简单的逆转录病毒（γ-逆转录病毒，鼠白血病病毒）
简单和复杂的逆转录病毒都含有两份线性、不分节段的、长7-12 kb的单链RNA，编码gag, pol和env基因。Gag编码一种多聚蛋白，翻译自一条无拼接的mRNA，mRNA然后被病毒蛋白酶（PR）切割成MA、CA和NC蛋白。Env基因也编码一种多聚蛋白前体，前体被细胞内的蛋白酶切割成表面包膜糖蛋白（SU）gp120和跨膜（TM）糖蛋白gp41。其中，gp120与细胞表面受体和辅助受体相互作用，gp41在病毒膜上与gp120形成gp120／gp41复合体，在病毒进入宿主细胞时催化膜融合。由于Gag mRNA翻译时发生核糖体移码，Pol表达的是Gag-Pol多聚蛋白，编码RT、PR和IN三种酶。这三种蛋白附着在病毒粒子的基因组上。RT蛋白拥有如下三种活性：（a） RNA依赖的DNA聚合酶活性，负责将两条RNA转录成一个cDNA；（b） 核糖核酸酶H活性；（c） DNA依赖的DNA聚合酶活性。PR用于切割Gag和Gag-Pol多聚蛋白，导致病毒粒子的成熟和产生具感染能力的病毒粒子。IN负责将病毒的cDNA整合至宿主细胞基因组中。一旦整合完毕，病毒基因组便与宿主细胞染色体相连，称为前病毒 [1, 5, 6] 。
复杂的逆转录病毒基因组区别于简单的逆转录病毒基因组的地方主要在于前者存在一套附属基因，其产物涉及到转录调控、RNA转运、基因表达与装配。其中包括Rev和Tat蛋白以及Vpu、Vif、Vpr和Nef这些附属蛋白。Rev是一种RNA结合蛋白，保证晚期基因的表达。它还对未拼接的和单股拼接的mRNA的转运来讲非常重要，它编码从核到细胞质的病毒结构蛋白。Tat是一种RNA结合蛋白，起到增强转录的作用。Nef蛋白抑制T细胞激活。Vpu能增强病毒进入过程中从细胞表面到细胞质中的释放 [5] 。Vif蛋白是慢病毒复制所必须的，因为它能下调宿主的抗病毒反应 [5, 7] 。
整合后的前病毒基因组（图2）在5'和3'端分别有长末端重复序列（LTR），LTR分别由以下三部分构成：（a） U3区域，它作为启动子含有转录增强元件和一个TATA盒；（b） R区域，转录起始部位；（c） U5区域，涉及反转录，带有一个tRNA引物结合位点。前病毒中的其他重要序列元件包括包装信号（ψ, psi）和多嘌呤管道（ppt），后者是逆转录过程中正链DNA起始合成的位点 [5, 6] 。
图 2. 复杂逆转录病毒基因组的结构。逆转录病毒的单链RNA呈线性，不分节段，长7-12 kb，编码gag、pol和env基因。Gag基因编码一种多聚蛋白，翻译自一条无拼接的mRNA，mRNA然后被病毒蛋白酶（PR）切割成MA、CA和NC蛋白。Env基因也编码一种多聚蛋白前体，前体被切割成表面包膜糖蛋白（SU）gp120和跨膜（TM）糖蛋白gp41。Pol基因表达为Gag-Pol多聚蛋白，编码RT、PR和IN酶。这三种蛋白附着在病毒粒子中的病毒基因上。不像简单的逆转录病毒，复杂的逆转录病毒编码一系列附属蛋白包括Vpu、Vif、Vpr和Nef。整合后的前病毒基因组有5'和3'两个长末端重复序列（LTR），LTR包括U3、R和U5区域。最后，psi （ψ）序列作为RNA基因组的包装信号。
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