1，模板的用量
模板的用量往往取决于模板类型和反应体系。以50 μl反应体系为例，人基因组DNA，建议起始量为0.1-1.0 μg；大肠杆菌基因组DNA，10-100 ng；λDNA，0.5-5 ng；质粒或病毒DNA，0.1-10 ng。浓度过高会导致非特异性扩增，过低会导致产物量下降。正常情况下，适当提高模板浓度，减少循环次数，可提高PCR扩增的保真度。
2，模板完整性
模板的完整性主要是通过核酸电泳来判断，电泳结果若在23 kb左右有一条完整条带，则证明DNA完整性比较好。电泳结果中若出现弥散或无明显条带，则DNA可能发生降解。
3，模板的纯度
模板的纯度一般通过分光光度计测定，通常OD260/OD280比值在1.8～2.0认为DNA的纯度比较好，大于2.0可能存在RNA污染，小于1.8可能存在蛋白质污染。另外，模板中如果有蛋白酶、核酸酶、DNA聚合酶抑制剂、DNA结合蛋白等的污染，会大大降低扩增效率。
引物
1，引物设计
在PCR扩增时，引物是决定扩增特异性与产量的最重要因素之一，所以引物序列的设计尤为重要。通常可借助引物设计软件辅助引物设计，比如NCBI网站的Primer BLAST在线工具、Primer 5在线工具、Primer Premier引物设计软件、Oligo 引物设计软件等。另外，小编也整理了一份引物设计原则供小伙伴们参考：
2，引物使用建议
终浓度要求在0.1-1 μM，通常使用0.2 μM。对于简并引物、随机引物，可适当增加引物使用量，切记用量不要过高，否则会降低PCR的特异性。若模板量多且结构复杂（如人基因组DNA）时，适量减少引物用量提高特异性；反之，模板量少（如质粒模板）时，适当增加引物用量，提高PCR产量。
PCR 试剂
PCR反应除了模板和引物外，还需要准备DNA聚合酶、dNTPs、镁离子、反应缓冲液和稳定剂等组份按照一定配比组成的试剂作为反应环境。为了实验的方便性，商业化PCR试剂大多做成2x即用型PCR Mix，大大节约了加样时间、最大限度地减少了人为误差、降低污染几率。市面上存的的PCR种类也比较多，需要根据实验的目的不同选择适合的PCR Mix，小编根据实验经验总结了以下建议，供参考：
a，菌液或质粒等PCR验证实验建议首选常规PCR mix；
b，多重PCR、高特异性PCR或高通量实验时建议首选热启动PCR mix；
c，长片段扩增（≥10kb）时首选长片段PCR mix；
d，在分子克隆、测序和定点突变、SNP等保真度需求高的实验时首选高保真或超保真PCR mix；
e，复杂模板或高GC含量的模板扩增时首选高GC或超保真 PCR mix。
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