UltraHLE初版就模拟了刚刚发售的《时之笛》
1999年1月，当任天堂为年末商战的成功和N64的复苏欢欣鼓舞时，却遭遇当头一棒。N64的PC模拟器UltraHLE开始在网络上流传，可以流畅运行《超级马里奥64》和《时之笛》等大作。此时距离N64在日本首发仅有两年半，按照常理，对于这样一款复杂的3D主机，2年半就出现PC可以流畅运行的模拟器，几乎是不可能的，然而UltraHLE采用独特手段，化不可能为可能。
过去的模拟器追求对主机底层相对精确的模拟，兼容性好，支持游戏多，对PC配置要求也较高。UltraHLE则采用高级模拟路线，因为N64游戏使用C语言进行编程，模拟器作者选择截取C语言库而非机器语言指令，将自创代码植入到库中，这样就可以用较低的配置流畅模拟游戏，代价则是兼容性不佳。UltraHLE公布时仅支持20款游戏，但这20款已经囊括了N64当时最热门的作品，再加上PC模拟器支持高分辨率，对N64造成严重威胁。任天堂用法律手段关闭了UltraHLE的官网，最初的作者也宣布隐退，至于已经发布的模拟器，就覆水难收了。
《任天堂明星大乱斗》
HAL研究所开发的《任天堂明星大乱斗》是N64的又一款四人对战大作，囊括任天堂众多名角和名场面，操作简单易懂，隐藏要素众多，单人模式也不乏乐趣。《大金刚64》沿用了《班卓熊大冒险》侧重收集的思路，缺乏突破，不过内容依然充实，销量可观。任天堂还进一步拉拢欧美第三方，UBI的招牌大作《雷曼2》主机版由N64限时独占4个月，EA还推出了N64专用版《命令与征服》，虽然比其他主机晚了三年，而且删掉了过场视频，但画面从2D变为3D，颇具诚意。
《Winback》
日本第三方的阵容在1999年也有了起色，《皇家骑士团64》《机战64》《牧场物语64》接连发售。光荣的《Winback》是日本最早的TPS名作之一，激光瞄准器、掩体射击等元素在日后成为同类作品的常客。任天堂委托《光明力量》和《大众高尔夫》的开发商Camelot制作《马里奥高尔夫64》，大受好评，第二年又推出了《马里奥网球64》。Noise的《组合机器人》以自定义机器人对战为卖点，销量平平，但玩家黏性高，依然推出了多款续作。
《生化危机2》
《生化危机2》可能是N64最令人吃惊的游戏，CAPCOM使用64MB卡带，达到N64的容量上限。PS版的双碟装并无必要，两张盘的数据基本相同，通过对CG进行降低质量的有损压缩，再加上N64声卡支持MP3格式，650MB的光盘数据终于被压缩进64MB的卡带中。为了吸引玩过PS版的用户故地重游，N64版加入了大量新元素，包括比开坦克更灵活的摇杆操作（类似后来的《鬼泣》）和随机道具摆放模式，让N64版成为最特别的版本。
初代Xbox
1999年秋，微软为了Xbox业务，私下联系荒川实，提出250亿美元收购任天堂的提案，荒川迅速将情况通报山内溥，两家公司展开谈判。山内觉得只要任天堂稳坐掌机霸主之位，就可以和对手持续周旋。荒川则倾向于出售全部业务，理由是任天堂的财力无法和微软相提并论，在高位变现撤离才是明智举措。山内希望出售主机事业，保留掌机，遭到微软拒绝，谈判因此破裂。荒川掌管的北美分社在N64时代的业绩占任天堂的70%，但这一成绩建立在巨额广告费的基础上，荒川秉着商人思路，认为财力决定一切，这种思维被山内斥为投降主义。
