1936 年 5 月 31日，沈钧儒、邹韬奋、李公朴、章乃器、王造时、沙干里、史良等 7人，响应中国共产党“停止内战,一致抗日”的主张，在上海成立全国各界救国会，并发表声明要求国民党政府停止内战，释放政治犯，与红军谈判建立统一的抗日政权。
以蒋介石为代表的国民党政府，坚持卖国内战政策，于同年 11月26 日以“危害民国”罪名，逮捕了救国会领导人沈钧儒等“七君子”。
全国人民纷起声援，各地展开了营救活动。潘汉年曾亲自到苏州看望狱中的“七君子”,代表中共中央向他们表示慰问，并通过各种方式和途径积极开展营救工作。
潘汉年和胡愈之还通过萨空了主编的《立报》刊登了许多营救“七君子”的消息,《立报》当时几乎成了救国会的喉舌。
《立报》旧照 图片来自网络
萨空了在一篇回忆文章中写道:“为了营救“七君子’,《立报》尽了最大的努力。同时代的人都认为，这些报道是成功的。这里面有我和《立报》同仁的努力，但我更想说的是：这里面还有胡愈之和潘汉年等人的功劳。特别是胡、潘两位，当年在许多事情中都充当着默默无闻的角色。我觉得应当说出来，让大家知道，这是历史事实。”
1937 年4 月3 日，是国民党政府对“七君子”法定羁押审查两个月以后又延长两个月，共四个月的最后一天，按照法律规定，不能再羁押下去。
人们正等待着他们出狱，但国民党却以所谓“危害民国为目的,组织团体,并宣传与三民主义不相容之主义”等“十大罪状”,对“七君子”提起公诉，并扩大此案，通缉陶行知等人，这就彻底撕下了国民党所谓“司法独立”的伪装，进一步暴露了它反人民反抗战的本质。
4 月 11日，毛泽东致电潘汉年：“闻法院对沈钧儒等起诉将判罪，南京又有通缉陶行知事，爱国刊物时遭封禁，我方从上海所购之书被西安政训处扣留，南京令华北特务机关密捕我党党员。以上各事完全违反民意，违反两党团结对外主旨，望即入京向陈、张诸君提出严正抗议，并要求迅即具体解决。”
7月 3 日，毛泽东、周恩来再次致电潘汉年，要潘立即通过“七君子”的家属和律师同“七君子”磋商，设法与CC方面出面调解的人谈判，以“不判罪只到庐山谈话则为上策，只判轻罪而宣告满期释放此为中策，释放而请到南京做事或出洋此为下策”。
由于“七君子”坚强不屈的斗争和全国人民热烈声援，同时，“七七”抗战爆发后，国内形势有了很大变化，全国团结一致抗战的局面已经形成，7 月 31日，国民党政府不得不将“七君子”交保释放出狱。
“七君子”回到上海时，潘汉年代表中共对他们表示慰问，并转达了中共关于抗战的方针政策。
潘汉年还约请宋子文和救国会诸位领导人会见“七君子”,以促进救国会和国民党之间的联系，推动国民党政府转向抗战。
潘汉年还根据党中央的指示，通过各种渠道，全面了解掌握了被国民党关押在监狱里的共产党名单。
他还奉命同国民党当局谈判交涉，要求释放“政治犯”。经过多方面的努力，使许多长期被关押而幸存下来的中共党员干部获释，重新走上了革命作岗位。
许多党的干部出狱后，首先找到八路军驻沪办事处，经过办事处的审查，有的留在上海工作，大部分同志则被送往延安或去内陆领导革命斗争。
他还亲自前往南京监狱，看望了被国民党判处“无期徒刑”的潘梓年。1937年 5 月,经张冲的秘书潘面实作保,终于使潘梓年获释，后来担任《新华日报》社社长，为党的宣传事业作出了杰出贡献。
抗日战争时期，日本帝国主义不仅用枪弹，而且还惨无人道地用细菌残杀中国人民。
