一、对以下未按规定开具的农产品收购发票，不予抵扣进项税额：
（一）开具对象不是农业生产者个人自产的免税农产品，收购的农产品不属于《农产品征税范围注释》范围；从农业生产单位购进其自产的农产品应取得未取得普通发票而开具收购发票、向其他企业和个体经营者购进其非自产的农产品应取得未取得普通发票或增值税专用发票而开具收购发票。
（二）项目填写不齐全、内容不真实、有涂改情况； （三）票、物不相符，票面金额与支付的货款金额不相符；
（四）全部联次不是一次性开具，未加盖财务印章或发票专用章；
（五）未逐笔开具，而是按多个投售人汇总开具； （六）投售人居民身份证号码不真实，收购发票上的收款人姓名不真实；
（七）单笔收购金额在5000元以上（含5000元）的，收购企业未将投售人的身份证复印后与收购发票装订在一起备查；
（八）收购发票一律不得跨省使用。生产、加工企业在本省范围内跨市、县收购农产品的，可携带空白收购发票外出开具使用；同时应保存好差旅费发票、运费发票或过路
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（桥）费收据（使用自有车辆运输收购的农产品）等资料，以备核查。
（九）年应税销售额超过1亿元的企业发生的单笔收购金额在100000元以上的大额收购业务；年应税销售额低于1亿元的企业发生的单笔收购金额在50000元以上的大额收购业务。未按规定申请报验的大宗收购交易的收购发票；
（十）超过税务机关核定的最大开票限额开具收购发票。
二、财务管理：
（一）收购企业应建立健全会计核算制度，按规定设置、填制各类账簿、报表，会计核算的各种记帐凭证和相关原始单证须齐全完整，各类单证需有相关人员的签名。对收购的农产品，收购企业应按种类或等级设置原材料（库存商品）明细账，逐笔登记；同时，应完善内部管理制度，过磅、检验、入库、出库、盘存等各环节须由专人负责，交接手续清晰。应重点核查：企业的磅码单、入库单与收购发票是否相符；企业的现金日记账、银行存款日记账登记的资金流动情况与企业的农产品购销业务是否相符。
（二）收购企业应加强货币资金核算管理，严格遵守《现金管理条例》的规定，完善货款结算制度。销售回笼资金应通过银行转帐结算。下列收购业务应通过银行支付货款，否则不予抵扣进项税额：
1、向农产品生产单位和农产品经营单位购进的农产品；
2、向个体经营者购进的农产品（可使用现金支票）； 3、单笔收购金额在20000元以上的大额收购业务（可使用现金支票）。
（三） 收购企业应建立农产品盘库制度，每年至少对库存的农产品盘点一次，并将盘点情况报主管国税机关备案。盘存时，收购企业应重点核对仓库实物账记载的农产品入库、发出与原材料（库存商品）明细账是否一致，库存农产品、在产品、产成品帐面数与实际盘存数是否一致。
(四) 收购企业应将“三普票”逐份填入《农产品收购业务抵扣清单》，随同“三普票”、《农产品库存月报表》及其他纳税申报必报资料一并办理纳税申报。
三、纳税评估。
（一）下列收购企业应列为重点监控对象，按规定实施纳税评估：农产品月收购金额超过去年同期30%的；收购价格超过评估期市场同类同等级农产品价格10%的；常年收购的生产、加工企业连续三个月零、负申报或者税负低于正常峰值的；
（二）评估的主要内容：1、纳税申报情况；2、农产品收购情况；3、收购发票、增值税专用发票和普通发票使用情况；4、农产品耗用与产成品的投入产出比情况；5、农产品销售及产成品销售情况；6、资金往来情况；7、其他情况。
（三）评估的方法：结合税企双方约定的农产品定耗，运用“以进控销”、“以销控购”等多种方法，开展纳税评估，
分析农产品收购企业是否如实反映销售收入，农产品收购是否真实，是否存在滞后申报销售收入、提前抵扣进项税额或虚开收购发票抵扣进项税额等问题。
（一）通过收购价格与市场同期或同行业价格比较，判断是否存在虚增收购价格问题。
（二）通过当期开票数量、金额与当期现金、银行存款增减变化比较，判断有无无货交易虚开收购发票问题。
（三）通过对过路（桥）费、运费结算单据等资料的分析，判断企业收购业务的真实性，同时运用相关运费标准做比较，判断企业是否存在将运费并入收购金额多抵扣进项税额问题。
（四）根据企业期末的在产品、产成品数量和税企双方约定的农产品定耗，测算企业当期耗用的农产品数量，并以测算的耗用量加期末农产品库存数量再减期初库存数量，判断企业当期的农产品收购数量是否属实，是否存在虚增收购数量、虚报进项税额的问题。
（五）根据当期原材料的实际耗用量与产成品的投入产出率，测算当期产成品的产量，并以测算的当期产量加产成品期初库存数量再减期末库存数量，判断企业当期的产成品销售数量是否属实，是否存在瞒报或少报销售数量、少报销售收入的问题。
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