1) 核纤层蛋白
核纤层蛋白是核纤层蛋白的结构成分，它们支持核膜，并在细胞周期中参与核膜的分解和重新形成。在动物细胞中，三个基因编码至少七个Lamin。 LMNA基因通过交替剪接编码A和C型薄层蛋白，而LMNB1和LMNB2基因编码薄层蛋白B1和B2。每个细胞中都存在B型Lamin。胃泌乳后表达A型Lamin，而C型Lamin的表达是组织特异性的。Lamins上发生了法尼基化和磷酸化等翻译后修饰，进而调节了核纤层的组装和层粘连蛋白的活性。在Lamin中，Lamin B1最常用作加载控件。Lamin B1在整个物种中都是保守的。人Lamin B1与啮齿动物同源物具有95%的同一性，与果蝇对应物具有36%的同一性。人Lamin B1与其他人Lamin的同一性超过50%。
Lamin B1蛋白不适合作为没有核膜包被的蛋白样品的上样对照。
2) TATA盒结合蛋白
TATA盒结合蛋白TBP是一种通用转录因子，在通过RNA聚合酶II进行基因转录之前，它与TATA盒DNA序列特异性结合。TATA盒存在于10-20%的人类基因启动子中。TBP是高度保守的。人TBP与啮齿动物同源物具有约90%的同一性，而与真菌同源物具有超过60-70%的同一性。TBP的N端含有一串长的谷氨酰胺(TBP mRNA分子中的CAG重复序列)，可调节C端的DNA结合活性。在健康个体中，TBP中N末端谷氨酰胺的数量有所不同(在25到42个重复之间)，在某些病理条件下会扩展到47-63个重复。
3) 热休克蛋白
热休克蛋白(HSP)，也称为热休克认知(HSC)，是一组在某些压力下，特别是在高温下上调的蛋白。这些蛋白质具有广泛的功能，包括提供针对此类应激源的保护和陪伴细胞周围的蛋白质。某些HSP(例如HSC70和HSP90)有时用作Western印迹上样对照。
尽管某些HSP可能是组成型表达的，因此可以在某些蛋白印迹分析中用作可靠的上样对照蛋白，但切记治疗条件可能会改变某些HSP的表达，这一点至关重要。
4) 增殖细胞核抗原
增殖细胞核抗原(PCNA)与真核生物DNA复制有关。它是DNA聚合酶δ的辅因子，在细胞周期的DNA合成阶段(S阶段)期间在细胞核中表达。 PCNA在黑猩猩，狗，牛，牛，小鼠，大鼠，鸡，斑马鱼，果蝇，蚊子，粟酒裂殖酵母，酿酒酵母，乳酸克鲁维酵母，戈斯皮氏菌，格里西霉中高度保守。但是，由于PCNA的功能是在DNA复制中，因此对于非增殖细胞或经过抗增殖处理的细胞，作为上样对照蛋白不太合适。
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