APE是一款序列分析软件,可以对序列进行分析比对,引物设计,DNA序列翻译等等,因此它的用途是十分广泛的,如分子克隆等。那么今天就给大家介绍一下它的下具体应用步骤吧。
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打开软件后,点击File-new,建立对话框,复制所要分析序列。或者点击open,打开下载的序列(fasta或者gb格式)。
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点击Enzymes,进入Enzymes select,可以对序列进行包含酶切位点分析,在进行克隆实验时,尽量避免选择序列所包含的限制性内切酶,避免插入片段被酶切。为克隆实验提供参考。
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选中序列后,点击Tool中Find primer,软件默认引物长度为20-25nt,GC含量45-60%,Tm值55-60度,软件可以自动分析序列,设计特异性引物,非常方便。
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打开两个序列文件,点击Tool中Align two sequence, 可以对两个文件进行序列比对,其中不同序列部分软件进行红色标注,一目了然。
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选中序列后,点击Tool中 sgRNA可以进行辅助设CRISPR/CAS9引物。建议作为参考。
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选中序列后,点击Ctrl+T,可以将选中序列翻译为蛋白质序列。
ApE软件的链接,供下载使用:
http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/
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