由于“临时执政”是奉系军阀和国民军两大势力暂时妥协的产物，加之皖系的军事实力早已瓦解，段的周围仅剩下一批政客、官僚，因而段只能周旋于两大势力之间搞平衡。
1925年1月3日段祺瑞以临时执政名义下令，裁撤陆军检阅使一职，任命冯玉祥为西北边防督办。1月7日段又下令任命张作霖为东北边防督一办。与此同时，段还介绍张、冯二人一互换兰谱，结为异姓兄弟，并明确划分了奉、冯两系的势力范围，要二人，各守分际，共卫中枢。段的用意是要在张、冯之间扮演一个不偏不倚的角色，让他们势均力敌，互相牵制，以维持自己的地位。但段又不甘心处于昔日黎元洪、徐世昌那种俯仰由人的傀儡地位。因而，段又以“和平老人”的姿态出现，对西南各省采取和平协商的方式，谋求统一;对各省直系军阀则采取怀柔政策，企图用和平手段把直系势力收为己用。
2月1日段祺瑞不顾孙中山等人的强烈反对，悍然召开了以军阀、官僚为主要成分的善后会议，主张“外崇国信”，尊重帝国主义在华的既得利益，以换取帝国主义的承认。段的这些政治主张，遭到全国人民的抨击和谴责。3月12日孙中山怀着对段的极大愤慨病逝于北京。段虽私下庆幸政治上减少了一个对手，但广大群众为悼念孙中山先生，把反对军阀统治和反对帝国主义的斗争推向了1个新的高潮。
12月，刚刚任临时执政满一年的段祺瑞深感日子也不好过，极力想摆脱当时军阀混战、民不聊生的困境。于是他提出修改临时执政制度，增设国务院，任命许世英为内阁总理。段恢复责任内阁，目的是利用内阁做挡箭牌，把日常事务都交给内阁处理。12月29日段祺瑞的心腹大将徐树铮突然在廊坊被刺身亡，使段受到极大刺激，担心自己有一天也会遭到不测之一祸，终日}h} }h}不安。就在这时，冯玉一祥为了转移目标，保存国民军的实一力，向段提出了辞呈，并于1926年1，月4日通电下野。
冯宣布下野后，吴佩孚在汉口发出通电，宣布结束讨贼事宜，高唱尊重法统，这又给段祺瑞一个沉重打击。因段的执政地位是在打破法统的基础上产生的，吴高唱尊重法统，实际在否定段的执政地位。为应付时局，内阁总理许世英向段祺瑞献策:让段发一个辞职通电测验各方的反应，此时无人愿意上台，大家一定会表示挽留，这样就能打消吴电的影响，保障时局稳定。段认为这是个好办法，遂于1月9日发出通电声明:“执政任期到1月巧日届满，而国民会议召集无期，本人不愿继续执行政务，所望各建说言，迅定国是，稗释重负，以践前言。”这个通电，段虽经几次修改，但仍词不达意，不但毫无辞职下台之意，而且充分暴露了他恋栈不去之心。因而，除了冯玉祥和阎锡山表示留段的态度外，孙传芳、萧耀南等南方各省军阀都未挽留。
11日张作霖宣布与段政府断绝关系。14日国民军第二军将领邓宝珊公开通电，痛斥段为祸国殃民的公敌，不应加以挽留。段见反应不妙，连忙又补发一电:“我早就想下台，只因国事无人负责，譬如手里拿着茶杯，必须递于别人才能放手，断无任意摔碎之理。”
段祺瑞处于张(作霖)、冯(玉祥)、吴(佩孚)三大军阀争斗的漩涡之中，仍企图做最后的挣扎，保住摇摇欲坠的政权。3月4日吴佩孚在河南得手后，又通电讨伐段棋瑞和冯玉祥。同日，段棋瑞任命冯玉祥为直豫陕宣抚使，请其主持讨吴军事，但遭到冯的拒绝。3月12日段致电张作霖，希望张以国家为重，与冯言归于好，打算调和冯、奉关系，打破奉、吴联盟，但没有得到张的回音。段在无可奈何的情况下，又请出老朋友王士珍发起和平运动，也未果。
这时，直鲁联军张宗昌、李景林以及于武汉再起的直系吴佩孚联合讨伐冯玉祥国民军。奉军炮舰在日本4艘军舰的掩护下与驻守在天津大沽口国民军首先交战，惨遭失败，被赶大沽口外。这时，日本联合英、美等八国公使联名通碟北京政府，要求撤除大沽口防务，时称“大沽口事件”。3月18日，北京群众为反对“八国通碟 .}，在天安门进行集会游行。当群众队伍到达执政府要求面见段执政时，段竟唆使卫队向群众开枪镇压，当场打死47人，伤200人，失踪40余人，制造了震惊中外的“三·一八惨案”。事后，段反诬爱国群众是“暴徒”，并下令通缉群众领袖，激起了人民的极大义愤。
1926年4月冯玉祥国民军在张作霖、吴佩孚两派的联合进攻下，被迫放弃天津，退守北京。当战事日益逼近北京，段见国民军大势已去，冯玉祥这座靠山已不稳固，连忙寻找应急之方，决定实施联奉自保计划，密谋与奉军里应外合赶走北京的国民军。当国民军将领鹿钟麟获知段的阴谋后，便采取先发制人的手段，于4月10日凌晨2时派兵拘段。由于消息泄漏，段已于20分钟前在日本顾问大谷猛地掩护下乘汽车逃逸，随后躲进东交民巷使馆区。次日，段派人到天津以执政府国务院的名义发出通电，声称北京发生政变，执政不能行使职权，北京政府所发命令、通电一律无效。
15日奉军占领通州，吴佩孚的队伍进抵西苑，国民军撤出北京退往南口。16日段从东交民巷回到吉兆胡同。17日段宣告复职，并向逼近北京的张作霖、吴佩孚乞怜告哀。但吴佩孚宿怨未消，随即命令京袋驻军监视他，并逮捕其党羽。段又企图联奉拒吴，奉系张作霖也没理他。至此，段才确信恋栈不成非走不可了。20日段和亲信多人在直鲁联军的保护下，乘一列专车前往天津，随后通电全国“决定引退”。
段祺瑞到达天津后，自知己与政治绝缘，遂吃斋念佛，组织菩提精舍，自号“正道居士”，开始了他的寓公生涯。可是聚居在天津企图伺机而动的一些安福系政客们，却一直寻觅机会捧出他重登政治舞台;而段实也未看破红尘。他们积极拉拢奉系张作霖，未获结果。1927年他们还曾一度拟与溥仪合作，但溥仪态度傲慢，段才悻悻打消与溥仪合作再起的念头。后南京政府派钱新之持蒋介石的亲笔信函，乘迎段专车去津，段方决心南下。1933年1月22日段乘专车到南京，受到蒋介石为首的南京政要多人的欢迎。不久，段棋瑞移居上海。1935年段被委任为“国民政府委员”，但未就职。
段祺瑞在上海参与佛教居士王一亭、屈映光等人组织的“菩提精舍”活动，精研佛法，颐养天年，从此不再过问政治。1936年秋，段患胃溃疡病，经医治无效于11月2日在上海故去，时年72岁。11月5日，南京国民政府下令予以国葬。
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