在外人看来，不论是业绩还是亲属关系，荒川都是任天堂下一任社长的最佳人选，山内却因微软收购案对荒川大感失望，他有意培养HAL研究所社长岩田聪作为接班人。岩田曾是一流程序员，了解游戏制作领域，在HAL濒临破产时领导开发热销游戏，挽救公司命运，山内认为，这才是一个意志坚定的领导者应有的思维。
谈判破裂后，任天堂已经清楚微软即将通过Xbox打入主机行业的事实，索尼则将PS2首发定于2000年，眼前任天堂还有另一个对手——摆脱产能问题的世嘉DC在1999年秋季登陆美国，打破了N64的首发记录，第三方支持也更出色，冲击了任天堂的美版主机业务，N64在一个接一个新对手面前还能撑多久，成为最大的悬念。
64DD的专用磁碟
多灾多难的N64磁碟机外设64DD终于在1999年11月问世，因为《时之笛》等绝大部分64DD游戏都已经转移到N64卡带上，磁碟机应者寥寥，出货量为15000套，而且只有日版。64DD专用磁碟的特性介于卡带和CD之间，成本和生产速度优于卡带，但逊于CD，读取速度也不如卡带。任天堂选择磁碟，看重的是可擦写特性，用于各类玩家自创内容和网络社区。算上工具和资料片，64DD一共推出了十款软件，除了一款平庸的《日本职业高尔夫之旅64》，其他作品都各具亮点。
《马里奥艺术家》
64DD的网络社区名为RANDnet，提供头像、聊天、留言、分享内容等功能，主打作品为编辑软件《马里奥艺术家》，最初的功能仅有2D绘图，后来通过资料片加入2D和3D动画功能。任天堂还打算推出音乐甚至游戏资料片，后者的功能类似今天的《超级马里奥制造》，但因为64DD装机量太小，难逃被取消的命运。
《模拟城市64》
《F-Zero X》的64DD资料片提供了车辆和赛道编辑器，附带12条做好的新赛道，大幅提升耐玩度。《巨人多西》是类似《上帝也疯狂》的创意之作，玩家扮演神一样的巨人管理孤岛上的野人，充满黑色幽默味道。《模拟城市64》则由EA授权给HAL研究所开发，使用当时PC版没有的3D画面，系统超前，很多特性直到2003年的《模拟城市4》才被EA实现。
64DD首发14个月后，任天堂就宣布这一周边退出市场，并回购全部软硬件，好在64DD的装机量太小，回购造成的损失有限。64DD原定的最后一款游戏是《里时之笛》，即《时之笛》关卡经修改后的新版本，因64DD退市被雪藏，最终以官方模拟器的形式收录在《风之杖》预购特典中。
PS2
2000年3月，PS2在日本首发，创造三天98万的史上最强销量纪录，微软也正式公开了Xbox计划。对于任天堂而言，不幸中的万幸在于，PS2的游戏准备明显不足，在2000年值得玩的作品屈指可数，大部分PS2用户只能靠PS游戏或DVD影碟度日，美版PS2则因为产能不足陷入了缺货状态。山内溥决定抓住这一空档，利用N64发起一波反击。
《越野摩托64》
美版DC从首发日开始领先N64的势头终于在2000年4月被终结，任天堂逐渐放出了N64的最后一波大作狂潮。《越野摩托64》《星之卡比64》《马里奥网球64》《恐龙猎人3》《班卓熊大冒险2》接踵而至，N64的销量一路上升，最终压倒了DC。
《完美黑暗》
《完美黑暗》和《塞尔达传说：梅祖拉的面具》是2000年N64的旗舰之作。《007》的游戏改编权后来被EA买走，Rare决定沿用《黄金眼》积累的经验，开发一款原创游戏《完美黑暗》。本作的辅助瞄准被进一步强化，射击难度明显降低，把重点放在了各类高科技装备上，强调解密多过战斗，剧情的文字量明显增加，配有大量过场动画和语音，分屏要素进一步强化，引入合作模式。《完美黑暗》再次成为主机FPS的标杆，销量为320万，比不过《黄金眼》的800万，然而，作为一款N64末期游戏，这样的成绩已经很出色了。
