菲律宾的马尼拉军分区司令下仅500名美军，由于实际上没什么工作，麦克阿瑟这段时间将大部分精力用于家庭。1923年6月，麦克阿瑟被任命为新建的菲律宾师第23步兵旅旅长，自此项任命后，麦克阿瑟开始着重关注菲律宾的防御问题，这相当程度地影响他日后的仕途。1924年7月7日，菲律宾侦察军（英语：Philippine Scouts）麾下士兵因不满薪资待遇而哗变，超过200人被捕，麦克阿瑟平息了局势，但后续改善其待遇的要求被因为财政紧缩和种族偏见而未果。1925年1月17日，麦克阿瑟以44岁年龄晋升为少将，为陆军中最年轻者，同时麦克阿瑟也受命回国接任新职务。
在陆军军法署长爱德华·克瑞格见证下，麦克阿瑟宣誓就任陆军参谋长
1925年5月2日，麦克阿瑟接任佐治亚州亚特兰大麦克弗森堡（英语：Fort McPherson）的第4军区司令。不久又调至马里兰州巴尔的摩麦克亨利堡任第3军区司令。同年9月，麦克阿瑟接获命令出任审理威廉·米切尔一案的军事法庭成员，是13名法官中最年轻的。麦克阿瑟日后对这项任命评价为一生中最令人感到厌恶的命令之一，他与米切尔同为密尔沃基人，是同乡兼好友、父辈关系良好。
米切尔行事激进，大力宣传发展独立空军和空权论，在1925年9月的一次飞船失事意外后，米切尔公开指责陆军部与海军部无能与失职，陆军部便以违抗上级罪对其提出指控。在审理过程中，麦克阿瑟反常地保持沉默，他事后称投下了无罪票，并表示一名高级军官不应由于同上级意见相左或与现有教条有异而三缄其口，米切尔最终于12月27日被判有罪，受到降职与减薪等处分，但麦克阿瑟采取的态度仍为对米切尔的惩罚起到了减轻的作用。
另一方面，麦克阿瑟夫妇间的裂痕日益加深，路易丝对军旅生涯并无兴趣，力劝麦克阿瑟退出军界、转往商场，最终两人关系破裂，路易丝独自搬到纽约，两人最终于1929年9月离婚。1927年8月，由于美国奥委会主席威廉·克里斯托弗·普劳特（英语：William C. Prout）突然死亡，委员会推选麦克阿瑟为新任奥运委员会主席，主要任务是为1928年参加荷兰阿姆斯特丹的夏季奥运会作准备。麦克阿瑟非常重视这项任务，他组织运动员训练，并经常与教练交谈、观看训练、激励运动员，称奥运比赛是没有武器的战争、我们跨越3000英里不是为了优雅地输掉。
最终美国代表队取得其有史来最好的成绩，创下17项奥运会纪录和7项世界纪录、赢得最多面奖牌，其金牌比其他任一个国家的两倍还多，总奖牌数则为第二的德国与第三名的芬兰之总和，阿瑟·赫尔曼（英语：Arthur L. Herman）称麦克阿瑟为美国现代奥运精神之父。回国后，麦克阿瑟受命再度前往菲律宾，出任菲律宾美军司令（英语：Philippine Department），继续关注当地的防务问题。
1929年3月，赫伯特·胡佛就任美国第31届总统，由于与麦克阿瑟在一战有过交情，上任后仅三个月，胡佛就透过陆军参谋长征询麦克阿瑟是否愿意担任工程兵主任，这是他上任后向后者提供的第一个职务，主要任务是治理当时泛滥成灾的密西西比河洪患，也是美国自挖掘巴拿马运河后最大的工程。然而麦克阿瑟认为接任工程兵主任意味陆军仕途的终点，在此之上的陆军参谋长向来是从步兵中选拔的，还未有过从工程兵主任晋升的前例，另一方面，他也担忧拒绝会被认为不忠，最终麦克阿瑟以工程专业度不足和菲律宾防务为由婉拒。
与此同时，华盛顿方面也有人游说麦克阿瑟任命为下任陆军参谋长，包括现任参谋长萨默尔、前岳父爱德华·斯托斯伯里（英语：Edward T. Stotesbury）和战争部长帕特里克·杰伊·赫尔利。1930年8月5日，麦克阿瑟获任下一任陆军参谋长。9月19日，麦克阿瑟离开菲律宾，短期指挥旧金山第9军区。11月21日，麦克阿瑟就任陆军参谋长，是美国陆军史上最年轻的参谋长（50岁），为临时上将军衔，也是全国唯一的陆军上将。
陆军参谋长负责在战争部长下实施陆军的各种政策，并确保各兵种、军区和部门得以协调一致。在当时大萧条的经济危机下，美国失业率激增、社会动荡，主张裁减军费和军队的呼声不断，大约53个军事基地被关闭、大量军官提前退休，也有国会议员提出议案，希望将军官团从12000人减少至10000人。麦克阿瑟为保留日后扩军的根基，将主要经费用于人员的确保，不断的游说，成功阻止了减少军官团数量的议案，此外还推动不少改革，包括：
