漠北回纥汗国崩溃以前，它在西域及中亚的控制区域就包括了整个准噶尔盆地、焉耆、龟兹和葱岭西的热海一带。居于这些地区的主要有葛逻禄、样磨、处月等部。它们都是回纥的属部。回纥在这些属部或派驻监使，或分封回纥贵族前去担任世袭首领。
开成五年（840年），西迁回纥由庞特勒率领，15部约20万人。沿着传统的草原道路首先到达了北庭。为了占据足够的草场，他们又逐渐分散，一些部落继续西行，进入葱岭西葛逻禄部居地。他们主要分布于伊塞克湖沿岸及伊犁河谷地。这部分回纥人以后与葱岭西的葛逻禄等部一起建立了喀喇汗朝。大部分西迁的回纥人则留在今新疆境内，分散在焉耆之北的天山山谷中和北庭周围。这些人日后就建立起了高昌回纥政权。
南迁回纥分两支，一支以乌希特勒为首，另一支由大特勤嗢没斯等人率领。南迁的两支回纥，分别属于互相敌对的两派。因此他们是抱着不同的目的分头南下的。由嗢没斯和那颉啜所率的部众进入漠南后，就先后归附了唐朝。而乌希特勒所率的一支，集中了原汗国统治阶层的大部分“名王贵臣”，专意于恢复故国。于是，他们在南下途中拥立乌希特勒为乌介可汗。乌介可汗至少在名义上仍然是各支回纥，包括西迁回纥的可汗。因此，在南迁回纥覆亡前，西迁回纥的首领庞特勒一直自称叶护。会昌七年（847年），乌介可汗被部下所杀。次年，南迁回纥彻底覆亡，恢复漠北回纥汗国的企图也就完全破灭了。
还有人数较少的一支，自漠北草原向南，沿花门山至居延泽，再沿弱水进入了河西走廊。进入河西走廊的回纥人并不是同时迁来的。较大规模的迁入至少有两批。第一批是开成五年（840年）自漠北直接南下的一支。另一批是南迁回纥失败后，“余众西奔，归于吐蕃，吐蕃处之甘州”。甘州是河西、陇右各地回纥人最为集中的聚居区，而且各支回纥并非一盘散沙，他们互通声气，以甘州回纥的药逻葛氏首领为共同的统帅。因此史书中又统称他们为甘州回纥。
会昌二年（842年），黠戛斯自蒙古草原西进，相继攻占北庭和吐鲁番。庞特勒遂退至焉耆。大中十年（856年），庞特勒仍然在焉耆。这时南迁回纥已经失败，留在蒙古草原上的各回纥部落也将希望寄托于庞特勒。庞特勒遂自称可汗。回纥的中心完全转移到了西部天山地区。对于回纥统治中心的西移，唐朝也给予承认，于次年册封他为怀建可汗。
咸通七年（866年），驻于北庭附近的回纥大酋仆固俊攻克了北庭城和吐鲁番。接着他又进兵焉耆，杀死了可汗并自己即了汗位。他将牙帐设于北庭。以后他的继任者又将牙帐迁至高昌。原来松散的西回纥汗国就分裂了。三支回纥人走向了各自独立发展的道路。
宋天圣六年（1028年），西夏攻破甘州城。可汗药逻葛通顺“仓猝出奔”，甘州回纥统治河西的历史就结束了。政权崩溃后，回纥部众大多四散迁走。其中影响最大的是退处敦煌以南、祁连山麓的一支。他们自称“沙州回鹘”。直到金天会五年（1127年），尚有“沙州回鹘活剌散可汗遣使入贡”的记载。但此后，他们就从各类史书中消失了。甘州回纥政权崩溃几十年以后，在宋元丰四年（1081年），史书中出现了一个“黄头回纥”部。12世纪中叶，高昌回纥和喀喇汗朝相继成为西辽的属国。到13世纪初，高昌回纥又归附了成吉思汗，以后，它就归入了元朝的版图。
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