《梅祖拉的面具》
《梅祖拉的面具》以末日为主题，世界将在三天后毁灭（游戏内的三天，现实时间仅为54分钟），主角林克在毁灭前可以通过时之笛穿越回第一天，保留大部分进度，但NPC的记忆将恢复原样。面具系统是本作的核心，通过装备不同的面具，林克变身为不同的形态，具备不同的能力，NPC对此的反应也不同。游戏中的面具共24种，其中6种为通关必备，剩下的18种主要用于挖掘隐藏要素。《梅祖拉的面具》是《塞尔达》系列最另类的一部游戏，气氛黑暗诡异。本作证明任天堂在老少咸宜的明快风格之外，也可以驾驭更深沉的题材。
《星际争霸64》
《星际争霸64》是N64的又一款RTS大作，收录了PC版本篇和资料篇《母巢之战》的全部关卡，大部分剧情动画和语音被取消，画面没有《命令与征服》的3D重制，操作却更胜一筹。过去的主机RTS操作大都照搬PC，然而手柄的十字键和摇杆远不如鼠标灵活，操作效率明显不如PC。《星际争霸64》则开创性使用呼出式菜单，利用热键组合直接发号施令，虽然效率依然比不过鼠标，但在Xbox 360的《命令与征服3》面世前，《星际争霸64》的操作方案依然是主机RTS的最佳选择。为了弥补无法联机的缺陷，本作还加入了分屏合作模式。
《纸片马里奥》
对于热衷RPG的日本玩家而言，《纸片马里奥》是N64在2000年奉上的一份大礼。SFC时代的《超级马里奥RPG》由SQUARE开发，素质不错，风格却更接近《最终幻想》而非《马里奥》。N64的《纸片马里奥》在战斗中融入了大量手动操作元素，具备动作游戏式的连打快感。场景使用3D，角色为2D纸片，风格诙谐幽默，本作真正奠定了RPG版《马里奥》的框架，诸多思维被后来者沿用。
《罪与罚》
《罪与罚：地球的继承者》原本只有日版，在2007年以虚拟主机的方式在Wii上推出欧美版。开发商Treasure之前在MD和土星上威震四海，《火枪英雄》《幽游白书：魔强统一战》《闪亮银枪》全部成为传世经典。N64的《罪与罚》采用类似《铁甲飞龙》的射击系统，融入翻滚、二段跳、近战等动作元素，出色的手感与壮观的BOSS是Treasure的特色，这两大优点也在本作中得以体现，视角变换充分彰显3D画面的速度感和魄力。
《塞尔达传说》在2000年的概念演示
作为一台年迈主机，N64在2000年的成绩令人吃惊，虽比不过高歌猛进的PS2，但完全压制了DC，大作销量也令人满意。问题在于，N64在末期的辉煌，透支了任天堂的未来。《时之笛》发售后，N64迎来回光返照的两年时间，干扰了任天堂的判断，山内溥为此将新主机NGC（Nintendo Game Cube）的软硬件计划不断向后推迟。直到2000年5月的E3展，任天堂依然没有展示任何NGC游戏，因为此时ArtX公司（已被ATI收购）刚刚敲定NGC的最终硬件设计，配套游戏完成度严重不足。
8月的Space World展会虽然首次公开了多款NGC游戏视频，但其中只有《路易的鬼屋》和《蓝色风暴》为真正的游戏演示，《塞尔达传说》与《银河战士》仅为概念视频，《超级马里奥128》最终变为Wii的《银河马里奥》，没有在NGC上发售。PS2在2000年末的销量逼近千万大关，游戏阵容却严重匮乏，任天堂错过了最佳时机，将NGC的首发定为2001年，与PS2的首波大作狂潮正面撞车，酿成了战略级失误。
《坏松鼠》封面，除了评级标志外，下面还有白纸黑字声明“本作为17禁”
