认识自然有两种方式，一种是哲学的思辨，一种是科学的观察，哲学可以为科学提出原理，指明科学发展的方向，科学则可以验证这些原理并为新原理的提出提供新的依据，两者是相辅相成、缺一不可的。中医主要来源于哲学，而西医主要来自于科学，它们同样应该是相辅相成、缺一不可的。
很多人不了解哲学的真正价值，其实，哲学之所以有价值，就是因为自然的统一性，它告诉我们，人和万物一样，不仅由同一种物质组成，也由同一个原理支配，因此，人存在与发展的原理就是万物存在与发展的原理，认识了自己，也就认识了自然。哲学就是通过认识自我存在与发展的原理来认识万物存在与发展原理的一门学问。
显然，哲学方法其实就是系统方法，它根据万物在运动原理上的统一性，通过系统间的类比来认识万物。有了这种方法的指导，我们就可以从宏观系统来认识微观系统，从可观察的系统现象来认识不可观察的系统现象，从而得到对自然更本质的认识。
看看中西医的区别就知道了，它们最大的区别只在于两点，一个是对人与自然关系的认识，一个是对整体与局部关系的认识。西医基于观察不到就不存在的理由否定了这两种关系，把疾病单调地建立在还原分析的结果之上，如细胞病变。而中医呢？恰恰是建立在对这两种关系的认识之上，认识到了人与自然的关系，就得出了疾病的外因是人与自然的矛盾激化；认识到了整体与局部的关系，就得出了疾病的内因是不平衡引起的整体管理失控。
那么中医是如何认识到人与自然以及整体与局部的关系的呢？要知道，它是西方科学的精密仪器都观察不到的。其实，中医认识的方法就是通过取象类比，即通过人体系统与地球系统之间的类比。大自然变化主要是通过潮汐效应来影响地球的，水在人体占70%，在地球表面也占70%，而且组织液的化学成分与海水类似，人就是地球的一个缩影。类比就可以得出，大自然变化同样是通过作用于人体的水来影响人体的。同样，地球系统的能量循环主要是靠水循环，由此类比得出人体的能量循环仍然是水循环，经络学说就是建立在对依赖水进行能量循环的认识之上的。
显然，中医并不是不科学，而是中医是建立在系统之学之上的，它着重于人与自然以及整体与局部的关系；而西医却是建立在分科之学之上的，它着重于对人体细节的还原分析之上的。两者各有侧重，属于互补的关系，而不是格格不入的关系。之所以西医理解不了中医，只是我们都是用西医的分科之学来理解中医的系统之学，由于认识不到那些精密仪器观察不到的关系，当然觉得中医不可理喻。
很多人可能会想，如何才能够使中医得到世界的公认呢？答案其实很简单，那就是通过建立一个完整的系统之学，让人们都认识到那些精密仪器观察不到的关系，中西医之间的矛盾自然就化解了，并汇通如一，成为统一的医学体系。
现在很多中医人排斥西医，其实是要不得的。因为没有科学的手段对中医进行检验与提高，中医就永远停留在几千年前，得不到人们的正确认识。以经络学说来说吧！通过系统之学的指导，我们可以清楚地认识到，人体普遍联系的物质基础就是连续在全身的水分子，而经络就是对全身组织液循环通道的一种描述。一旦认识到这一点，就能够知道，经络路线并不是不存在，而是西医的解剖方法造成了组织液的流失，使这些组织间隙观察不到罢了。如果我们能够在组织液充盈的时候进行观察，就能够真实地认识到这些经络路线的客观实在性。
精密仪器观察不到的东西太多了，而要正确地认识它们，就必须利用哲学方法，或者说通过系统间的类比。在这里，中医为我们不仅提供了方法论，而且提出了成熟的原理。如意识的产生原理，中医学认为，在人体之中，五脏六腑是人体的董事会，心是董事长，它通过血液的不对称供应控制着全身，也包括大脑中意识的产生。如何来认识大脑中意识的产生过程呢？我们就可以类比激光产生的原理，即通过信息之间的竞争，优选出一个统治者，并由它强迫其它信息和它同步运动，反馈到全身，这才形成了整体步调一致的意识活动。西医受限于精密仪器，对大脑的秘密几乎一无所知，而有了中医的指导，再由西医在实验上的证明，我们就可以更清楚地认识到大脑意识产生的原理。
显然，光有理论是不行的，因为我们不知道这个理论是否正确？中医目前最大的问题就在于此，比如阴阳五行学说，它是中医最基础的理论，可这个理论是否科学呢？就需要我们建立一个全新的科学体系，它就是系统科学。有了它，我们就能够清楚地领悟到阴阳五行学说是对大自然最普遍规律的一种揭示，它就是一种科学，只是这是一种系统之学，与西方的分科之学完全不同罢了。
科学的价值就在于通过对最普遍规律的把握，指导我们的实践。可这个自然规律是什么？西方科学从始至终都没有告诉我们，因为它的前提假设错了，在一个错误的前提假设之上是永远无法认识真正的自然规律的。而中医的优势就在于在一个更符合自然事实的假设——气一元论之上，建立了一个完整的系统之学，有了它的指导，我们就能够弥补西方科学的缺陷，即认识那些精密仪器观察不到的物质运动，从而得出对自然更本质的认识。
人体只有一个，关于人体的科学也只可能有一个。只是在过去，东西方分别站在不同的立足点之上对它认识，得到了两个完全不同的科学理论。不过，在我们统一了立足点之后，中西医的认识就统一了，有了中医的指导，大量新的理论就能够提出，如神经冲动产生原理，气功外气的本质，而要证明这些在理是否正确，就需要西医的手段，有了它们的相辅相成，医学就能够取得实质的突破。
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