转座子与病毒有什么联系？

人体大约有40%的DNA和逆转录病毒有关。其中7.7%的DNA和逆转录病毒的DNA非常的相似，我们称之为内源逆转录病毒（endogenous retrovirus，ERV）。逆转录病毒的DNA结构可以用下面这张图表示：

病毒两端有两条相同的序列，称为LTR（long terminal repeat）。LTR没有编码任何蛋白，主要起到调控的作用。中间是三段基因：gag，pol和env。gag编码了衣壳蛋白等结构蛋白，pol编码了逆转录酶，整合酶，蛋白酶这些病毒复制需要的酶，env编码了病毒包膜的糖蛋白。所有的逆转录病毒都有这三个基因。人类的内源逆转录病毒（HERV）也有这三段基因和两个LTR，也可以像逆转录病毒那样，把自己逆转录再整合到别的地方，就像复制-粘贴一样。人们认为HERV是很久以前逆转录病毒偶然感染了人类的胚胎，结果永久性的成为人的基因组的一部分。经过这么多年的扩增达到了7.7%的规模。但人类的ERV不知道什么原因已经变异失去了制造新的病毒颗粒的能力。还有0.6%的片段含有LTR和gag，pol，但不含有env。这些片段被称为逆转录转座子（retrotransposon）。由于不含有env，无法获得包膜，也就无法形成病毒颗粒。人们猜测逆转录转座子是逆转录病毒的来源，逆转录转座子通过偶然的机会获得了env的基因，从而产生了最早的逆转录病毒。剩下的是不含LTR的和逆转录有关的DNA片段。其中16.9%的被称为LINE的DNA也有编码和逆转录酶，整合酶相似活性的酶。人们认为LINE也可以像ERV，逆转录转座子那样逆转录，整合到别的地方，它们也占据了最大的比例。还有10.6%的没有编码逆转录酶，称为SINE。人们猜测SINE是在LINE的辅助下进行逆转录和整合的。但不管怎么说，SINE也占据了相当大的一部分。这些不含有LTR的片段总共占据了33.9%的人类基因组。总之，人们猜测ERV是远古逆转录病毒感染人类胚胎留下来的，而逆转录转座子可能是逆转录病毒的起源。