进入2001年初，世嘉宣布DC停产，从此退出主机领域，已是强弩之末的N64也逐渐退烧，Rare推出了他们在N64上发售的最后一款游戏《坏松鼠》（Conker's Bad Fur Day）。松鼠Conker最早登场于1997年的卡丁车游戏《迪迪金刚赛车》，后来又在1999年推出了一款担任主角的GBC游戏。此时的松鼠谈不上“坏”，只是一个普通的动物式卡通角色。N64版最初也是一款全年龄风格游戏，但随着开发不断深入，Rare给游戏的基调来了个180度大转弯，开始恶搞其他电影和游戏，还塞满了三俗的屎尿屁与荤段子，让玩家瞠目结舌。
《坏松鼠》可以在对战模式中扮演各种不同角色
单纯论游戏素质，《坏松鼠》可谓Rare历史上的集大成之作，完美融合了平台动作、解密、射击、竞速等诸多类型，游戏内容空前丰富，很多创举直到NGC时代才出现在其他厂商的游戏中，如《风之杖》的注视系统。本作特别值得一提的是分屏对战，充满了奇思妙想，每一个模式都可以单独拉出来做一款游戏，“恐龙大战原始人”等创意拿到今天来看也可圈可点。Rare通过自创微码彻底榨干了N64的性能，《坏松鼠》不支持扩展卡，光靠4MB内存就实现了超越8MB专用游戏的特效和场景规模。
媒体对《坏松鼠》一片盛赞，但本作也导致Rare和任天堂的关系公开恶化。就算以索尼或世嘉的标准来看，游戏的风格也过于三俗，更不要提任天堂了。游戏的美版由Rare亲自发行，欧版则交给THQ，任天堂不愿费力宣传这部作品，Rare甚至自掏腰包在《花花公子》上打广告，却进一步激怒了任天堂。因为宣传和推广不利，游戏仅卖出50万，Rare在发售前对于这一结果就心知肚明，他们甚至在开场动画公开挑衅：坏松鼠手持电锯，将N64的LOGO锯成两截，然后搬出了Rare的LOGO。
《坏松鼠》充满挑衅味道的开场动画
Rare不会无缘无故和任天堂唱反调，《坏松鼠》的风格属于故意宣泄，两家公司的关系从来就没有外界想象的那般融洽。1994年，SFC版《超级大金刚》发售后，Rare威震四海，山内溥决定对其进行全资收购，Rare的创始人斯坦伯兄弟却不肯放手，牢牢把持着51%的股权，任天堂只收购了49%。斯坦伯兄弟与山内溥同床异梦，虽然Rare是N64时代欧美的最强干将，但斯坦伯兄弟不希望陪任天堂做嫁衣，他们把重心放在了原创品牌上，Rare在《班卓熊大冒险》上投入的资源明显高于《大金刚64》，这种态度自然逃不掉山内溥的法眼，任天堂此后明显降低了Rare原创游戏的投资，两家公司的分歧进一步扩大。
《时空分裂者》
在光鲜的成绩背后，Rare隐藏着诸多危机。斯坦伯兄弟与下属的关系非常紧张，并非完美的管理者，Rare员工流动率高，辞职问题从未得到遏止，最严重的一次打击发生在1998年，《黄金眼》制作组的数名骨干自立门户，组建新公司Free Radical Design，此后Rare员工陆续跳槽。他们为PS2制作《时空分裂者》系列，成为继《完美黑暗》之后最具《黄金眼》风味的FPS品牌。此后Rare的规模呈指数级增长，但开发效率不升反降，焦头烂额的斯坦伯兄弟打算把51%的股权卖给任天堂，变成2.5亿美元套现走人。此一时彼一时，面对效率下降的Rare，如今的山内溥不会当接盘的冤大头，回绝了这一提议，斯坦伯兄弟只得另寻金主。
《恐龙星球》
Rare在N64的最后一款游戏原定为《恐龙星球》，讲述两位猫人在幻想世界的冒险，系统模仿《时之笛》。本作曾在2000年E3提供试玩，凭借华丽的图像赢得好评，游戏开发中途转移到NGC上，被任天堂赶鸭子上架，标题变为《星际火狐大冒险》，主角也从猫人换成了火狐。游戏图像依旧华丽，关卡却充满赶工痕迹，评价毁誉参半。