朱德总司令和彭德怀副总司令就日本侵略军施放毒菌，杀害我晋陕军民发表通电，呼吁全国、全世界人民抗议日军暴行，捐赠防毒防疫物资帮助晋陕军民。
周恩来、叶剑英、廖承志也以武汉办事处代表的名义，给《救国时报》社写信，要其动员华侨援助八路军。
全国人民和海外侨胞、国际友人纷纷响应，捐赠了大量钱物，其中包括医药、车辆、布匹、衣服、鞋袜等生活用品。
1937 年 10 月 28日，潘汉年以八路军驻沪代表的身份，致函杜月笙，说八路军“开入晋北,血战经月,以迭予日寇重创”,但因为“经费限制,防毒装备缺乏”,“渴望后方同胞捐助防毒面具”,“若得先生登高一呼,想各界不难踊跃输将”。
杜月笙旧照 图片来自网络
杜月笙原是上海法租界青帮的流氓头子，靠贩卖鸦片起家，抗战中，在全国人民热情的感召下，也颇为热心于抗日活动，并担任了上海市各界抗敌后援会筹募委员会主席。
他的名字，经常在报刊上出现，电台里也能听到他的慷慨陈词:
“目前国家已到了生死关头,我们要急急的共同起来救国家,也就是救我们自己。有力的出力,有钱的出钱……”
当时，杜月笙为了了解共产党和八路军的底细，亦决定自己今后的态度和对策，曾经通过救国会领袖之一的章乃器，与潘汉年有过接触，潘汉年委派当时在读书出版社工作的艾思奇，给杜月笙介绍情况。
所以，当杜月笙接到潘汉年的信后，第二天即在杜公馆召开抗敌后援会主席团会议，讨论了捐赠防毒面具一事。
会议通过决议，同意将一千具从荷兰进口的防毒面具捐赠给前方八路军将士使用，这些防毒面具价值约 1.5 万元，款项从抗敌后援会募集的北上慰劳金里支付。
会议结束后,主席团通知后援会属下的技术委员会和慰劳委员会共同承办此事，具体落实，同时复函潘汉年:
“兹由本会勉力购赠荷兰新到防毒面具一千只，请即枉驾慰劳委员会接洽运输手续，以便早日运达贵军前方将士备用。”
这些防毒面具，对武器装备非常落后的八路军部队来说，无疑是有很大帮助的。
“八一三”抗战期间，中国共产党组织的战地服务团分别到国民党军队陈诚总部及张发奎、罗卓英部进行抗战宣传服务活动，这是潘汉年根据周恩来的指示，团结国民党共同抗日的成功的行动。
组织战地服务团到国民党军队服务的想法，最初是陈诚向郭沫若提出的，之后，郭沫若请示潘汉年。
潘汉年根据周恩来庐山谈判中涉及的有关向国民党军队派服务团的精神，认为可以同意陈诚的要求，并且提出，我们可以组织一批爱国的革命青年到国民党部队去工作，这样不仅可以在战地群众中做宣传、组织、救护工作，而且可以在中下层军官和士兵中交些朋友，进行团结救亡的教育。
但是，潘汉年强调一点，即根据国共双方的约定，一方不在对方军队中发展党的组织，因此，这次上海组织的三支战地服务团切不能破坏这一约定。
服务团成立后，潘汉年又专门找负责人开会，重申这一纪律。
由于双方信守诺言，战地服务团工作进展顺利，并一直坚持到抗战胜利。
抗战爆发后，中共中央在洛川会议上通过了《关于目前形势与党的任务的决定》和《抗日救国十大纲领》，确立了全面抗战路线以及人民军队的战略任务和战略方针。
会议要求，共产党员及所领导的武装力量站在斗争的最前线，使自己成为团结全民族共同抗战的坚强核心，用极大的力量发展抗日群众运动，不放松一切机会去宣传群众、组织群众和武装群众，使千百万群众进人抗日民族统一战线。
潘汉年遵照中央的指示，带领办事处的全体同志，积极开展抗日宣传,支持群众组织开展抗日救亡活动，推动抗日救亡运动的发展。
