不同物种基因序列对比

众所周知DNA是绝大多数生命的遗传物质，DNA由分别含有A、T、C、G四种不同碱基的核苷酸组成，如果说DNA是书写生命蓝图的语言，四种碱基就是这种语言的4个字母，测序就是把生命这本书读出来的过程。自人类基因组计划完成以来已有上千种不同生物完成了全基因组测序。今天我们通过一个简单的软件简单接触一下基因序列分析。DNAMAN是种可以在windows下运行的生信软件，我整理了之前在贴吧的帖子做了个使用演示，仅使用了序列对比这一个常用功能，你们有兴趣的话可以深入发掘下DNAMAN这个软件的其他功能，生物信息分析虽然精通困难但入门并没有想象中的麻烦，人人都有机会接触。

1、基因序列文件通常用fasta格式保存，打开一个基因序列文件，密密麻麻的ATCG

通常测序获得的原始数据都很短需要先组装，也就是拼起来。这里用的是一个genebank上下载的已知动物序列。

2、直接看源代码谁也看不懂，序列和编程一样都是需要注释的，不过这里仅做一个不同生物的基因对比演示，就涉及不到注释了。鸡和火鸡的SHOX2基因对比，可以看到，ATCG四种碱基中双方对比结果一致的部分用深蓝色填充，而不一样的部分则是浅蓝色。鸡和火鸡的SHOX2基因在这一区域几乎完全一样，表现出很高的一致性，毕竟都是“鸡”啊。

再对比杜鹃和鹦鹉的另一基因，一致性就没那么高了，深蓝和浅蓝杂乱无章的交错表现出了较低的序列一致性，与传统分类学相对较远的分类地位一致。

3、在对生物的基因进行两两对比之后，我们再尝试一下同时对比多个生物的基因！如图所示完全一样的序列依然用深蓝色显示，相似度高的用粉色显示，低的用浅蓝色显示，不相似的部分不涂色。

同时对比几种鸟类的序列，依然杂乱无章，相似性没有出现显著规律

但是在某些区段，后面三种鸟类的基因表现出了较高的一致性，这是否暗示了进化关系或者具有某种相同功能就不得而知了，需要进一步分析。