1.消化系统疾病及功能紊乱：如腹胀、腹泻或便秘等情况。
2.内分泌变化：有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。
3.精神因素：有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4.遗传因素：如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80—90％患病，若双亲之一患此病时其子女约有50—60％患病。
5.其他因素：如缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等，可降低免疫功能，增加复发性口腔溃疡发病的可能性。细菌感染性口腔炎常以链球菌和葡萄球菌为主要致病菌。这些细菌在急性感染、长期腹泻等机体抵抗力低下状况下，若口腔不洁，则致细菌大量繁殖，从而引起的急性口腔黏膜损伤。初起时口腔黏膜充血水肿，随后发生大小不等的糜烂或溃疡，上有较厚的纤维素性炎症渗出物形成的灰白色假膜。疱疹性口腔炎的致病原是工型单纯疱疹病毒。局部皮肤出现红疹，并迅速出现渗出而形成水泡。
6.局部营养输送障碍：引起口腔溃疡与炎症有关，但绝不仅是上火引起的！通常医学观点认为这是一种维生素缺乏现象。 其实口腔粘膜的这种免疫机能缺失的现象和牙龈萎缩的道理一样，均是由局部的营养缺乏所引起。局部的营养缺乏会导致局部的免疫力低下，某种会导致溃疡的病毒长期潜伏在口腔粘膜中，粘膜却因为局部营养缺乏导致对其失去抵抗力，溃疡由此产生。
中医因素
1.血虚性口腔溃疡：此病多发生在口唇、舌根、两颊部，溃疡面常呈灰白色，周围轻微红肿，此愈彼起，绵延不断，愈后无痕迹，伴溃疡处疼痛难忍及头部疼痛，并头痛牵拉眉棱骨疼痛，月经量增多，神疲乏力，心悸、夜寝不安等症状，系由于身体血虚，加之月经周期血更虚甚，是因血不能濡养头脑产生头痛。通过中药辩证施治可达到治愈目的。
2肝火旺型口腔溃疡：此型常好发生口唇、牙龈、舌尖及两颊部，溃疡呈黄白色，周围红肿，数量多时甚至融合成片，疼痛剧烈，同时可出现头顶部痛、头晕、目眩、易怒、口苦等症。属人体素质肝阳偏亢，经行阴血下注冲住，使阴血亏虚而不能上抑肝阳而致头痛及口腔溃疡，平时注意加强降肝火，服龙胆泻肝汤治疗有痹益之效。
4.血瘀型口腔溃疡：溃疡面色泽呈淡灰白色，有发展快、愈合慢之特点。女性往往在月经前及月经期间，口腔粘膜中突然发生数枚溃疡，局部剧烈疼痛，头痛位置固定不变，月经色呈紫黯，有瘀斑，如长期不治，易导致病情加重。在防治女性月经期口腔溃疡过程中，还需要保持心情愉快，注意劳逸结合，坚持按疗程服药，避免过度疲劳，饮食要清淡，多吃水果、新鲜饭菜，多饮水。治疗过程中，以不吃辛、辣、发味类食品为上策。本病病因多为外感邪毒，或食伤，素体蕴热及阴虚等。风热外感，引动心脾两经内热，蒸于口舌黏膜而发为口疮。食伤于脾胃，则致心脾积热，火热上灼口舌；或复感受外邪，熏灼口腔，皆可致疱疹、溃疡发生。如若素体阴虚，阴液亏耗，水不制火，虚火上炎，热熏口腔亦可发为口疮。本病属急性者易治，若溃疡反复发作，正气亏虚者病程迁延而难治。
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