1864年7月19日天京陷落标志着太平天国运动的失败。
这时候大江南北还有几十万太平军队伍在坚持作战，学界把这部分队伍称为太平军余部。
在长江以北，这一概念主要指扶王陈得才等远征西北的那支部队。11月该部主力在安徽英山、霍山等地投降后，余部遵王赖文光、淮王邱远才等领导捻军继续作战，史学界一般将这段历史划归捻军史。
在长江以南，主要指李侍贤、汪海洋的部队。这两支部队自1864年春从浙江撤退后，在江西、福建、广东等省坚持作战近两年。
起先叛降事件尚少，只有陈炳文叛降一起，但1865年5月李侍贤被迫撤出漳州后，叛降现象突然频繁起来。汪海洋于嫡系部队在江西被敌人冲溃后，将花旗的几支部队收归自己麾下。李侍贤在永定全军覆没后，汪海洋孤军作战，形势险恶，军中叛降事件此伏彼起。
安庆失守后，陈玉成撤往庐州。1861年底，他令扶王陈得才、遵王赖文光、启王梁成富等率军远征，到西北招兵。
英王牺牲后，忠王仍令陈得才等赴西北招足人马，限两年之内返回解救京围。
后天京被围紧急，陈得才等于1864年2月10日率几十万大军分三路东返，自陕西经河南入湖北境，再由湖北东趋安徽。在湖北和安徽境内，该军中发生了多起叛降事件。1864年7月，太平军屯扎湖北麻城、黄岗、罗田一带。奉科尔沁亲王僧格林沁之令，自7月21日起，翼长苏克金、暂革总兵张曜率军分扎麻城东北门。
8月4日，苏克金、张曜与副都统色尔固善、善度等由阎家河、古梅寺两路进攻，杀死太平军数十名，生擒二十余名。天将桂子春率一百一十人投降，情愿作为前敌立功赎罪。
苏克金确认情况属实后，将枪炮收缴，接受其投降。8月22日蕲州白杲被敌人攻破，陈得才、赖文光在麻城一带受到提督成大吉、总兵姜玉顺、张曜、杨朝林等人的夹攻，分军两路，往安徽方向前进。
扎营蕲水云路口的总兵梁洪胜多次受到陈得才一路太平军的攻击，伤亡数十名，处于险境之中。1864年8月28日晨，梁趁大雨河水暴涨对岸太平军不能接应的机会，包围守军营垒，多路进攻。守军战死百余人，坚守不退。
忽守将罗文元中炮受伤，被迫撤往皂泥湖边营垒。敌军追至，用火蛋烧着草棚，守军弃垒出走。头目谢佐保、林秉云率数百人乞降，余者拼命凫水过河。钦差大臣湖广总督官文因内湖水势日涸，炮船难行，先派谭仁芳率步军四营至蕲州，与水师相辅而行。
10月11日，谭仁芳出队，忠江朝将喻文林、护天安杨济川、珩天福汪士发望见清军旗号，即率领千余人跪地乞降。
谭仁芳派前次投降之人前往查看，情况属实，收缴旗帜、印照、器械多件，分别遣留。
10月31日、11月1日，太平军在英山以东茅街、杨柳湾等处被署理翼长成保、总兵宋庆、杨长春打败，有三百余人投降。
敌将讯明是真心投诚后，即分派各营充当前敌，责令立功赎罪。
与此同时，英翰、郭保昌在红花嘴、陶家河、石家湖等处与太平军交战，11月1日正在河滩严阵以待，忽有头目黄中庸率千余人倒戈来降。
英、郭令黄中庸暂时留营，充当前敌，观其表现。11月5日，该军至黑石渡，英、郭令黄中庸乘夜攻下太平军营垒一座。
11月6日晨，淮王邱远才部漫山遍野，直扑敌军，却被英翰、郭保昌截为两段，僧格林沁又率马队前来助战，邱远才被迫撤退。温其玉、黄文诘等见敌军大队人马齐集，且地势平阔，不便撤退，率九千数百人由北山纷纷而下，抛弃武器，到英、郭军前乞降。
