镰仓幕府灭亡的次月，后醍醐天皇返回京都，重掌朝政，改元“建武”，并开始一系列新政，史称“建武中兴”。后醍醐天皇对宋学有研究，他赞成宋学“正君臣父子”
室町时代的名分思想，同时对平安时代的延喜(901-922)、天历(947-956)年间的天下一统的政治颇为向往。为重现天皇一统天下的政局，他在重新执政后短短的两年时间里，曾宣布过以下“新政”:
1、制订了《所领个别安堵法》，以挽救“士卒民庶”的贫困，安定社会人心。宣布新“
德政令”，以图恢复原土地所有者的权利。
2、任命了新国司和新守护，企图恢复平安时期的知行国制，给权门世家以支配知行国的特权。
3、 对幕府的有功之士进行奖赏。
4、 整治国家机构，天皇实行亲政。中央只设置直属于天皇的记录所(负责行政)、杂诉决断所(负责诉讼)、武者所(负责京都治安)、洼所(侍所)。
“建武新政”只不过是后醍醐天皇的理想，由于他忽略了一个客观事实，即时代已与延喜、天历时期不同了，而其主要的不同点在于独立且实力颇强的武力的存在。所以最终导致失败是必然的。在具体执政过程中，朝廷重公卿轻武士以及政令多变、决策错误百出等等，导致了社会的混乱、公卿与武士之间矛盾的激化。
随着公卿与武士之间矛盾的加深，从镰仓幕府倒戈的足利尊氏利用社会混乱和矛盾，决意重建武士政治体制。足利氏原是上野国豪族，而且更是镰仓幕府将军源赖朝同族。对此，后醍醐天皇命尊良亲王、新田义贞以及陆奥地区的北畠显家围歼足利尊氏，最后尊氏军击败朝廷军。1335年，尊氏利用前往东国平定兵乱的机会，在镰仓竖起叛旗。1336年1月攻入京都，3月，退出京都进军九州。
在九州恢复元气的足利尊氏、足利直义兄弟率军从海陆两路东上。朝廷乃命新田义贞和楠木正成迎战于兵库。1336年5月26日，尊氏、直义军与新田、楠木军在兵库凑川决战，新田、楠木军大败。足利尊氏再次攻入京都，后醍醐天皇逃入比睿山，尊氏拥立光严之弟丰仁亲王为光明天皇，并派直义围攻比睿山。在内无粮草外无救兵的情况下，后醍醐天皇回到京都，遂为尊氏所幽禁。尊氏控制京都以后，自任征夷大将军，开幕府于室町，并公布《建武式目》十七条作为施政纲领。同年12月，后醍醐天皇得北畠亲房救助逃至吉野山，并宣布重开朝政。自此京都光明天皇的朝廷称“北朝”，吉野后醍醐天皇的朝廷称“南朝”。五十七年间，日本南北两朝对峙，进入内乱时期。
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