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前 言
上一期，我们介绍了利用Cluster 3.0进行聚类分析的方法。聚类分析之后，如何将这些聚类的结果展现到你的论文中去呢~接下来，我们来向大家介绍一款简单实用的绘制heatmap聚类图的软件——Java TreeView。
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软件安装
1.安装Java TreeView
将Java TreeView-1.1.6r4-Win文件夹拷贝到C盘——打开文件夹—双击setup.exe——next安装
2.输入文件
上次我们已经介绍了，利用Cluster聚类完成后，会在你输入文件的位置增加三个文件：
其中.cdt（聚类的数据表）文件包含基于聚类结果行列排序后的原始数据。它与输入文件的格式是相同的，但如果是根据基因或是阵列聚类的话，会相应的增加一列或一行。增加的这一列或一行是对每列或行的唯一的标识符，它与在.gtr和.atr文件中树的结构的描述是相联系的。
.gtr(基因树)和.atr(阵列树)文件是以tab键为分隔符的文本文件，文件中记录了在基因或是阵列聚类过程中点的聚类的过程；
Java TreeView的输入文件主要就是.cdt。当你打开相应的.cdt文件后，.gtr或.atr文件会自动读入Java TreeView软件中。
3.运行Java TreeView
1）打开Java TreeView；
2）读入结果文件：file——open——.cdt；
3）显示区域：鼠标左键单击需要查看的区域；
4）选择区域设置：
Settings——PixelSettings
Global: 设置全局图片大小；
Zoom ：设置每个基因色块的大小；
Contrast :调节基因色块的对比度
5）图像输出：Export——Exportto image——设置相应的参数——Save
6)Color Bar的输出：Export——ExportColorBar to image——save
这样，heatmap聚类图就完成了
4.heatmap聚类图解读
heatmap聚类图是根据基因表达数据（通常是进过标准化后的数据）利用相应的算法，将基因分到各个类别中，进行等级聚类。
heatmap聚类图的每列代表一个实验条件(如sample1-VS-sample2或者一个样品), 每行代表一个基因, 不同表达变化倍数或表达量用不同颜色表示, 对于差异基因聚类: 红色表示表达上调, 绿色表示表达下调; 对于样品聚类: 颜色从绿到红表示表达量从小到大，颜色越红表示表达量越高。
Heatmap图的绘制是不是很简单呢~~
wondows下的一些小软件不仅操作简单，可以让你轻轻松松地对各种测序得到的数据进行分析，也可以帮助你制作各种高大上的图。
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