2000年的Rare圣诞贺卡
《星际火狐大冒险》发售之后的第二天，微软出资3.75亿美元，买走了Rare的全部股份。早在2000年末，Rare就在官网的圣诞贺卡上画了一个Xbox商标，引发议论纷纷，证明Rare与微软会谈已久。任天堂和斯坦伯兄弟成功变现，留给微软的则是一个烂摊子，Rare至今也没有重现N64时代的辉煌。
《银河战士Prime》
任天堂不想把鸡蛋放在一个篮子里，除了《黄金眼》和《完美黑暗》，N64最著名的FPS当属《恐龙猎人》。1998年，任天堂与《恐龙猎人》的监制杰夫·施潘根贝格（Jeff Spangenberg）联手出资，成立Retro制作组，因为是白手起家，任天堂只花100万美元就获得了最大股东地位。Retro成立的宗旨就是开发NGC游戏，他们打造的《银河战士Prime》媒体评分与《黄金眼》并驾齐驱。
然而，《银河战士Prime》强调解密和动作，大幅弱化射击元素，Retro将游戏定义为FPA（第一人称动作），而非FPS（第一人称射击）。这属于《银河战士》系列的一贯风格，无可厚非，却难以拉拢新世纪的玩家。《银河战士Prime》系列的最高单作销量仅为282万，尚且不如《完美黑暗》，更无法与《黄金眼》相提并论。Rare陨落后，《光环》成为主机FPS的新霸主。况且，Retro作品的产量和类型丰富度也逊于N64时代的Rare。任天堂通过股权套现得到了大笔资金，卖掉衰落的Rare也合情合理，问题在于，直到今天，任天堂依然没能找到一个厂商完全填补Rare的空缺。
《动物之森》
《坏松鼠》发售后，N64的软件供应接近枯竭，任天堂甚至将《马里奥医生64》这样的休闲小品拉出来凑数，原创名作只剩下一款《动物之森》。游戏的流程类似《模拟人生》，但风格更为休闲，除了玩家之外，村庄的NPC都是拟人化的动物。2001年5月，新一代N64模拟器Project 64在网络上出现，与UltraHLE不同，Project 64的模拟较为精确，兼容性更好，支持更多的游戏，成为主流模拟器。此时N64即将寿终正寝，Project 64对任天堂的损害远没有UltraHLE那般大。因为N64微码的复杂性，后期游戏在Project 64上经常出现缺乏特效的问题，全部微码模拟直到多年后才宣告完工。
《路易的鬼屋》
日版N64的最后一款游戏是2001年12月的《炸弹人64》，欧版为同月的《托尼职业霍克滑板》，美版则是2002年8月的《托尼霍克职业滑板3》。日版NGC于2001年9月14日首发，配套作品仅有《路易的鬼屋》《蓝色风暴》《超级猴球》三款小品，美版首发日为11月18日，比Xbox落后三天，对宣传造成了不利影响。2002年，任天堂终于拿出了招牌大作《阳光马里奥》和《塞尔达传说：风之杖》，评价和销量却逊于《超级马里奥64》和《时之笛》。《永恒黑暗》和《生化危机0》虽然不错，但属于N64后期转移至NGC的作品，《动物之森》和《巨人多加》则直接移植自N64版，连图像的强化都非常有限。
NGC
N64后期的成功与NGC的溃败成为一个硬币的两面，山内溥最终承认，为了N64的后期收益不断推迟NGC，导致因小失大的问题。ArtX为NGC设计的硬件架构一改N64开发困难的弊病，软件环境明显好于PS2，但限于成本，性能比起Xbox依然有明显差距。NGC的首发被PS2高达1800万的装机量和大作狂潮淹没，未能一炮打响，削弱了号召第三方的条件。即将卸任的山内只得将NGC的未来交给后继者。为了给岩田聪接班扫清障碍，山内在NGC首发前已经展开对北美分社高层的清算。