上海文化界抗日救亡协会成立后，潘汉年向郭沫若和夏衍传达了周恩来的意见：因当时《新华日报》不可能很快出版，所以决定由上海文化界救亡协会出一张日报，这将是一张有国民党人参加的、统一战线性质的“文救”机关报，请郭沫若担任社长。
潘公展旧照 图片来自网络
为了争取合法的地位，8 月中旬，潘汉年、夏衍陪同郭沫若去找国民党上海市党部负责宣传工作的潘公展，双方进行了自第一次国内革命战争失败后，十年以来国共两党在上海的第一次对话。
过去一直对“文救”采取敌对态度，在“文救”组织的欢迎郭沫若归国的大会上，还指使一些流氓特务捣乱的潘公展，此时因形势的变化也被迫改变了态度。
他同意尽快发刊《救亡日报》,同意以郭沫若为社长，国共双方各出总编辑一人，夏衍为共产党方面的总编辑，暨南大学教授樊仲云为国民党方面的总编辑，双方各出 500 元作为开办费。
在“文救会”里，设立了一个“会报委员会”,由潘公展、潘汉年、胡愈之、叶灵凤、汪馥泉等 5人组成，作为《救亡日报》的领导机构。
经过潘汉年、郭沫若、夏衍等人的努力,《救亡日报》于 1937 年 8 月 24 日，在上海正式出版，并在抗战时期发挥了重要的作用。
在繁忙的工作之余，潘汉年于 1937 年 8 月至 11 月期间，撰写了 20多篇关于抗战问题的政论文章，分别发表在《抗战》《救亡日报》《抵抗》等报刊上。
不久，潘汉年将这些文章重新编辑，并增加了一些新的内容,以《全面抗战论》为名,交上海生活书店,作为“救亡文丛”之三于当年 12 月正式出版，收入该书的共有25 篇文章。
这本书出版后，很快销售一空，生活书店又再版发行。
1938 年 1 月，潘汉年与李富春、吴黎平合著的《抗战与民众运动》由上海生活书店出版;
同年 3 月，潘汉年与廖承志、恽逸群合著的《全民抗战论》由上海生活书店出版。
潘汉年在《全面抗战论》一书中，回顾了中国近代的历史，指出自辛亥革命以来，中日关系的历史，是一部血淋淋的国耻国难的纪录，同时，也是中国人民如火如荼抗日运动的雄伟悲壮的民族解放战斗的历史。
目前，抗战的性质是不同于“九一八”东北军的抗战，也不同于“一二八”上海十九路军的抗战，因为这些战争，都是以局部的抵抗就了结当时的战局，不仅在政治上没有完成抗战任务，即在军事上也没有结束战略上的任务。
如今的抗战，是全国人民不分党派，集中国力，在坚决拥护“抗战到底”的国策下，全面的展开“给打击者以打击”的抗战;
要以中华民族坚强的“抗战意识”和英勇的“抗战战意”,更加巩固的团结，动员组织全国的力量，以“牺牲到底”的决心，收复失地，驱逐日寇出中国，使侵略者在民族解放战争的面前“屈膝”,以争取中华民族解放的彻底胜利。
潘汉年还阐述了“全面抗战”的内涵意义，指出带有全国性质的军事行动，还不能称为“全面抗战”。
所谓“全面抗战”应该是指抗战的政治决心，必须动员全国人力(军队、人民)、财力、外交、文化(一切教育、娱乐、出版、及其他宣传机关),全中华民族各方面的力量,实行全民抗战。
潘汉年解释道:一般地说，现代战争不能依靠单纯的军事力量，必须从军事上组织上和政治上用全部力量来决胜负，特别是被压迫民族，它的武器决不可能备具的像侵略国的雄厚，所以更不能单纯依靠军事力量来进行反抗侵略者的战争，它只有尽量把自己的特点，即全民族的政治力量发挥起来，去补救军事上的缺陷。
战争的深厚伟力来源于人民群众之中，政治动员中最重要者，当以发动全国民众起来，拥护抗战到底为目前最迫切的任务。
