1941年10月上半月在北高加索军区部分领率机关基础上组建。截至1941年11月3日，编有步兵第31、第317、第343、第347、第353师，山地步兵第302师，骑兵第62、第64、第68、第70师，坦克第6旅，独立坦克第81营，装甲列车第7营，顿河区舰队，航空兵、炮兵、工程兵等兵团和部队。最初番号为独立第56集团军，当时受命在顿河畔罗斯托夫北和西北设防，保卫该城。11月7日—21日，集团军各兵团进行了异常艰苦的防御战斗，德军付出高昂代价一度攻下顿河畔罗斯托夫，迫使集团军兵团和部队撤至顿河左岸。11月23日起，编入高加索方面军。罗斯托夫进攻战役中，集团军协同南方面军的第9集团军收复顿河畔罗斯托夫城(11月29日)。11月末，第56集团军转隶南方面军，并在其编成内继续进攻。12月中旬前，集团军进至塔甘罗格城以北米乌斯河，在此转入防御。
1942年3月，集团军兵团和部队恢复进攻，月底进抵塔甘罗格接近地。4—7月上半月，在亚西诺夫斯基、塔甘罗格湾、塔甘罗格以东地区实施防御战斗。在德军优势兵力突击下被迫撤退，并于7月21日占领罗斯托夫筑垒地域，就地设防。第56集团军以4个步兵师(以往战斗中均遭重大损失)，4个步兵旅和筑垒地域2个机炮营，担负正面为100公里的防御任务。德军用2个集团军兵力，其中有1个坦克集团军，向第56集团军发起进攻。德军挫败第56集团军的顽强抵抗，迫使其兵团和部队退回顿河左岸，并再度攻占顿河畔罗斯托夫(5月24日)。7月末，集团军编入北高加索方面军(9月1日起为外高加索方面军黑海军队集群)，并在其编成内参加克拉斯诺达尔城下和图阿普谢方向防御交战。集团军兵团和部队在克拉斯诺达尔接近地帕什科夫斯基渡口地域进行了异常激烈的战斗，伊尔库茨克步兵第30师官兵在此英勇作战。该师久负盛名，虽处半合围状态和弹药不足，仍然击退了德军的多次冲击，直到8月12日才奉命撤离克拉斯诺达尔(参见伊尔库茨克—平斯克步兵师)。8月17日，第56集团军撤至别济米扬纳亚、克列波斯特纳亚、杰尔宾茨卡亚(新罗西斯克以东50公里)地区，在此坚守直至转入进攻。
1943年1月，苏军从德军占领下收复北高加索进程中(参见高加索战役)，集团军在高加索方面军黑海军队集群主要突击方向实施进攻。1月24日前，集团军前出到克拉斯诺达尔接近地，遭德军顽抗，暂时转入防御。2月6日起，第56集团军同黑海军队集群其他兵团在北高加索方面军编成内并肩作战。在克拉斯诺达尔战役(1943)中，集团军兵团和部队在库班河以南向克雷姆斯卡亚镇方向实施进攻。集团军所属兵团和部队挫败德军激烈抵抗后，3月11日进抵德军预有准备的防御地区(称“蔚兰色防线”)。集团军于1943年春突破这一防线的企图未能实现。经整训之后，于9—10月参加新罗西斯克—塔曼战役(1943)。此次战役中，集团军兵团和部队经顽强战斗，突破德军“蔚兰色防线”，连续攻占5道坚固设防的中间防御地区，并于10月9日协同北高加索方面军其他兵团彻底收复塔曼半岛。11月，集团军参加刻赤—埃利季根登陆战役(1943)。战役中，其第1登陆梯队由亚速海区舰队负责输送，于11月2日夜间在刻赤半岛东岸登陆。尔后，第56集团军在其他梯队登陆后，成功地实施夺取登陆场的进攻战斗，攻占阿吉姆乌什凯，并于11月11日日终前进至布尔加纳克和刻赤市东北郊区。集团军遭到德军预备队依托既设阵地的顽强抵抗，几次发展进攻的企图均未实现，就地转入防御。
1943年11月，在第56集团军基础上组建独立滨海集团军。
卫国战争期间，集团军有数千名官兵表现英勇顽强，发挥了英雄主义精神和高超的军人技能，获得勋章和奖章，战功最为卓著者荣膺苏联英雄称号，许多兵团和部队荣获各种勋章和荣誉称号。
历任司令：
1941年10—12月为列梅佐夫中将，
1941年12月—1942年7月为齐加诺夫少将，
1942年7月—1943年1月为雷若夫少将，
1943年1—10月为格列奇科少将(1943年4月28日晋升为中将)，
1943年10—11月为梅利尼克中将。
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