服从藩令而已”。
武市在 江户的 镜心明智流的桃井道场作剑术修行时，道场内有一名门生喜欢喝酒和找女人。武市告诉身为道场主人的桃井并且自己立下模范以其诚意唤回了这名门生。结果导正了道场内原本混乱的风气并且让门生的剑术和人数都加以提升，使得桃井不但对武市有着高度的评价而且对他的努力表示感谢。
对于武市夫妻一直没有孩子而感到担心的 吉村，先是说服富子回去娘家，然后将年轻女子一次一次的以佣人身份送到看家的武市那边，结果武市注意到是吉村的计划后，斥责了吉村一顿。另外在 山内容堂开始对 土佐勤王党镇压时、武市为了萨长和解调停案而要归国。考虑到武市安全的盟友 久坂玄瑞，履次劝他亡命到 长州藩，武市虽然感谢他的厚爱，但以君臣义理等理由而拒绝。武市认为义理和恩情是比什么都重要的大事，因此能彻底贯策武士道精神不但是他的特点也是他的长处，但在那个时代中则成为他决定性的弱点，也成为加快他死亡的结果。不但剑术一流，教养也一流，而且作为领导人的资质也是相当足够。在艺术方面，也有着相当的实力并且多留有他在狱中的自画像和美人画等优秀的作品。
从武市下狱到死亡的一年九个月中、富子除了每天都带着三餐来探望他，为了能够安慰丈夫，她也会带著书籍和自制的贴画给武市。在武市切腹时所穿的白色寿衣，正是由富子所缝制完后交给他的。富子一直活到 大正6年（1917年），墓所在 高知县高知市与武市互相依傍。另外，她也是全国唯一铜像被创造后还加以修改过的人物。
u2018人斩u2019（昭和44年?1969年）监督： 五社英雄（武市瑞山： 仲代达矢）
u2018龙马来了u2019（1968年、NHK大河剧 演： 高桥英树）
u2018龙马来了u2019（1982年、 东京电视台 演：伊吹吾朗）
“喂！龙马”（画：小山ゆう 原作： 武田铁矢）
u2018天皇的世纪u2019（1971年、 朝日放送演： 细川俊之）
u2018 胜海舟u2019（1974年、NHK 大河剧 演：伊藤孝雄）
u2018 坂本龙马u2019（1989年、TBS大型时代剧特别版 演： 三浦友和）
u2018竜马におまかせ！u2019（1996年、日本电视台演： 池田成志）
u2018龙马来了u2019（1997年、TBS大型时代剧特别版 演： 椎名桔平）
u2018龙马来了u2019（2004年、 东京电视台新春ワイド时代剧 演： 泽村一树）
u2018 新选组！u2019（2004年、NHK大河剧 演：デビット伊东）
u2018 龙马传u2019（2010年、NHK大河剧 演： 大森南朋）
武士老师（2015年、朝日电视台 演： 锦户亮）
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