潘汉年在《恢复北伐时代民众运动的前提》一文中指出，北伐时代，革命军行踪所及，民众蜂起拥护，欢迎、欢送、慰劳、救护、向导、担架、茶水、粮食……一切战时供应，应有尽有，此是我北伐军能迅速完成北伐胜利的原因，要通过发动群众，使得他们彻底了解抗战之目的，不仅求民族国家之生存与独立，且谋我全国民众生活之幸福与自由有彻底保障。
确立自主的为着抗战彻底胜利的外交路线，也是潘汉年在《全面抗战论》中论述的一个重点。
抵抗日寇侵略，收复失地，驱逐日本帝国主义一切势力出中国，保障我中华民族领土主权的完整，这是我们抗战的任务。
应当根据这个基本任务，来确立抗战时期的外交路线，在外交上应采取强硬的态度：立即对日绝交，撤回驻日大使，宣布过去一切中日条约无效，没收日帝国主义在华财产。
这是我们争取外援，孤立日本，保证抗战胜利的重要而又急不可缓的步骤。
上海“八一三”抗战，虽然中国驻军在张治中将军的领导下奋勇作战，谱写了许多可歌可泣的抗战业绩，但终因各种因素而渐呈失败之势，上海沦陷已经不可避免。
《救亡日报》旧照 图片来自网络
潘汉年根据周恩来的电示，要夏衍等人做好《救亡日报》的撤退工作，准备到广州去复刊。
1937 年 11 月 12 日，即上海沦陷前夕，张闻天、毛泽东致电博古、潘汉年和刘晓，对上海失守后救亡运动的方针问题作了布置。
电文指示:
甲、上海失去后，上海救亡运动必将更为困难，公开救亡团体应准备必要时转入秘密状态。党的秘密工作亦应有新的布置，严防敌人的突然袭击。
乙、上海失去后，救亡运动中心
将转移至武汉，因此，党的与非党的干部，亦应重新分配，一部分应去武汉，一部分去战区，部分环境较好的仍留下，工作方式应有必要的转变。
丙、汉年兄及省委所在地问题，待周、博来此后，再行决定，汉年兄应完全秘密起来。
根据中央指示精神,潘汉年和一部分同志将撤离上海，八路军驻沪办事处工作也将结束。
原“八办”负责人刘少文被决定留下来转入地下工作，潘汉年除把一些统战活动和一般性的人事关系移交刘少文外，又将自己直接联系的一些情报关系，也介绍给了刘少文。
全面抗战爆发后，上海救亡运动之所以轰轰烈烈，与宋庆龄为首的各界上层人士、社会活动家的冲锋陷阵是分不开的。上层人士的出面，对基层群众性救亡活动的开展无疑是极大的推动。
但是，宋庆龄等在上海救亡运动中的公开露面，必将引起日伪的极端仇视。
上海沦陷前后，考虑到这些上层人士的安全，根据中共中央的指示，潘汉年从 1937 年 10月，便开始考虑如何安排他们的撤退问题。
从确定撤离对象，到交通工具的选择；从撤退秩序，到安排人员陪送，事无巨细，潘汉年均亲自过问。
10 月下旬，当他接到毛泽东、周恩来关于为了宋庆龄的安危，请她撤离上海去香港的指示后，马上亲自把电报送给宋庆龄，由于宋庆龄尚有工作需要处理，一时无法离开。
上海沦陷后，潘汉年再次收到毛泽东、周恩来有关催促宋庆龄速离上海去香港的指示后，立即通过地下党员李云向宋庆龄作了转达。
12 月 23 日，宋庆龄在新西兰友人路易·艾黎和李云的陪同下，到达码头，乘德国邮船离开上海前去香港。
在救亡运动中发挥过重大作用的救国会领袖沈钧儒、邹韬奋，著名政治活动家郭沫若等均在上海沦陷后，由潘汉年安排撤离上海。
上海沦陷当天，潘汉年要夏衍到办事处去，这时，潘汉年、刘少文正和沙千里、胡子婴一起商量民主人士从上海撤退问题。
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