2000年2月，大律师兼会长霍华德·林肯退休，荒川实于2001年4月离开董事会，在2002年2月辞职，将分社社长一职交给君岛达己（即现任任天堂社长）。山内通过雷霆手段为岩田在社内铺平了道路，在社外却化友为敌，北美分社的办公大楼距离微软雷特蒙德总部只有几百米，大批遭清算的员工直接跳槽到微软，为Xbox效力，成为NGC在美国陷入苦战的原因之一。
岩田聪
荒川实退出董事会后，携家人到夏威夷隐居，山内溥与荒川一家断绝了关系，他表示，如果没有生意上的话题，翁婿两人将永不相见。荒川辞职3个月后，山内溥正式将本社社长宝座交给岩田聪。性格温和的岩田一改山内的强横作风，竭力与第三方修复关系，取得了一定成果，但日本和欧洲几乎被PS2彻底占领，N64的主要票仓北美在NGC时代遭遇Xbox的强力冲击，岩田甚至无法像荒川那样保住第二把交椅。
《马里奥赛车：双重冲击》
因为NGC的成本较低，任天堂试图靠价格战取胜，NGC首发价为199美元，比PS2和Xbox低100美元。2002年的NGC降价至149美元，但装机量不到预期的一半。2003年初，NGC的软硬件销量进一步下跌，任天堂决定在年末放手一搏，降至99美元的底线，配合《马里奥赛车：双重冲击》，终于获得短暂的热销期，然而到了2004年初，NGC的销量就被打回原形。一台新主机，刚刚过完2岁生日，就这样陷入低谷，与坚忍不拔的N64形成鲜明的对比。
Wii
价格战缺乏效果，第一方游戏水准下降，第三方阵容依然逊于对手，NGC丧失了正面作战能力，岩田聪只得另辟蹊径。2001年9月，日版NGC首发时，任天堂从美国人汤姆·奎恩手中购买了基于陀螺仪的体感专利技术，奎恩之前曾拜访过微软和索尼，希望给PS2或Xbox提供操作方案，均被拒绝，无奈之下他找到任天堂，获得肯定。任天堂购买这一专利以备不时只需，终于在6年后有了用武之地。
从FC到NGC，任天堂的主机销量一直在下滑，Wii的热销打断了这一趋势，但仅仅是“打断”而非“终结”，因为之后的Wii U销量再创新低。任系主机第三方阵容从N64时代开始恶化，时至今日虽然有所改观，距离2D时代的辉煌依然相去甚远，充分证明，一个失败的战略决策引发的蝴蝶效应，足以改变一家大型企业20年的未来。
软硬件统计表
从1996年N64面世到2001年NGC首发，在五年的生命周期中，土星、PS、DC是N64的主要对手，PS2则赶上了N64的末班车。面对四名对手的前堵后截，在缺乏第三方支持的情况下，N64依然悍斗不退，甚至在商业层面击败了具备绝对性能优势的DC，彰显出任天堂的强大实力。N64的全球装机量甚至超过了MD，百万游戏数量达42款，虽然无法和PS相提并论，却依然算得上出色。然而，透过深层次的数据，我们可以挖掘出更多真相。
从FC到NGC，任天堂的百万游戏数量一直稳定在40款以上的水准，软件总销量却不断下降：FC为5亿、SFC为3.79亿、N64为2.25亿、NGC为2.08亿。对于游戏阵容丰富的主机而言，数十万级的游戏才是构成总销量的主体。KONAMI在巅峰时期奉行广种薄收战略，百万作品数量平平，靠大量50万级作品常年稳坐日本第三方王座。N64在日本的装机量略逊于土星，却坐拥十款百万大作，土星只有一款《VR战士2》，然而N64的十款百万大作均为任天堂发行，第三方品牌数量稀少，且销量大都不佳，日版软件总销量对比土星并没有明显优势。