1941年8月15日于“墨菲营（英语：Camp Aguinaldo）”的菲律宾陆军航空兵（英语：Philippine Army Air Corps）建军仪式上，麦克阿瑟正发表演说
卸除陆军参谋长一职后，麦克阿瑟转往1935年成立、是时已为半独立状态的菲律宾自由邦，此时奎松已为菲律宾总统，后者前往华府委托美国政府派遣顾问监督菲律宾的建军工作，以对应未来可能遭遇的日本侵略，在罗斯福的许可下，麦克阿瑟接过领导驻菲军事顾问团（英语：Office of the Military Advisor to the Commonwealth Government of the Philippines）的任务，除了领取美国陆军少将职等薪金外，还享有菲律宾政府的额外报酬和津贴。
此行是麦克阿瑟第五次被派往远东，1935年10月，麦克阿瑟连同已高龄83岁的母亲、兄长阿瑟的遗孀玛莉、助手艾森豪与詹姆斯·巴塞维·奥尔德（英语：James Basevi Ord）等人自旧金山搭乘胡佛总统号出发，航行中麦克阿瑟邂逅了年届37岁的未婚女子琼妮·玛莉·费尔克洛思，尽管双方年龄差距18岁，互动仍相当投缘，以至于费尔克洛思放弃原计划去上海游玩的计划，跟随麦克阿瑟一同前往马尼拉，关系也日益亲密。然而与此相对的是，麦克阿瑟之母在航行至香港时健康状况恶化，至1935年12月3日去世。
关于菲律宾军队的建设工作与美军早年对日作战构想的“橙色计划”有密切关系，后者旨在战争爆发后，将驻守吕宋岛的美菲军队在亚洲分舰队支援下坚持6个月，之后再撤退至多山的巴丹半岛和要塞岛屿科雷希多死守，阻止日军入侵马尼拉湾，而同时美军主力舰队自本土前来支援，与日军舰队进行决战。然而橙色计划因日本在一次大战后接管德国在太平洋的岛屿，使其能截击援菲美军舰队而可行性存疑，麦克阿瑟在陆军参谋长任内斥其为一纸空文而否定，然而美国军方因为一时没有更好的替代方案，仍将橙色计划作为既定军事战略实施，麦克阿瑟只得设法补充其不足，并将重点置于组建菲律宾政府的军队上。麦克阿瑟于任职第二年的1936年8月24日，奎松在马拉坎南宫代表菲律宾政府授予其陆军元帅称号，并赠予一套麦克阿瑟自行设计的元帅制服与金质元帅杖。
麦克阿瑟计划采用类似瑞士军队的模式整编菲律宾军，原本的维持秩序的保安部队被改编为少数的常备军作为骨干、以征兵方式确保兵源，每年将训练4万人，预计将会在1946年菲律宾完全独立时拥有40个师、共40万人的兵力，并仿照西点军校建立菲律宾军事学院培育军官，另外还计划建设一支拥有250架作战飞机的陆军航空兵和由50艘鱼雷艇组成的海军。然而麦克阿瑟的整军计划推展并不顺利，其所需的庞大资金使菲律宾政府增加赋税，引起当地民众的不满，即使奎松对国民大力呼吁，菲律宾国会仍将预算自每年800万美金减为600万、受训人员也减半，训练营极其缺乏，第一批征召的两万兵员直到1937年初才报到、被寄予厚望的空军也到1939年才组织第一个中队。华盛顿方面也不予支持，认为及早武装菲律宾将引发类似1899年的武装冲突，提供菲军的装备也陈旧过时。
1937年初，麦克阿瑟陪同奎松出访日本、美国和墨西哥。在返回美国后，奎松要求罗斯福同意菲律宾较原计划提早7年独立，遭后者严词拒绝，而麦克阿瑟也在同一时间竭力争取陆军部援助菲律宾的防务，但同样不被理睬。4月30日，麦克阿瑟与费尔克洛思于美国纽约市政大楼结婚，两人后于1938年2月21日有了独生子——阿瑟·麦克阿瑟四世。1937年8月6日，参谋长马林·克雷格通知麦克阿瑟其军事顾问职务将于该年10月届满两年，将会返国接受其他职务。然而麦克阿瑟选择继续留在菲律宾担任奎松的顾问，于1937年12月31日正式从美国陆军退役，结束其38年服役生涯，但他也告知克雷格若战争爆发随时可接受征召。
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