为什么要研究模式动物？

在研究中使用模式动物的主要原因是进化原理，即所有生物由于共同的祖先而具有一定程度的关联性和遗传相似性。因此，对人类亲缘分类的研究可以提供大量关于人体内机制和疾病的信息，这些信息在医学上是有用的。

利用比较蛋白质组学、遗传学、基因组学以及地球化学和化石记录构建了脊椎动物的各种系统发育树。 这些资料告诉我们，人类和黑猩猩最后一次共享一个共同的祖先是在大约600万年前(mya)。作为我们最亲密的亲戚，黑猩猩有很大的可能告诉我们疾病的机制(以及什么基因可能是人类智力的原因)。然而，黑猩猩很少被用于研究，并且受到高度侵入性程序的保护。最常见的动物模型是啮齿动物。进化树估计人类和啮齿动物最后共享一个共同的祖先约80-100万年前。 。尽管时间远久，人类和啮齿动物的相似之处远多于不同之处。这是由于大部分基因组的相对稳定性，使得脊椎动物的使用特别行之有效。

基因组数据用来进行物种间的相似性比较和确定亲缘关系。作为人类，我们99%的基因组与黑猩猩(98.7%与倭黑猩猩共享)，90%以上与老鼠共享。由于物种间有如此多的保守基因组，人类和小鼠之间的差异可以在大约6000个基因(总共约30000个)中得到解释，这一点对进一步的研究来说尤其重要。科学家们已经能够利用这些相似性来组建人类疾病的实验和预测模型。