1989年，财政部颁发《国有土地使用权有偿出让收入管理暂行实施办法》，规定凡有偿出让国有土地使用权，各级政府土地出让主管部门必须按规定向财政部门上缴土地使用权出让收入。其中，土地使用权出让收入包括土地出让金、续期土地出让金和合同改约补偿金。自此，1989年，土地出让金正式进入了财政收支体系。
值得注意的是，这个暂行实施办法从一开始就明确指出，国有土地使用权出让收入与城市土地开发建设费用实行收支两条线方式管理。上交财政的土地使用权出让收入及其支出分别纳入中央和地方财政预算。
首先了解什么是土地出让金？
土地出让金是指各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向受让人收取的土地出让的全部价款（指土地出让的交易总额），或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款，或原通过行政划拨获得土地使用权的土地使用者，将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按规定补交的土地出让价款。
土地出让金在中央和地方的分成比例经历了一个演进的过程。
1、最开始的规定是，土地使用权出让收入扣除土地出让业务费后，全部上交财政。上交财政部分，取得收入的城市财政部门先留下20%作为城市土地开发建设费用，其余部分按40%上交中央财政，60%留归取得收入的城市财政部门。
2、而到了1992年，分成比例的收取办法改为，土地出让金总额的5%上缴中央财政，地方财政收取的土地出让金比例，由各省、自治区、直辖市和各计划单列市财政部门在核定合理的土地开发成本和住房价款的基础上，自行确定。
自此，地方政府成为土地出让金的“主要受益者”，而土地出让金与地方政府的利益也日益密切起来。国务院发展研究中心一份调研报告显示，在一些地方政府，土地直接税收及城市扩张带来的间接税收占地方预算内收入的40%，而土地出让金净收入占政府预算外收入的60%以上。
2004年6月的十届全国人大常委会第十次会议公布了一份土地管理法执法检查情况报告，其中有一组数据：1992年至2003年，全国土地出让金收入累计达1万多亿元，其中近3年累计达9100多亿元，扣除成本后的纯收入约有1/4。
3、2004年出台新的《土地出让金收支管理办法》，办法指出从2004年1月1日起，将土地出让金总额的15%必须用于农地复垦和土地整理开发。此前的做法是，土地出让金增值部分的15%做此用途。
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