研究lncRNA的经典策略有哪些？

1. 筛选lncRNA

通过lncRNA芯片或RNA测序等方法对样本进行高通量筛选。

2. 表达分析

筛到表达差异最显著的lncRNA，通过qPCR或RNA原位杂交对候选lncRNA验证，检测lncRNA在不同细胞或者组织中的表达水平和定位。

3. 功能研究

研究基因功能的常规策略是用功能获得/缺失实验进行表型分析，通过细胞和动物实验进行验证。

4. 机制研究

lncRNA可与蛋白质、DNA和RNA相互作用，实现多样化功能。因此，可通过与其互作的分子探讨其功能与作用机制：

A. 与蛋白质相互作用：鉴定lncRNA的蛋白质伴侣可为其功能机制和途径提供线索。例如RNA免疫沉淀（RIP）技术与高通量测序结合使用，以鉴定与lncRNA相互作用的全部宿主蛋白质因子，尽管需要通过机理研究进一步验证。

B. 与DNA/RNA相互作用：已有多种技术被用来鉴定lncRNA靶向的基因组位点。基于染色质免疫沉淀（ChIP）和RIP的原理，染色质RNA免疫沉淀（ChRIP）可用于鉴定与特殊染色体标签相互作用的RNA。另一方面，可通过ChOP、ChIRP、CHART等技术使用标记的互补寡核苷酸来鉴定与目标RNA相互作用的DNA位点。

C. 结构特征：lncRNA可以形成特定的二级（碱基配对）和三级（三维）结构来执行其功能。可采用RNase footprinting，Chemical Mapping，in-line Probing和SHAPE (selective 2’-hydroxyl acylation analyzed by primer extension)等技术研究其功能域。

图3. 研究lncRNA作用机制的方法