僧格林沁令酌留二三千人作为前敌，立功赎罪，其余六千余人遣散回籍，以防伪诈。
当天，僧格林沁侦知陈得才、马融和、张宗愚驻军黑石渡正南三十里的官家渡一带，端王蓝成春屯扎西南五歧河一带，令成保、陈国瑞进攻蓝成春，英翰、郭保昌进攻马融和。
7日，马融和因“中途闻南京已克，大势瓦解”及“人心已涣，各求生路”，派人乞降，情愿率六七万人投降，甘心充当前敌，绝不后悔。僧格林沁令马融和先率领降众诱执陈得才、张宗愚、陈大喜，以自明心迹。他派副都统倭和统计降众人数，实有七万余人。同时，甘怀德、曾学三派康侦祥到成保营中乞降，情愿将蓝成春献出。
8日，甘怀德诱骗蓝成春并率五千人至成保营中投降。
11日，僧格林沁因蓝成春“倡乱多年，蹂躏数省，实属罪大恶极，虽寸磔其身，犹不足以蔽辜…而蓝成春犹复迟疑不决，尚须计诱方来投降”，将他凌迟处死，并要求降众痛改前非，以蓝成春为戒。而马融和是主动请降，后又劝导天将倪漋淮投降，僧格林沁又想利用他诱擒陈得才等人，所以饶了他一命。
此外，邱远才也曾派人向总兵张得胜乞降，僧格林沁令派人确查，若是真心归正，便予以接受。在蒙古军大规模受降的同时，楚军也在霍山、潜山一带大肆招降。叛徒副将衔参将刘维桢侦知东返太平军以陈得才为悍，陈得才部又以其亲信悍将天将吴清泰为悍，提出欲制陈得才，必先诱降吴清泰。蒋凝学一面令刘维桢宣布清帝宽大之意，暗施反间计，一面率部昼夜穷追。
11月5日、6日，他们由英山陶家河、包家河、锁口山一带追击，7日追至霍山长岭庵后，蒋令一部分军队在此抢修墙垒，令总兵王临祥、刘维桢负责抵御太平军的进攻。
忽然吴清泰派十余人骑马前来乞降，蒋凝学担心有诈，未敢接受。
稍后吴清泰与朝将魏康福等二十余人亲向刘维桢乞降，说在蕲水时见张贴上谕，“皇恩宽厚”，愿率马步三万余人立功赎罪。蒋凝学一面布置军队，以防诈降，一面派游击刘广才等至吴清泰军中察看真伪。吴清泰投降后，陈得才亲自带兵前来讨伐。
蒋凝学催督吴清泰立功赎罪，吴清泰和屈忠星、魏康福、刘慎元奉令倒戈，在道衔知府蒋泽沄等的协助下将陈得才打败。
夜间，朝将范立川、陈汉泰、周添顺等携带家眷来楚军营中投降，称已遣散部众六千余人（这部分人马当为不愿投降者，离开霍山向商城、麻城一路前进），尚有二万余欲投入清军中。倪漋汉以及陈得才部高启成见吴清泰、范立川投降后，亦率马步五万余人陆续前来投降。
陈得才因吴清泰、范立川等悍将纷纷投降，身边太平军除伤亡逃散外，所剩无几，服毒自尽。蒋凝学所部楚军仅三千数百人，军粮有限，降众近十一万五千人只能以包谷为粮。
蒋对叛降首领“驭之以权，怀之以恩”，降众竟无异心。
如此之多的叛降大军，蒋凝学遣散十一万一千三百余人，留无家可归，坚求立功赎罪、精锐可用者三千余人。官文因刘维桢招降吴清泰功绩巨大，请求清廷免升其副将，遇有总兵缺出，直接请旨简放。此外，记名提督何绍彩奉僧格林沁之令，于10月4日抵达潜山之流波疃。
5日，会同总兵张得胜至桑树冲一带出击，杀百余人，招抚数百人。
6日，佐将汪世第率众二万余人向何绍彩乞降。
