果实采摘以后，在贮存期仍在进行复杂的生理活动，其中最重要的是呼吸作用，其作用的大小用呼吸强度表示。呼吸强度过大或过小都会加速果实的营养消耗，缩短贮藏期。影响呼吸强度的因素主要有温度、湿度、空气成分（氧、二氧化碳）、机械伤和病虫害。
在一定的温度、湿度、空气成分相搭配的环境里，果实的呼吸消耗最小，品质最好，贮藏期最长；机械伤和病虫害使果实的呼吸强度增大，贮藏期缩短。所以如何有效地抑制或调节果实在采收后的生理代谢活动，是控制果实品质的最佳措施。
苹果品种不同，成熟期不同，对环境的适应性略有不同，苹果最佳贮藏指标为，温度：0±0.5℃，气体：氧：2%～3%，二氧化碳：2%～3%，湿度：85%～90%，乙烯<1毫升/升，冰点：-1～-1.5℃，冷害温度：-0.5～-1℃，贮藏期：6～7个月。
沟藏是较经济简便的贮藏方式，一般选地势平坦、土质坚实；背风向阳，比较干燥，地下水位低和运输管理方便的地方，挖深80～100厘米，宽100～150厘米的地沟，长度随贮藏量的多少而变，南北方向为好，经一段时间的预冷降低沟内温度，在沟底铺洁净细沙10厘米或垫上厚1～2厘米的树叶或草，在沟上方搭起“人”字屋架，覆盖草包、席、秸秆等，两端敞开。
欲贮藏的苹果适当晚采，严格挑选，剔除病虫次果，采后堆放阴凉干燥处进行冷却预贮，待气温显著降低至露地严寒时入沟，一般月平均气温在5～10℃时比较适宜。
入沟时先从沟的一端开始，分段一层一层地摆果，摆果高度在60～70厘米，每段5～6米，上面覆盖聚氯乙烯薄膜，再加覆盖物，其覆盖时间和厚度根据天气情况灵活掌握，一般随气温下降分3～4次覆盖为宜。天气晴暖时，南端白天堵掩防热，晚间敞开以降低沟温，待天气转冷，夜间温度至零下时，北端关闭。一般从11月到翌年的2月下旬地温回升时，必须出沟，且仅限于晚熟品种。
窖洞贮藏是我国西北黄土高原地区的一种独特的贮藏方式, 利用窖洞稳定的土温, 而且又能引进外界冷空气降温, 挖窖洞成本低，只需投工不需投资，又便于产品的检查和进出。
根据地形地势和土质结构在崖边、陡坡选择窖门向北处挖洞，窖门设两道门，第1道窖门为木门；第2道窖门为木栅栏门，门洞较窄，以利通风防热，两道门之间的距离为3～4米，构成一缓冲带，贮藏室宽度和高度一般在2.5～3.5米，长40米左右为宜，根据贮藏量可挖成双窖型，或“非”字型，地面前端略低于后端，在窖洞底部两侧距窖壁各挖一条宽25厘米、深40厘米的通风槽，上盖砖头，由外向里逐渐增大砖头缝隙来通风降温，窖底铺一层细沙，排气孔在窖洞最后部，上方直径0.8米，下方直径1.0米与窗身连接，在窖尾向上挖通气井。
贮藏的苹果既可筐装、箱装堆码、也可散装，入室前预冷，以早晨入窖为好，通过打开窖门和通气井利用夜间低温和寒流来控温。采用地面洒水、放置瓦缸、瓦罐来调节湿度，其贮藏期稍长于沟藏。
根据其贮藏的原理主要分为3类，即通风库、冷库和气调库。
是一种用通风换气的方法，将库温稳定在果实适宜贮藏的范围，是目前苹果的主要贮藏方法。库墙、库顶采用隔热材料制造，库顶或墙壁设风机排气孔，在库的下端设进气孔，在春秋两季可以更好地利用昼夜气温变化的差异来控制库内低温，从而保持果实的质量。其调温性能好，一次性投资大，可长期受益。果品贮藏前用硫磺（10克/立方米）熏蒸密封2天，或1%福尔马林（30克/立方米）喷雾消毒。贮藏果实可装箱、装筐码垛也可散存贮藏。根据库内外温度的差异，灵活掌握通风时间和通风量，以调节库内的温湿度和气体状况。
