《自然-医学》发表的一篇论文Sixteen novel lineages of SARS-CoV-2 in South Africa对南非新冠肺炎大流行前六个月中分离得到的1300多个新冠病毒（SARS-CoV-2）近全基因组进行了分析，发现了该病毒的16个新变种。这些发现阐明了2020年3月6日至8月26日间整个南非新冠病毒的传播流行。
南非的新冠疫情是整个非洲规模最大的，到2020年11月底，已有超过78.5万人感染（约占非洲所有已知感染人数的50%），超过2万人死亡。
基因组流行病学被用来了解新冠病毒的演化以及追踪全球传播动态。南非德班夸祖鲁-纳塔尔大学的Houriiyah Tegally、 Tulio de Oliveira和同事对南非新冠疫情前六个月中收集的1365个新冠病毒近全基因组进行了分析，从中找到16个新变种。这些变种中大部分都具有此前从未在其他地方被发现的独特变异。作者发现其中3个变种——B.1.1.54，B.1.1.56和C.1——在南非的第一波疫情中广泛传播，引发了当时全国约42%的感染。新发现的C系变种C.1则是截至2020年8月底在南非地理分布最广泛的种类。
作者总结道，这种基因组监测可在非洲大规模使用，以识别新冠病毒的新变种，并为控制病毒传播提供信息。这种基因组监测对于2020年12月在南非发现501Y.V2变体至关重要。
利用基因组测序技术监测南非SARS-CoV-2疫情
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