CKO 小鼠为什么基因还没被敲除？

师妹：师兄，我的 Cre 到底有没有起作用啊？为什么基因还在表达？

师兄：先别急，再做一次基因型鉴定试试。确定是 Flox 纯合子同时 Cre 阳性吗？

师妹：我已经 P 了 3 次了，错不了。

师兄：那你是怎么鉴定你要敲除的基因还在表达呢？

师妹：mRNA 水平都没有变化…

师兄：RealtimePCR 引物设计在哪？我记得你敲除的是基因的 exon6 吧，如果你的一对引物都设计在 exon6 之前，那么 exon1-5 还是有可能被转录出来，表达量上就可能看不出差异了。

师妹：哦，我明白了，那我重新设计引物试试。一条引物放在被敲除的 exon6 上。

师兄：如果真的没敲掉，说明你的 Cre 小鼠重组效率可能不容乐观啊。你也许要考虑找个全身性敲除的小鼠来交配一下，用 KO/Flox 杂合子同时 Cre 阳性的小鼠作为敲除组，这样 Cre 只需要在一个等位基因上起作用就可以了，敲除效率可能会提高一些。

另外，其实不同基因的 flox 有的容易被 Cre 重组，有的则比较困难。这可能是由于染色体的状态导致 Cre 酶比较难接近 loxp 位点的关系。