自卫队使用时期
1954年7月,日本通过《防卫厅设置法》和《自卫队法》的公布而创设了航空自卫队,并在美军强森基地编组东部训练航空警戒队(通称9003部队)。当时,新建的航空自卫队为了和美国空军防守日本北、中、南的三个航空师完成交接,而项目成立与之呼应的三支部队,当中同美军41航空师对接的即为中部航空方面队。1958年8月,组建完成的中部航空方面队将司令部设在强森基地,并于1959年新设管制队和气象队。自卫队从这时开始,准备一面与美军共用该基地、一面逐步进行分阶性的移交。
1960年12月,入间的基地跑道设施由美方交返给航空自卫队,美军第41航空师和第3联队也开始将其下的B-57轰炸机和F-102战斗机移往横田空军基地。1961年6月,双方正式缔结了《入间基地日美共同使用协议》,航空自卫队也在1962年开始掌管飞行场的管制业务、成立第3补给处,并于1963年11月时从美军手中接下整个飞行场区的管理运用。1964年,第1高射群于入间基地组建,展开了航空自卫队在该基地的防空业务。1973年6月28日,美国空军解散了大部分驻在入间的支持部队,而基地内的大部分设施也都移予航空自卫队一方,仅保留电讯中心、电话交换机、发电站和天线等设施供美国空军利用。1978年9月时,入间基地完全回归给航空自卫队。
1980年代,入间基地外部区域作为首都圈外郊,面临着人口遽增和公共设施需求等问题。为了善加规划基地周边用地,财务省的国有财产中央审议会于1980年代针对土地利用项目进行了决议,《强森飞行场住宅区返还国有地之处置大纲》(ジョンソン飞行场住宅地区返还国有地の処置の大纲)也在1981年制定。1984年10月,原属防卫厅行政财产的基地西侧住宅区旧址完成了管理和管辖变更,该块地皮在后来不仅增设了中小学、图书馆等文教设施,埼玉县政府还通过基地旧址的绿化而辟建了两座县营公园,分别是1998年4月开园的彩之森入间公园和2002年4月开园的狭山稻荷山公园。
1990年代之后的入间基地内部也进行了几次器材和设备更新。1992年,第1高射群的第4高射队引入了爱国者导弹设备,航空医学实验队也在1999年时完成了加速度训练设备3号机的安装。2007年3月30日,爱国者3型导弹(PAC-3)的装备移进入间基地,使其成为全日本第一座部署有此款导弹的自卫队基地。另一方面,基地上用于保存旧日军和航空自卫队史料的“修武台纪念馆”也由于建物老旧,而在此前的2005年12月时闭馆进行翻新,2012年3月1日重新开放,供自卫队员当作教育讲堂使用。 入间基地成立后,共数次为了赈灾而进行部队派遣,包括了1985年日航空难、1995年阪神大地震、2004年新潟县中越地震和2007年新泻县中越海上地震,国外移动则有2004年的自卫队伊拉克复兴支持群人员派遣,以及2005年的自卫队派赴印尼救灾。2011年东日本大震灾发生之际,入间基地也组织了紧急运输部队和灾害特遣队北上,从事人命救助、物资运送和复救支持,并在美军加入赈灾时与其进行合作。