N64缺乏第三方，导致主机用户养成了专注任天堂、漠视第三方的口味，NGC第三方阵容明显比N64丰富，软件总销量却继续下跌，证明了这一点。久多良木健曾表示“PS系第一方游戏销量比例不能超过30%，否则我们会赶跑第三方”，PS软件总销量为9.62亿，PS2更是高达15.38亿，让对手望尘莫及，大批第三方铸就了惊人的软硬比。N64奉行少数精锐原则，第一方游戏大部分收益归任天堂，第三方游戏则只能收取权利金，第一方的强势的确给任天堂带来可观的软件收益，但缺乏第三方的格局限制了装机量，硬件平台无法实现滚雪球式的良性循环，导致任天堂陷入与第三方渐行渐远的恶性漩涡，损失大批潜在的主机硬件和权利金收入。
《光环》
N64、DC、Xbox三台主机在美国都以枪车球为主打。DC的竞速和体育游戏素质出色，FPS几乎都是全平台移植作品，缺乏《黄金眼》《完美黑暗》等独占大作。枪车球之外，《索尼克大冒险》对于美国玩家具备强大号召力，但在DC仅推出两部作品，2代甚至没能赶在DC停产前发售，销量被Rare的众多作品彻底淹没，凭借NGC版才焕发了第二春。微软身为PC软件业老大，吸引欧美第三方投身Xbox可谓举手之劳，号召力远胜世嘉，再加上《光环》《哥谭赛车计划》等为美国量身定做的独占游戏，以及强大的性能，胜过NGC并不意外。
总体而言，虽然坚守卡带是逆行倒施之举，N64的成绩依旧可圈可点。然而，双拳难敌四手，N64证明了任天堂的强大实力，也证明了强如任天堂者同样无法改变一切。N64的软硬件销量或许不算失败，它的真正失败之处在于，损害了任天堂20年的未来。N64最大的敌人并非PS，而是N64自己，如果任天堂顺应潮流使用光盘，N64乃至后续主机的命运都有可能发生翻天覆地的变化。然而，历史没有如果。
神游机
2003年，任天堂正式宣布N64退出市场，但这台主机在国内的征途才刚刚开始。参与过NGC研发的ArtX社长颜维群博士在苏州与任天堂合资成立神游公司。2003年11月17日，经过重新设计后，N64以神游机的身份涅磐重生，登陆国内市场，售价498人民币。芯片制造工艺在7年间得到巨大提升，硬件体积得以缩小，神游机采用手柄与主机一体化的设计，布局放弃了原版N64怪异的三叉戟模式，变为类似NGC的键位。不过这种一体化设计也导致一些麻烦，神游机不可能自带三个手柄接口，多人游戏必须使用专用的共游盒，振动功能也被取消。游戏则使用可擦写的专用神游卡进行存储，软件支持长达三年，最终推出了14款游戏，囊括了半数N64最值得玩的名作。
神游版《时之笛》海报
此时的国内主机市场早已是PS2的天下，然而N64真机在国内的数量极少，从怀旧的角度考虑，花498元买一台依然值得。虽然神游机的画面不如更清晰的模拟器，但在电视上玩原汁原味的画面与PC上的模拟器自然不同。当然，神游公司也没打算把全部希望都寄托在怀旧玩家上，神游机只是投石问路之举，代理各类掌机才是公司的主要业务。
神游机游戏的文字全部进行了汉化，《星际火狐64》《F-Zero GX》和《水上摩托64》带有中文语音，部分N64原版的BUG也在神游版中得到了修正。有趣的是，因为神游版《时之笛》读盘和文字滚动速度比N64版更快，很多国外的速攻挑战者转战神游版，让原本只在国内发售的神游机以各种方式流入国外市场，这一点也许是神游公司未曾想到的趣事。
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