以机械制冷创造适宜的低温环境（0～1℃左右）抑制果实的新陈代谢作用和微生物的活动，达到提高贮藏效果。对贮藏的果实首先预冷，每次入库量为库容的10%左右，温度控制应恒定，不能忽高忽低。通过地面或墙壁挂草帘、麻袋片洒水控制湿度在90%左右。在气温较低的清晨进行通风换气，苹果出库时应使果温逐渐上升到室温。因冷库造价高，应全年充分利用库位，以便获得较好的经济效益。
是人为地改变贮藏环境中氧和二氧化碳等气体成分，适当降低氧浓度和增大二氧化碳浓度的一种贮藏方法，进而达到保鲜的目的。果实入贮前，用700～800倍50%甲基托布津液和100～250毫克/千克2, 4-D进行果面消毒并预冷，在帐底排放用高锰酸钾处理的砖块，其间撒消石灰粉，水果装箱或装筐在砖块上码成通气的花垛。水果入库密封库门，开动制氮机时使氧快速下降，二氧化碳逐渐增加，根据需要调整二氧化碳的含量，其贮藏期长、效果好，同时可降低苹果病害的发生。
是将苹果放在密封条件下，用抽气装置减少苹果周围的空气压，达到正常气压的1/10，降压也有降氧的作用，起到类似气调库的作用，同时减压处理能促进组织中乙烯和其它多种挥发性代谢物质，如乙醛、乙醇、2-法呢烯及二氧化碳等向外扩散，因而延缓或抑制果蔬的后熟和衰老过程，以防止由这些物质引起的生理病害。通过定期抽气或连续抽气维持一定的真空度，同时，新鲜空气不断地通过压力调节器，再经加湿器使空气的相对湿度接近饱和后加进贮藏库中，其贮藏期较长，但经减压贮藏后风味和香气较差。
保鲜剂在贮藏过程中一般只作为辅助措施，必须和其它贮藏方式（冷库、气调等）结合起来使用，才能起到较好的贮藏效果。贮藏保鲜的原理是通过浸泡、喷洒、包裹、涂抹等措施，使苹果表面形成一层液态膜，起到杀死表面微生物，抑制果品呼吸延缓衰老，调节果皮酸碱度，抑制病菌活动，减少某些生理病害的发生，防止水分蒸发和细菌交叉感染，起保护作用。目前采用的保鲜剂贮藏有四类：
苹果采收后，预贮包装前，用3%～6%氯化钙、5%碳酸钙溶液浸果10～20秒；2000～4000毫克/千克虎皮灵药液浸果5分钟；25℃乙氧基喹0.25～0.35%水溶液浸果1分钟；25%保果灵药液250倍浸泡0.5～1分钟。不管采用哪种化学防腐剂，在使用的时候，必须严格按照规定的浓度处理，以防对人体产生毒害。
一般在果品入库前采用硫磺10克/立方米加锯木屑点燃，或1%福尔马林3千克/立方米的溶液喷雾密闭熏蒸24小时，对果品库消毒处理。用二溴四氯烷直接对果品进行熏蒸，用量为每50千克苹果用20克二溴四氯烷密闭熏蒸，再用包裹纸单独包裹，其贮藏效果好，尤其对抗病力弱的苹果应用较好。
是在造纸过程中加入防腐剂，或在纸上涂布防腐剂、杀菌剂制成。其利用纸张纤维间药物的作用和一定程度上隔离果与果的接触保鲜苹果。常用的保鲜纸有：上海产的ps-1型保鲜纸，山东产的AF-2型保鲜纸，GB-3型果宝牌苹果保鲜纸。经前处理的苹果用保鲜纸从果萼处覆盖包裹，至果梗处收缩，然后装箱或装筐贮藏。
在溶蜡里面适当加入防腐保鲜剂，不但保持果实的品质，还增加果面光亮度，提高果品的市场竞争力。涂布用材料的虫胶涂料有，中国果蜡、京2B膜剂等。如虫胶涂料在使用时加温水稀释（1份虫胶2份水），搅拌均匀，用手工或机械涂布，必须随配随用，稀释后不宜久存，被涂布的苹果装箱或装筐贮藏。