何绍彩收留二千人，余者陆续遣散。另外，启王梁成富在东返途中又折回西北，于1864年5月19日进入陕西土门，与云南起义部队李永和旧部昭武王蔡昌荣军会合，此后在陕西、甘肃两省活动。两军会合后，蔡昌荣军仍保留着原有的组织，并没有进行改编，虽该军中叛降现象频繁发生，笔者不将其列为考察对象。
在脱离太平军大队后，梁成富孤军作战，军心动摇，敌人又施行诱降策略，军中发生了数起叛降事件。7月4日，天将叶有光率所部在盩厔县大坪向记名提督曹克忠部黄鼎、李百魁投降。
8月5日，天将罗启发、徐昌先率八百余人降于曹克忠。8月13日梁成富、蔡昌荣由盩厔退至秦岭，提督萧庆高等追击，梁、蔡向大河坝一路进军，奉天燕承宣詹瑞兰等率二千余人投降。
在甘肃阶州时，龙王庙守将李国厚以及三官殿监军何仕兴投敌。
第二节太平军余部在江西福建广东三省的叛降一、太平军余部在江西的叛降。
1864年3月30日夜，陈炳文退出杭州，前往德清，旋经皖南入江西境。7月10日，陈炳文占领金溪、东乡两县。8月11日，鲍超、王开琳、王德榜等进攻东乡，陈炳文军退往金溪。12日，鲍超率军由长岗铺追至枫山铺。
时陈炳文正在离城六十里之白杆村养病，已两次派人赴鲍超军营乞降，其人尚未返回。
炳文部下沈卓强、熊人杰、施光德、莫自成驻扎金溪，不知其意在投降，尚且督军迎战。
炳文骇异，令部下不可开仗，只可求恩免死。须臾，金溪城中太平军败退到白杆村山中。13日，陈炳文与宁王张学明、奖王陶金会担心两次派去乞降之人为清兵所杀，再派炳文弟陈报林携降书亲往。
他们向清军将领诉苦，称参加太平军是“被广西贼匪所掳，以至于今，并非甘心投诚”，而他们早就决心投降，并且因陈炳文不肯配合康王汪海洋进攻抚州、建德而与之仇恨日深，只是由于汪海洋，平东王翟天凤决无降志，二人所部达十数万，而陈、张、陶三军才九万余，势在下风，不敢和他们公然决裂，因而只能和清军暗通款曲。
而现在汪海洋败走，翟天凤被擒，他们就抓住这个机会来投降了。此外，他们还立下誓言，“甘愿效纳，进剿残逆”，并声称接纳他们当会刺激李侍贤和其他将领前来投降。陈炳文说他早有降志是可信的。
1863年底，太平军在江浙战场的军事形势日益吃紧，他就派人与李鸿章暗通款曲。
不过李并不愿接受他投诚，“即听、归两逆强弩之末，亦曾托反人求降。
鸿章以贵部攻剿正紧，不敢深信，更不愿其幸逃斧钺”。
他又转向左宗棠乞降，但因汪海洋坚主抵抗到底，杀杭城内应之人，事遂中止。
现在，杨载福、鲍超因陈炳文部太平军尚存六万余人，并拥有洋枪七千杆，实力尤在，而接受其投诚，则“不劳师旅，立刻解散数万巨股，免致流毒邻疆，且能使他股逆众咸知不杀之仁，应能闻风向化”，决定派总兵洪容海前往受降，并请求清廷封陈为参将，并挑选部分士兵留营效力。
陈炳文投降的当天，元勋李三畏率众两千余人自金溪赴万年桥北韩进春营投降。
清廷下诏留陈炳文军洋枪队一千多人组成三营，以陈炳文等人为营官。后又因其中二营单弱不耐战，唯陈炳文一营战斗力较强，遂合三为一，由陈炳文带领。
从此，陈公然与太平军将领反目成仇，并给侍王、康王的军队造成了巨大的杀伤。
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