免疫磁珠细胞分选是基于细胞表面抗原能与连接有磁珠的特异性抗体结合的特性，在外加磁场中，通过抗体与磁珠相连的细胞被吸附而滞留在磁场中，而无该种表面抗原的细胞由于不能与连接着磁珠的特异性抗体结合不具磁性，从而不在磁场中停留达到细胞分离的目的。
磁珠细胞分选所需设备简单，对技术人员要求不高，分选所得细胞灵敏度高、纯度好且细胞活性和复苏率较好，对于下游应用影响较小，应用前景较广。
免疫磁珠细胞分选依据可以分为两类。一类是根据所标记细胞的不同分为阳性分选和阴性分选；另一类是根据分选方法不同分为直接分选法和间接分选法。
（1）依据标记细胞的不同分类
· 阳性分选：将目的细胞相对应的特异性抗体与磁珠相连后加入混合细胞悬液进行孵育。在抗原抗体发生特异性结合后，以磁分离的方式将目的细胞分离出来
· 阴性分选：从多细胞悬液中分离去除非目的细胞最后得到目的细胞。但在靶细胞的细胞数所占比例比较小时，分选过程中存在的非特异性吸附会直接导致目的细胞的损失。
· 复合分选：是联合两种以上的分选策略进行分选，例如先阴性分选去除非目的细胞，再阳性分选分离目的细胞等。此种方法主要用于细胞亚群的分选或是分离得到高纯度的稀有细胞。
（2）根据不同分选方法分类
· 直接分选法：将抗体或亲和配体直接包被在磁性颗粒上，形成免疫磁性复合颗粒。将其与多细胞悬液混合孵育之后，目的细胞会特异性的结合在免疫磁珠上，在外加磁场的作用下，带有磁珠的目的细胞滞留在磁场中，而非目的细胞则会被去除。
· 间接分选法：目的细胞首先与对应的一抗孵育，激活细胞之后清洗去除未结合的一抗，后再加入预先包被有二抗的磁性颗粒与活化后的细胞进行孵育，一抗与二抗之间的相互作用使得磁粒结合在目的细胞上，同样在磁场作用下滞留目的细胞达到分选目的。
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