菲律宾是最早主张群岛基线的群岛国家之一。早在1955年，菲律宾就提出仿照国际法院在英国-挪威渔业案判决中的做法，采用直线基线划定群岛水域。1961 年6月17日，菲律宾颁布第3046号法案建立建立领海基线。1968 年颁布第 5446 号共和国法案，对领海基点进行修正。2009 年 4 月又通过第 9522 号共和国法案进一步修订，以优化并符合《联合国海洋法公约》。该法案宣布菲律宾为群岛国家，并使用群岛基线法划定国家领土，主张海域超越了1898年巴黎条约的界限，成为保护该国海域的最重要一步，符合其宪法和国家利益。但是，它将我黄岩岛和南沙群岛的部分岛屿划入其管辖海域，严重侵犯我国领土主权和海洋权益。
菲律宾单方面主张的海上界线
菲律宾2009年群岛基线法案，共有 101 个基点组成了 100 条基线段，长度从0.08海里（99-100段）到122.88海里（46-47段），总长度为2808海里。菲律宾群岛基线符合公约规定的水陆面积比：总面积 = 887,909 平方公里，水域面积 = 589,739 平方公里，陆地面积 = 298,170 平方公里，水陆面积比 = 1.98：1；三个基线段（11-12、46-47 和 82-83）长度超过 100 nm，占总段数的 2.97%；所有线段都没超过 125 海里。群岛基线结构似乎与群岛分布形态没有任何明显的不同，也没有选择低潮高地绘制基点，不会将公海或专属经济区与另一国的领海隔开。
2009年菲律宾群岛基线
菲律宾宪法第 1 条规定，“群岛岛屿周围、之间和连接的水域，无论其宽度和大小如何，均构成菲律宾内水的一部分。” 菲律宾签署和批准《联合国海洋法公约》时均表示：“根据菲律宾宪法，群岛水域的概念类似于菲律宾内水的概念。” 美国和其他国家对这种理解提出了抗议。作为回应，菲律宾在 1988 年表示，它“打算将其国内立法与公约的规定相协调”，并“将遵守该公约的规定”。但是，2009 年法案并未阐明基线内的水域是否为公约规定的群岛水域（而不是内水） 。2011 年 7 月，菲律宾最高法院审议了 该法案是否“违宪地'将’内水'转换’为群岛水域。最后，菲律宾最高法院一致支持9522法案的合宪性。法院承认，菲律宾对基线内水域的主权受国际法规定的无害通过权和群岛海道通过权的约束。
1982 年《海洋法公约》所反映的那样，内水的概念与群岛水域的概念有很大不同。群岛国家在群岛水域内要向其他国家让渡无害通过和群岛海道通行之权利。在审查2009年第9522 号法案的合宪性时，菲律宾最高法院表示，无害通过权是习惯国际法的问题，菲律宾法律的一部分，适用于菲律宾的群岛水域和领海。法院还承认群岛海道通行权适用于这些水域，并且“菲律宾政府. . . 可通过立法指定群岛水域内的航线进行规范。”截止目前，菲律宾尚未正式划定任何群岛海道。由于没有根据公约指定群岛海道，“群岛海道通行权可通过通常用于国际航行的航线行使”。
菲律宾非法海上主张
1961 年 6 月 17 日第 3046 号法令将菲律宾的领海定义如下：“1898 年美国和西班牙巴黎条约、1900 年11 月 7 日美国和西班牙条约以及1930 年 1 月 2 日美国和英国条约限定的水域和其内岛屿被视为菲律宾领土的一部分。”1968 年 3 月 20 日第 370 号总统公告声称，与菲律宾相邻的大陆架的矿产和其他自然资源拥有管辖权和控制权，“在上覆水域的深度允许开采这些资源的地方”。1978 年 6 月 11 日第 1599 号总统令建立了一个 200 海里专属经济区。
2009 年法案修改了 3046号法案，规定菲律宾领海将根据该法案规定的基线来衡量。2009 年 4 月 8 日，菲律宾向大陆架界限委员会（CLCS）提交了一份关于菲律宾海以东的宾汉隆起（Benham Plateau）地区 200 海里以外大陆架的划界案。2012 年 4 月 12 日，CLCS 就该划界案提出了支持性建议，2012 年 7 月 2 日，菲律宾在这些建议的基础上划定了其大陆架外部界限。
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