京畿卫戍总司令部的前身是京畿警备总司令部。1917年8月，北京政府因参加欧战，于8月17日特派段芝贵为京畿警备总司令，设立京畿警备总司令部，做为京师警备机关。1918年11月，欧战结束，次年9月3日，裁撤京畿警备总司令部。9月26日，改设京畿卫戍总司令部，负责京师治安事宜。同年11月19日公布了《京师卫戍总司令部组织令》，规定京畿卫戍总司令部直隶于大总统，是拱护都城的机关，负责京畿地方的警卫，灾害的救防，公府及官署的保护，陆军诸建筑物的防护，以及其他有关京畿警卫事宜。遇有紧急重要情况时，该总司令部有权指挥负有地方治安责任的军警长官。
总司令部设总司令、参谋长各1人，下设参谋、秘书、副官、执法、军需、军医6处。
1920年6月，该司令部增设参谋6人，副官6人，法官2人，秘书3人，处员7人，书记官5人，监印员1人，咨议13人。同时，将执法处改称军法处。
1920年7月，步军统领王怀庆兼任京畿卫戍总司令。8月1日，王从步军统领衙门调升部分人员到总司令部任职，各处编制扩大。情况如下：
参谋处：设处长1人，由参谋长兼，参谋6人，书记官2人，收发兼核对员1人。
秘书处：设秘书长1人，秘书3人，监印官、电报管理员、译电员各1人。
副官处：设副官长1人，副官6人，书记官1人。
军需处：设处长1人，处员7人，书记官1人。
军法处：设处长1人，法官3人，书记官5人。
军医处：设处长1人。
此外，还设咨议官21人，差遣12人。
1923年2月，增设参事6人，翻译兼交涉员1人，稽查员1人，处员由7人增到142。
1924年10月，发生第二次直奉战争，冯玉祥发动“北京政变”，推翻曹锟统治。11月3日，京畿卫戍总司令部裁撤。
1926年张作霖与吴佩孚合作，进攻冯玉祥，4月7日任命王怀庆为京畿卫戍总司令，恢复京畿卫戍总司令部。总司令部设总司令1人，参谋长1人，部内置参谋、军务、副官、军需、执法、秘书6人。
其编制如下：
参谋处：设处长1人，下置3科，设主任参谋3人、参谋11人，秘书兼书记官1人，办事员8人，录事长1人。
军务处：设处长1人，下置3科，设科长3人、科员13人、书记官1人，办事员6人、录事长1人。
副官处：设副官长1人、高级副官3人、副官20人、书记官1人、办事员2人。处内置交际、庶务2科，设科长2人、科员2人、办事员5人、承启官2人。
军需处：设处长1人、秘书1人、科长3人、科员11人、办事员7人。
执法处：设处长1人，处内置2科，设科长2人、执法官15人、书记官2人、办事员_12人、管狱员1人、看守长1人、医官1人、录事长1人。
秘书处：设秘书长1人、秘书14人、洋文秘书1人。下设3科，设科长3人、科员6人、监印员1人、校对员2人、管卷员1人、收发员1人、译电员2人、办事员4人。
1926年下半年张、吴合作失败，王怀庆辞京畿卫戍总司令，由奉系于珍继任。此时，京畿卫戍总司令部内部机构增多，由6处增为1厅7处，人员编制增加1倍，由184人增为367人，而且员司均有将校不同的军衔。其编制如下：
参议厅：设参议5人，参事5人，咨议8人．
参谋处：设处长1人、科长3人、参谋14人、办事员2人、书记官1人、录事长1人、录事5人。
秘书处：设处长1人、秘书5人、电务主任1人、办事员16人、电务员3人、录事长1人、录事11人。
军务处；设处长1人、科长3人、科员18人、办事员10人、录事长1人、录事12人。
军需处：设处长1人、科长3人、科员14人、办事员12人、录事长1人、录事16人。
副官处：设处长1人、科长3人、副官77人、录事11人、遣差21人。
执法处：设处长1人、科长2人、执法官13人、书记官6人、办事员6人、管狱员1人、看守长1人、录事长1人、录事14人。
医务处：设处长1人、科长2人、军医正6人、兽医正2人、司药正2人、兽医2人、办事员3人、录事长1人、录事6人。
1927年7月7日京畿卫戍总司令部撤销，治安事项由内务部接管。
京畿卫戊总司令部附属机关有：侦探调查队、京师一带稽查处、四郊游缉队，第1、2大队、卫队混成团、城守队、侦探队、京师军警督察处、京师四郊军警督察处、京师城郊官产处、卫戍医院、军械库、粮秣局等。
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