将要分析的基因序列递交到EMBOSS(http://genopole.toulouse.inra.fr/bioinfo/emboss),运行chips和cusp程序,在线进行密码子偏向性的计算.EMBOSS的 chips程序计算要分析的基因序列,得到一个Nc值,该值是一个基因的密码子使用频率与同义密码子平均使用频率偏差的量化值。Nc值的范围为20(每个氨基酸只使用一个密码子的极端情况)到61(各个密码子均被平均使用)。据此分析其密码子的使用情况,然后运行EMBOSS的cusp程序,就可得到的密码子使用频率表. |
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