经络在四肢者为本，在头面、躯干者为标（见《灵枢·卫气》）。十二经脉中，末梢与根本，其位置有高下之分，“标”在上而“本”在下。人体头面胸背与四肢比较，其部位有上下之异，前者位置较高。因此，十二经脉中，“标”都在头面胸背等上部，而“本”则在四肢下部。
十二经标本的具体记载见《灵枢·卫气》：“足太阳之本，在跟以上五寸中，标在两络命门，命门者，目也。足少阳之本，在窍阴之是，标在窗笼之前，窗笼者，耳也。足少阴之本，在内踝下上三寸中，标在背俞与舌下两脉也。足厥阴之本，在行间上五寸所，标在背俞也。足阳明之本，在厉兑，标在人迎、颊，挟颃颡也。足太阴之本，在中封前上四寸之中，标在背俞与舌本也。手太阳之本，在外踝之后，标在命门之上一寸也。手少阳之本，在小指次指之间上二寸，标在耳后上角下外眦也。手阳明之本，在肘骨中，上至别阳，标在颜下合钳上也。手太阴之本，在寸口之中，标在腋内动（脉）也。手少阴之本，在锐骨之端，标在背俞也。手心主之本，在掌后两筋之间二寸中，标在腋下三寸也”。
足三阳标部在头面部：
足三阴标部在背俞及舌部：
手三阳标部在头面，与足三阳标部相通：
手三阴标部在胸部及背俞：
各经对背俞和募穴虽然举得不完全，但可以看出：各阳经都是以头面部之标，而各阴经主要以俞募穴为标；各阴阳经都是以四肢为本。本的部位不像“根”那样专指井穴 ，而是位置有高有低，范围较大；标的部位也不像“结”那样着重是指器官，而是指经气散布较广的部位。
十二经标本部位表：
十二经脉的标本理论，在诊断疾病性质及辨证治疗中有着重要意义。《灵枢·卫气》说：“能知六经标本者，可以无惑于天下。”《标幽赋》说：“更穷四根三结，依标本而刺无不痊。”都说明了经脉标本理论在治疗上的重要作用。
又如《灵枢·卫气》在论标本证候治法时说：“凡候此者，下虚则厥，下盛则热，上虚则眩，上盛则热痛。故石（实）者绝而止之，虚则引而起之”。张介宾对此解释说：“此诸经标本上下各有所候，在下为本，本虚则厥，元阳下衰也；下盛则热，邪热在下也；在上为标，上虚则眩，清阳不升也；上盛则热痛，邪火上炽也。石者，实也，绝而止之，谓实者可泻，当决绝其根而止其病也。引而起之，谓虚宜补，当导助其气而振其衰也。”这是标本理论指导虚实证候补虚泻实的不同治法。
标本理论在取穴方面的应用，如《素问·标本病传论》说：“凡刺之方，必别阴阳，前后相应，逆从得施，标本相移。故曰：有其在标而求之于标，有其在本而求之于本，有其在本而求之于标，有其在标而求之于本。故治有取标而得者，有取本而得者，有逆取而得者，有从取而得者。故知逆与从，正行无问，知标本者，万举万当，不知标本，是谓妄行”，说明临床取穴是多种多样的。
病在标治其标，在本治其本，这是近取法，也是顺（从）取法。 远取法：
病在本反治其标，在标反治其本，这是远取法，也是逆取法。《素问·五常政大论》说：“病在上，取之下；病在下，取之上；病在中，傍取之”，就是逆取法的应用。
经脉的标本理论与根结理论有其一致性，共同阐述了经气在四肢与头身内脏之间的关系。四肢远端为根、为本，其腧穴特别是肘膝以下的五输穴、原穴、络穴，能治疗头、胸、腹及内脏疾病。如：《肘后歌》说：“头面之疾针至阴”；“顶心头痛眼不开，涌泉下针定安泰”。《标幽赋》说：“心胀咽痛，针太冲而必除；脾冷胃疼，泻公孙立愈”。《四总歌》说：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收”。都是本部腧穴的具体应用。
十二经以人体头胸腹背为结、为标。
头面标部穴：能治疗头面、五官及脑的疾病。如：《通玄指要赋》说：“风伤项急，始求于风府；头晕目眩，要觅于风池”。《百症赋》说：“面肿虚浮，须仗水沟、前顶；耳聋气闭，全凭听会、翳风”。
胸腹背标部穴：以俞募穴为代表，对诊治胸腹内脏疾病有特殊重要意义。如：
此外，根据标本上下经气相互贯通的理论，上病可下取，下病也可上取，有取用头身部穴治疗四肢疾病，如《千金方》取神庭治疗四肢瘫痪；《外台秘要》取浮白治疗腿足痿软；《肘后歌》取风府医治腿脚疾患；《标幽赋》取魂门治疗四肢筋骨拘挛疼痛等。这些都是标部腧穴的具体应用。
标部穴与本部穴的配合是临床应用最广的配穴方法，如：
《百症赋》：“廉泉、中冲，舌下肿痛堪取；天府、合谷，鼻中衄血宜追”； “建里、内关，扫尽胸中之苦闷；听宫、脾俞，祛残心下之悲凄”；“刺长强于承山，善主肠风新下血；针三阴于气海，专司白浊久遗精”；“观其雀目肝气，睛明、行间而细推；审他项强伤寒，温溜、期门而主之”。
以上均为一上一下，一远一近标部与本部腧穴相互配合的具体应用。
标本指病人的疾病与医生的治疗主次关系。《素问·汤液醪醴论》：“病为本，工为标，标本不得，邪气不服。”王冰注：“言医与病不相得也……此皆谓工病不相得，邪气不宾服也。岂惟针艾之有恶哉，药石亦有之矣。”
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