甲钴胺的耐受性较好，不良反应大多程度轻微，尚未有报道对人体有严重危害。
甲钴胺的不良反应有皮疹、食欲不振、恶心、呕吐、腹泻、头痛、发热等。
在甲钴胺的不良反应中，较为常见的是食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等消化系统症状，这些不良反应也常见于使用其他药物，一般不必担心，可通过调整饮食结构、清淡饮食的方式缓解。
出现皮疹多与过敏反应有关，严重时可同时出现血压下降、呼吸困难等表现。出现皮疹后应立即停止用药，及时就医对症治疗。
发热和头痛一般与肌内或静脉注射有关，可视情况改变给药方式来缓解症状。还可能出现肌内注射部位疼痛、硬结。
甲钴胺主要用于治疗周围神经病，必须由医生根据患者的病情开处方，足量、足疗程使用。自行用药可能会增加药物风险，导致不良反应的出现概率或程度增加。
